| 研究課題/領域番号 |
16K21386
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| 研究機関 | 東海大学 |
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研究代表者 |
中川 草 東海大学, 医学部, 助教 (70510014)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2018-03-31
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| キーワード | 内在性ウイルス様配列 / 比較ゲノム / トランスポゾン / バイオインフォマティクス / データベース / レトロトランスポゾン / 内在性レトロウイルス / 分子進化 |
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| 研究実績の概要 |
本研究課題は哺乳類のゲノムに内在性したウイルスに由来する配列（EVE）が宿主で獲得した様々な新規機能とそのゲノム進化を明らかにすること目標としている。本研究課題の中心となるEVEに由来する蛋白質をコードする配列を網羅的に収集し、アノテーションを行ったデータベースgEVE（http://geve.med.u-tokai.ac.jp）がDatabase誌に2016年5月に受理され、公開された。gEVEデータベースで同定した蛋白質をコードしたEVEのみならず、更に解析を発展させ、ヒト、マウスなどのゲノム配列中のEVE由来する塩基配列の非コード領域を同定した。実際にEVEは元々ウイルスに由来するため、ウイルス遺伝子配列を転写するための強力なプロモーター配列を有しており、それらが宿主内で機能する可能性も高い。共同研究により、幾つかの細胞・組織などの大規模発現データとEVEの非コード領域の相関について解析し、遺伝子の転写にプロモーターとして関与しているEVE配列の候補の同定を行った。非コード配列のデータもgEVEデータベースに登録する予定である。加えて、大規模転写配列（RNA-seq）データを中心に、次世代シーケンサー（NGS）から算出された大量塩基配列データの解析を進め、EVE配列に由来する機能を獲得した候補配列の探索を行った。特にヒト、マカク、マーモセットなどの霊長類や、マウスやラットなどのげっ歯類の胎盤、筋肉、破骨細胞の発生や再生時のRNA-seqデータを公共データベースや共同研究などを元に解析し、発現しているEVE由来の候補配列を同定し、機能解析を行っている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
研究計画(1) EVEの非コード領域の同定は計画通りに進捗し、各種の非コード領域を同定し、現在データベースとして公開するためにまとめている。研究計画(2) EVEのNGSデータ解析と比較ゲノム解析については現在進行中で、様々な霊長類やげっ歯類の胎盤、筋肉、破骨細胞、神経細胞などのRNA-seqデータを解析し、機能を獲得したと推察される配列の候補の選定を行い、共同研究を通してその機能解析にも取り組んでいる。
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| 今後の研究の推進方策 |
引き続き、上記の研究計画(2)を進行し、新規機能性EVE由来の配列の同定に努める。公共のNGSデータ解析だけではなく、必要なNGSデータがない場合などには、自分たちでサンプルを入手してライブラリを調整し、RNA-seqシーケンスも行う計画にした。また、上記の(1)、(2)の結果を受けて、研究計画(3)gEVEデータベース（http://geve.med.u-tokai.ac.jp）の拡張・更新にも取り組み、本研究成果を広く活用してもらう計画である。
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