| 研究課題/領域番号 |
16K20964
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
黒河内 寛之 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (00609000)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | 土壌DNA / 菌糸同定 / 土壌呼吸 / メタゲノム解析 / マツタケ検出 |
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| 研究実績の概要 |
マツタケシロ中には、マツタケが優占しているが他にも真菌類や細菌類が数多く検出された。今後、野外でマツタケシロを管理するにあったって、マツタケの個体同定を子実体を介さずに行うことが重要であると考え、本研究プロジェクトの1年目に開発したマツタケ特異的マイクロサテライト（SSR）マーカーの活用を検討した。開発したマツタケSSRマーカーはマツタケが発生した年度の真下の土壌を解析すると高い確率で個体同定が行えることが示されたが、前年度発生した場所の土壌の解析を行った場合には個体同定が行えないこともあった。マツタケシロが前進していくことが知られており、通過した場所ではマツタケが土壌中にいないことも推測された。今まで、マツタケの有無に関してはDNAマーカーによる推定がされてきたが、これからは個体レベルでマツタケの追跡を土壌から行うことができる可能性が高い。特に、子実体が発生するような高密度な土壌から採取したDNAでの検出能が高かったことから、DNA抽出と土壌採取の定常化・定量化をすることで、非破壊的に土壌中のマツタケの生物量が子実体発生に十分な量維持されているのかを検討できる可能性が出てきた。
また、マツタケシロの土壌呼吸速度を調べたところ、マツタケの子実体が発生する場所では周囲に比べて活発な呼吸があることが分かった。さらに、マツタケの子実体がより発生するシロでは、発生量が少ないシロに比べてより高い呼吸が計測された。なお、この測定は6月に行ったがその年の9月には例年通りマツタケの子実体が発生しており、マツタケシロを大きく破壊するということも観察されなかった。土壌呼吸の測定も、マツタケシロの現状を大きく傷つけることなく把握するために有効である可能性が示唆された。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
アンプリコンシーケンシングのためにIonPGMを用いてきたが、より長いリードを読めるMinIONの導入を検討し始めた。シーケンシングエラーが高いことが欠点として残るが、十分なリード数が取れれば、より安価に、より簡便にアンプリコン解析が行える可能性が見えた。手法が定まっていなかったのだが、MinIONを軸にする方針が固まりつつある。
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| 今後の研究の推進方策 |
最終年度である。今まで異なる処理をしてきた土壌間の比較を、確立した手法で行い3年間の変化を解析する。また、MinIONを使ったマツタケシロのアンプリコン解析方法について、定量的評価もできるように実験を繰り返す。
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