がん遺伝子産物の構造的ライフサイエンス

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 17012009
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 東京大学 (2007-2009); 東京工業大学 (2005-2006)
• 研究代表者: 濡木 理 東京大学, 医科学研究所, 教授 (10272460)
• 研究分担者: 石谷 隆一郎 東京大学, 大学院・理学系研究科, 准教授 (90361568)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• キーワード: がん化 / がん細胞の転移 / 細胞骨格再構築 / 開口放出 / 転写因子 / 自然免疫

研究概要

X線結晶構造解析を用いて、発がんおよびがん細胞の転移のメカニズムや免疫応答のメカニズムを原子分解能レベルで解明し、これに基づいて新規の抗がん剤の開発を行い、効果的ながん治療を目指す。発がんに関しては、細胞の分化を促進するTGF-βシグナルの下流で細胞内においてシグナルを伝達する分子に着目してシグナル伝達因子同士の複合体の構造解析を行う。がん細胞の転移・浸潤に関しては、細胞骨格の再形成、開口放出による細胞膜の供給に働くタンパク質(複合体)のX線結晶構造解析を行う。また、免疫応答のメカニズム解明に関しては、Toll-like receptor(TLR)の下流で前炎症性サイトカインの転写を誘導するIRF-5やインターフェロンの転写を誘導するIRF-7と相互作用するタンパク質の複合体の構造解析を行い、効果的ながん治療に資する薬剤の設計を目指す。

研究成果

• [雑誌論文] Structure and function of a membrane component SecDF that enhances protein export (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Tsukazaki, H.Mori, Y.Echizen, R.Ishitani, S.Fukai, T.Tanaka, A.rederina, D.G.Vassylyev, T.Kohno, A.D.Maturana, K.Ito, O.Nureki
  • 雑誌名: Nature in press
• [雑誌論文] Structural basis for nonribosomal peptide synthesis by an aminoacyl-tRNA synthetase paralog (2011)
  • 著者名/発表者名: L.Bonnefond, T.Arai, Y.Sakaguchi, T.Suzuki, R.Ishitani, O.Nureki
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 108 ページ: 3912-3917
• [雑誌論文] Crystal structure of autotaxin and insight into GPCR activation by lipid mediators (2011)
  • 著者名/発表者名: H.Nishimasu, S.Okudaira, K.Hama, E.Mihara, N.Dohmae, A.Inoue, R.Ishitani, J.Takagi, J.Aoki, O.Nureki
  • 雑誌名: Nat.Struct.Mol.Biol. 18 ページ: 205-212
• [雑誌論文] Omnipotent role of archaeal elongation factor 1 alpha (EF1α in translational elongation and termination, and quality control of protein synthesis (2010)
  • 著者名/発表者名: K.Saito, K.Kobayashi, M.Wada, I.Kikuno, A.Takusagawa, M.Mochizuki, T.Uchiumi, R.Ishitani, O.Nureki, K.Ito
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 107 ページ: 19242-19247
• [雑誌論文] Structural Basis for mRNA Surveillance by Archaeal Pelota and GTP-bound EF1? Complex (2010)
  • 著者名/発表者名: K.Kobayashi, I.Kikuno, K.Kuroha, K.Saito, K.Ito, R.Ishitani, T.Inada, O.Nureki
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 107 ページ: 17575-17579
• [雑誌論文] Mg^<2+>-dependent gating of bacterial MgtE channel underlies Mg^<2+> homeostasis (2009)
  • 著者名/発表者名: M.Hattori, N.Iwase, N.Furuya, Y.Tanaka, T.Tsukazaki, R.Ishitani, M.E.Maguire, K.Ito, A.Maturana, O.Nureki
  • 雑誌名: EMBO J 28 ページ: 3602-3612
• [雑誌論文] Structural basis for translational fidelity ensured by tRNA lysidine synthetase (2009)
  • 著者名/発表者名: K.Nakanishi, L.Bonnefond, S.Kimura, T.Suzuki, R.Ishitani, O.Nureki.
  • 雑誌名: Nature 461 ページ: 1144-1148
• [雑誌論文] Structural basis of novel interactions between the small-GTPase and GDI-like domains in prokaryotic FeoB iron transporter. (2009)
  • 著者名/発表者名: M.Hattori, Y.Jin, H.Nishimasu, Y.Tanaka, M.Mochizuki, T.Uchiumi, R.Ishitani, K.Ito, O.Nureki.
  • 雑誌名: Structure 17 ページ: 1345-1355
• [雑誌論文] Structure of a tRNA-dependent kinase essential for selenocysteine decoding. (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.Araiso, R.L.Sherrer, R.Ishitani, J.M.L.Ho, D.Soll, O.Nureki.
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 106 ページ: 16215-16220
• [雑誌論文] Structural basis of AdoMet-dependent aminocarboxypropyl transfer reaction catalyzed by tRNA-wybutosine synthesizing enzyme, TYW2. (2009)
  • 著者名/発表者名: M.Umitsu, H.Nishimasu, A.Noma, T.Suzuki, R.Ishitani, O.Nureki
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 106 ページ: 15616-15621
• [雑誌論文] Tuberous Sclerosis Tumor Suppressor Complex-like Complexes Act as GTPase-activating Proteins for Ral GTPases. (2009)
  • 著者名/発表者名: R.Shirakawa, S.Fukai, M.Kawato, T.Higashi, H.Kondo, T.Ikeda, E.Nakayama, K.Okawa, O.Nureki, T.Kimura, T.Kita, H.Horiuchi.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 284 ページ: 21580-21588
• [雑誌論文] Conserved Cysteine Residues of GidA Are Essential for Biogenesis of 5-Carboxymethylaminomethyluridine at tRNA Anticodon (2009)
  • 著者名/発表者名: T.Osawa, K.Ito, H.Inanaga, O.Nureki, K.Tomita, T.Numata.
  • 雑誌名: Structure. 17 ページ: 713-724
• [雑誌論文] Atomic structure of a folate/FAD-dependent tRNA T54 methyltransferase (2009)
  • 著者名/発表者名: H.Nishimasu, R.Ishitani, K.Yamashita, C.Iwashita, A.Hirata, H.Hori, O.Nureki
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.USA. 106 ページ: 8180-8185
• [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of GCIP/HHM transcriptional regulator (2009)
  • 著者名/発表者名: A.Seto, H.Ikushima, T.Suzuki, Y.Sato, S.Fukai, K.Yuki, K.Miyazawa, K.Miyazono, R.Ishitani, O.Nureki
  • 雑誌名: Acta Crystallogr.Sect.F. 65 ページ: 21-24
• [雑誌論文] Pyrrolysyl-tRNA synthetase-tRNA(Pyl) structure reveals the molecular basis of orthogonality (2009)
  • 著者名/発表者名: K.Nozawa, P.O'Donoghue, S.Gundllapalli, Y.Araiso, R.Ishitani, T.Umehara, D.Soll, O.Nureki
