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2019 年度 実績報告書

中性子ビームを利用した酵素反応中間体の結晶構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 16KT0063
研究機関国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構

研究代表者

安達 基泰  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学領域, グループリーダー(定常) (60293958)

研究分担者 森元 聡  九州大学, 薬学研究院, 教授 (60191045)
老川 典夫  関西大学, 化学生命工学部, 教授 (80233005)
木下 誉富  大阪府立大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (90405340)
研究期間 (年度) 2016-07-19 – 2020-03-31
キーワード酵素 / 結晶構造解析 / 中性子
研究実績の概要

酵素(タンパク質)は、高度に進化した分子認識能とダイナミクスによって、複雑な骨格や多様な官能基を有する生理活性物質を効果的に合成する分子である。酵素の触媒機構の解明は、生命科学研究の発展と深く関わるだけでなく、複雑な化学構造をもった有用化合物を効率よく合成する産業技術の開発にも繋がる。本提案では、学術・産業の両面から有用な生合成経路を担うモデル酵素を研究対象として選択し、その反応中間体や遷移状態アナログ複合体の中性子結晶構造解析を実施することで、酵素の複雑で巧妙な反応触媒機構を解明することを目指した。そして、得られた知見を有用化合物の創製に応用することを目的に本研究をすすめた。
1、植物二次代謝化合物合成酵素の反応機構の解明に向けて、ポリケタイド合成酵素の反応中間体の捕捉を目標に研究を進めたが、X線結晶構造解析で、十分な結果は得られなかったため、次の試料2および3に注力した。
2、アミノ酸ラセマーゼについて、遊離型酵素の解析について論文発表を行うとともに、1.0Åという高い分解能のX線結晶構造解析によって、中間体を補足していることを確認し、さらに中性子結晶構造解析の実現のために、大型結晶の作製に取り組んだ。その結果、大型の結晶が得られ、中性子回折実験で、2Åを超える十分な分解能の回折データを得た。本研究によって、中性子結晶構造解析の完成と論文発表の準備を完了した。
3、創薬標的酵素においては、Ser/Thrキナーゼに注力した。遊離型酵素の解析について論文発表を行うとともに、阻害剤複合体の中性子解析に向けて複合体結晶を作製した。ドイツの研究用原子炉施設を利用して、解析に十分な中性子回折データを収集し、構造解析を完成させ、論文発表の目途をつけることができた。以上のように、今後、量子化学計算と連携し、効果的な薬の開発へと発展させるための土台をつくることができた。

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 2件、 招待講演 5件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] ミュンヘン工科大学/ユーリッヒ中性子科学センター(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      ミュンヘン工科大学/ユーリッヒ中性子科学センター
  • [雑誌論文] Direct Observation of the Protonation States in the Mutant Green Fluorescent Protein2020

    • 著者名/発表者名
      Chie Shibazaki, Rumi Shimizu, Yuji Kagotani, Andreas Ostermann, Tobias E. Schrader, Motoyasu Adachi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 11 ページ: 492-496

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.9b03252

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] X-Ray diffraction experiments for drug target protein of human casein kinase II2019

    • 著者名/発表者名
      Chie Shibazaki, Shigeki Arai, Rumi Shimizu, Motoyasu Adachi
    • 雑誌名

      Photon Factory Activity Report 2018

      巻: 36 ページ: 149

  • [学会発表] 中性子による最近の構造解析研究Ⅱ2020

    • 著者名/発表者名
      安達 基泰
    • 学会等名
      重水素化薬剤研究会2020横浜
    • 招待講演
  • [学会発表] Neutron crystal structure analysis of human casein kinase II (CK2)2019

    • 著者名/発表者名
      Motoyasu Adachi
    • 学会等名
      27th International Society of Heterocyclic Chemistry (ISHC) Congress
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A NOVEL PYRIDOXAL 5′-PHOSPHATE-DEPENDENT HISTIDINE RACEMASE FROM LEUCONOSTOC MESENTEROIDES SUBSP. SAKE NBRC 102480: DISCOVERY AND STRUCTURAL CHARACTERIZATION2019

    • 著者名/発表者名
      Motoyasu Adachi, Rumi Shimizu, Shiro Kato, Tadao Oikawa
    • 学会等名
      The 4th International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2019)
    • 国際学会
  • [学会発表] タンパク質の中性子結晶構造解析とその未来への展望:ヒト由来プロテインキナーゼCK2の解析から2019

    • 著者名/発表者名
      安達 基泰
    • 学会等名
      バイオサイエンスセミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 量子効果と量子ダイナミクス解析によるタンパク質研究の パラダイムシフト2019

    • 著者名/発表者名
      安達 基泰
    • 学会等名
      次世代放射光超高分解能RIXS ワークショップ
    • 招待講演
  • [学会発表] Conformation analysis of hydrogen atoms around ligand-binding pocket based on quantum chemical calculation2019

    • 著者名/発表者名
      Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yoshio Okiyama, Motoyasu Adachi, Shigenori Tanaka, Teruki Honma
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会, 情報計算化学生物学会(CBI学会)
  • [学会発表] ヒト由来プロテインキナーゼCK2の中性子結晶構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      安達 基泰
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会 (第20回FMO研究会 生命現象を量子構造生物学で解き明かす), 情報計算化学生物学会(CBI学会)
    • 招待講演
  • [図書] Structural Biology in Drug Discovery: Methods, Techniques, and Practices2020

    • 著者名/発表者名
      Motoyasu Adachi, Ryota Kuroki
    • 総ページ数
      17
    • 出版者
      WILEY
    • ISBN
      9781118681015

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公開日: 2021-01-27  

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