ウイルスゲノムとヒトゲノムとの相互作用によるガン発症メカニズム解明

2016 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 16KT0112
• 研究機関: 長崎大学
• 研究代表者: 吉浦 孝一郎 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 教授 (00304931)
• 研究期間 (年度): 2016-07-19 – 2019-03-31
• キーワード: Huma Papilloma Virus / Capture / L1 / シーケンス / 濃縮

研究実績の概要

目的を　１．子宮頸がん検診で得られたパップスメアからヒトパピローマウイルスゲノムの塩基配列決定を行う。　２．L1タンパクによるHPVの系統分類をおこない，L1タンパクと相関する初期遺伝子型を探索する。　３．子宮頸がん（上皮内ガン等の初期がん）患者から得られたパップスメアを利用して，がん化組織特異的なウイルスゲノムの integration site の探索を行う。　４．Exome 解析による高odds比提供発症関連バリアント探索を行う。
の4つに設定した。
本年度は，現有しているパップスメアから抽出したDNA試料（パップスメアDNA）を材料として，公表されている全てのヒトパピローマウイルス塩基配列をもとに（https://pave.niaid.nih.gov/）と子宮頸がん発生に関連すると考えられる遺伝子（PIK3CA，KRAS，CDKN2A，EGFR，TP53，NOTCH1，Myc）を陽性コントロールの意味も含めて設定した。ビオチン標識オリゴヌクレオチドを合成し，オリゴヌクレオチドとパップスメアDNAとの液相ハイブリダイゼーション後に，DNAをcapture/濃縮し，シーケンス決定した。手持ちパップスメアDNAの1/4を使って濃縮し 8sample/tube にて，実験してヒト遺伝子領域depth>200（deduplication後）を達成し，十分に実験が遂行出来ることを確認した。

現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

実験自体は，順調に遂行出来ることを確認した。実験自体が順調に進められることを確認後，他研究のエフォート配分との関係から少々遅れている。

今後の研究の推進方策

実験遂行は可能である事を確認出来ており，今後は予定まで追いついていけると考えている。

次年度使用額が生じた理由

本年度は，濃縮キャプチャー実験が遂行出来るか否かが問題であった。確認にかなりの時間を要したこと，研究エフォート割合の関係から，次のステップまで進めなかった。

次年度使用額の使用計画

濃縮キャプチャー実験が遂行可能であることを確認出来たので，次年度は滞りなく実験遂行が可能と考える。本年度使用できなかった研究費は，必要な試薬等の物品費に使用する予定である。

研究成果

• [雑誌論文] SMCHD1 mutations associated with a rare muscular dystrophy can also cause isolated arhinia and Bosma arhinia microphthalmia syndrome. (2017)
  • 著者名/発表者名: Shaw ND, Brand H, Kupchinsky ZA, Sato D, Okamoto N, Jacobsen C,Macarthur D, Moore SA, Yoshiura KI, Gusella JF, Marsh JA, Graham JM Jr, Lin AE, Katsanis N, Jones PL, Crowley WF Jr, Davis EE, FitzPatrick DR, Talkowski ME. その他
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: 49(2) ページ: 238-248
  • DOI: 10.1038/ng.3743
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] De novo mutations in SMCHD1 abrogate nasal development. (2017)
  • 著者名/発表者名: Gordon CT, Xue S, Yigit G, Filali H, Chen K, Rosin N, Yoshiura K-i, Oufadem M, Beck TJ, McGowan R, Teo ASM, Cunningham ML, Sefiani A, Kayserili H, Murphy JM, Chatdokmaiprai C, Hillmer AM, Wattanasirichaigoon D, Lyonnet S, Magdinier F, Javed A, Blewitt ME, Amiel J, Wollnik B, Reversade B.
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: 49(2) ページ: 249-255
  • DOI: 10.1038/ng.3765
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Genetic variants in oxytocin receptor and arginine-vasopressin receptor 1A are associated with the neural correlates of maternal and paternal affection towards their child. (2017)
  • 著者名/発表者名: Nishitani S, Ikematsu K, Takamura T, Honda S, Yoshiura KI, Shinohara K.
  • 雑誌名: Horm Behav. 巻: 87 ページ: 47-56
  • DOI: 10.1016/j.yhbeh.2016.09.010
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of 11p14.1-p15.3 deletion probably associated with short stature, relative macrocephaly, and delayed closure of the fontanelles. (2017)
  • 著者名/発表者名: Dateki S, Watanabe S, Kinoshita F, Yoshiura KI, Moriuchi H.
  • 雑誌名: Am J Med Genet. A. 巻: 173(1) ページ: 217-220
  • DOI: 10.1002/ajmg.a.37978
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rapid growth of mitotically active cellular fibroma of the ovary: a case report and review of the literature. (2016)
  • 著者名/発表者名: Matsuda K, Tateishi S, Akazawa Y, Kinoshita A, Yoshida S, Morisaki S, Fukushima A, Matsuwaki T, Yoshiura KI, Nakashima M.
  • 雑誌名: Diagn Pathol. 巻: 11(1) ページ: 101
  • DOI: 10.1186/s13000-016-0554-7
  • 査読あり
• [雑誌論文] A significant association between rs8067378 at 17q12 and invasive cervical cancer originally identified by a genome-wide association study in Han Chinese is replicated in a Japanese population. (2016)
  • 著者名/発表者名: Miura K, Mishima H, Yasunami M, Kaneuchi M, Kitajima M, Abe S, Higashijima A, Fuchi N, Miura S, Yoshiura KI, Masuzaki H.
  • 雑誌名: J Hum Genet. 巻: 61(9) ページ: 793-796
  • DOI: 10.1038/jhg.2016.50
  • 査読あり
• [雑誌論文] Clinical and histological findings of autosomal dominant renal-limited disease with LMX1B mutation. (2016)
  • 著者名/発表者名: Konomoto T, Imamura H, Orita M, Tanaka E, Moritake H, Sato Y, Fujimoto S, Harita Y, Hisano S, Yoshiura KI, Nunoi H.
  • 雑誌名: Nephrology (Carlton) 巻: 21(9) ページ: 765-773
  • DOI: 10.1111/nep.12666
  • 査読あり
• [雑誌論文] Expression of Somatostatin Receptor Type 2A and PTEN in Neuroendocrine Neoplasms Is Associated with Tumor Grade but Not with Site of Origin. (2016)
  • 著者名/発表者名: Wada H, Matsuda K, Akazawa Y, Yamaguchi Y, Miura S, Ueki N, Kinoshita A, Yoshiura K, Kondo H, Ito M, Nagayasu T, Nakashima M.
  • 雑誌名: Endocr Pathol 巻: 27(3) ページ: 179-187
  • DOI: 10.1007/s12022-016-9436-5
  • 査読あり
• [学会発表] IRUD-P 解析プログラムで判明したFG症候群を疑われた家族発症例の原因変異． (2016)
  • 著者名/発表者名: 前川隆太，佐藤智生，吉浦孝一郎，近藤達郎
  • 学会等名: 第二十三回遺伝性疾患に関する出生前診断研究会
  • 発表場所: 長崎大学良順会館ボードインホール（長崎県・長崎市）
  • 年月日: 2016-09-24 – 2016-09-24