  • 雑誌名: Nature 457 ページ: 1163-1167
• [雑誌論文] Conformational transition of Sec machinery inferred from bacterial SecYE structures (2008)
  • 著者名/発表者名: T.Tsukazaki, H.Mori, S.Fukai, R.Ishitani, T.Mori, N.Dohmae, A.Perederina, Y.Sugita, D.G.Vassylyev, K.Ito, O.Nureki
  • 雑誌名: Nature 455 ページ: 988-991
• [雑誌論文] Mg^<2+>-sensing mechanism of Mg^<2+> transporter MgtE probed by molecular dynamics study (2008)
  • 著者名/発表者名: R.Ishitani, Y.Sugita, N.Dohmae, N.Furuya, M.Hattori, O.Nureki
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.USA. 105 ページ: 15393-15398
• [雑誌論文] Structural basis for specific cleavage of Lys 63-linked polyubiquitin chains (2008)
  • 著者名/発表者名: Y.Sato, A.Oshikawa, A.Yamagata, H.Mimura, M.Yamashita, K.Ookata, O.Nureki, K.Iwai, M.Komada, S.Fukai
  • 雑誌名: Nature 455 ページ: 358-362
• [雑誌論文] Biochemical Characterization of the Rho GTPase-regulated Actin Assembly by Diaphanous-related Formins, mDia1 and Daam1, in Platelets (2008)
  • 著者名/発表者名: T.Higashi, T.Ikeda, R.Shirakawa, H.Kondo, M.Kawato, M.Horiguchi, T.Okuda, K.Okawa, S.Fukai, O.Nureki, T.Kita, H.Horiuchi.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 283 ページ: 8746-8755
• [雑誌論文] Regulation of platelet dense granule secretion by the Ral GTPase-Exocyst pathway (2008)
  • 著者名/発表者名: M.kawato, R.Shirakawa, H.Kondo, T.Higashi, T.Ikeda, K.Okawa, S.Fukai, O.Nureki, T.Kita, H.Horiuchi
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 283 ページ: 166-174
• [雑誌論文] Crystal structure of human DAAM1 formin homology 2 domain (2007)
  • 著者名/発表者名: M.Yamashita, T.Higashi, S.Suetsugu, Y.Sato, T.Ikeda, R.Shirakawa, T.Kita, T.Takenawa, H.Horiuchi, S.Fukai, O.Nureki
  • 雑誌名: Genes Cells 12 ページ: 1255-1265
• [雑誌論文] Crystal structure of the MgtE Mg2+ transporter (2007)
  • 著者名/発表者名: M Hattori, Y.Tanaka, S.Fukai, R.Ishitani, O.Nureki
  • 雑誌名: Nature 448 ページ: 1072-1075
• [雑誌論文] Crystal structure of the Sec4p・Sec2p complex in the nucleotide exchanging intermediatetate (2007)
  • 著者名/発表者名: Y.Sato, S.Fukai, R.Ishitani, O.Nureki
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA 104 ページ: 8305-8310
• [雑誌論文] Asymmetric coiled-coil structure with guanine nucleotide exchange activity (2007)
  • 著者名/発表者名: Sato, R.Shirakawa, H.Horiuchi, N.Dohmae, S.Fukai, O.Nureki
  • 雑誌名: Structure 15 ページ: 245-252
• [雑誌論文] Complete crystallographic analysis of the dynamics of CCA-addition (2006)
  • 著者名/発表者名: K.Tomita, R.Ishitani, S.Fukai, O.Nureki
  • 雑誌名: Nature 443 ページ: 956-960
• [雑誌論文] Structural basis of RNA-dependent recruitment of glutamine to the genetic code (2006)
  • 著者名/発表者名: H.Oshikane, K.Sheppard, S.Fukai, Y.Nakamura, R.Ishitani, T.Numata, L.R.Sherrer, L.Feng, E.Schmitt, M.Panvert, S.Blanquet, Y.Mechulam, D.Soll, O.Nureki
  • 雑誌名: Science 312 ページ: 1950-1954
• [雑誌論文] Snapshots of tRNA sulfuration via an adenylated intermediate (2006)
  • 著者名/発表者名: T.Numata, Y.Ikeuchi, S.Fukai, T.Suzuki, O.Nureki
  • 雑誌名: Nature 442 ページ: 419-424
• [雑誌論文] Structural basis for RNA unwinding by the DEAD-box protein Drosophila Vasa (2006)
  • 著者名/発表者名: T.Sengoku, O.Nureki, A.Nakamura, S.Kobayashi, S.Yokoyama
  • 雑誌名: Cell 125 ページ: 287-300
• [雑誌論文] Structural basis for sulfur relay to RNA mediated by heterohexameric TusBCD complex (2006)
  • 著者名/発表者名: T.Numata, S.Fukai, Y.Ikeuchi., T.Suzuki., O.Nureki
  • 雑誌名: Structure 14 ページ: 357-366
• [雑誌論文] Structural basis for anticodon recognition by methionyl-tRNA synthetase (2005)
  • 著者名/発表者名: K.Nakanishi, Y.Ogiso, S.Fukai, O.Nureki
  • 雑誌名: Nature Struct.Mol.Biol. 12 ページ: 931-932
• [雑誌論文] Structural basis for lysidine formation by ATP pyrophosphatase accompanied with alysine-specific loop and a tRNA-recognition domain (2005)
  • 著者名/発表者名: K.Nakanishi, S.Fukai, Y.Ikeuchi, A.Soma, Y.Sekine, T.Suzuki, O.Nureki
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA 21 ページ: 7487-7492
• [学会発表] Multiple conformational states of Sec machinery components implicated from bacterial SecYE crystal structure (2009)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: VIII European Symposium of The Protein Society
  • 発表場所: Zurich, