| 研究実績の概要 |
研究プロジェクトの 2 年目である昨年度は、理論モデルの構築と第 1 段階の数値解析を行った。これらの研究成果の一部は、既に論文 Hayashida, M., Kamada, M., and Koyano, H., Improving conditional random field model for prediction of protein-RNA Residue-base contacts, Quantitative Biology, to appear と Mihara, T., Koyano, H., Hingamp, P., Grimsley, N., Goto, S., and Ogata, H., Taxon richness of ``Megaviridae'' exceeds those of Bacteria and Archaea in the ocean, Microbes and Environments, to appear にまとめて発表し、国際会議において、発表 Hayashida, M., Koyano, H., and Akutsu, T., Grammar-based compression for directed and undirected generalized series-parallel graphs using integer linear programming, Proceedings of the 11th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, Volume 4: Bioinformatics, 105-111, 2018 を行った。また、論文 Koyano, H., Hayashida, M., and Akutsu, T., Optimal string clustering based on a Laplacelike mixture and EM algorithm on a set of strings, arXiv:1411.6471 [math.ST] を、学術誌からの査読報告に基づいて現在改訂している。更に、論文 Koyano, H. and Yano, K., Evolutionary model of a population of DNA sequences through the interaction with an environment and its application to speciation analysis, arXiv:1706.01182 [q-bio.PE] をプレプリントとして公開した。現在、微生物群集から抽出された配列の環境標本を用いて、構築してきた理論モデルの実証研究と解析方法の応用研究に取り組んでいる。この後、微生物群集のダイナミクスの制御理論の構築とソフトウェアへの実装を行う。
|
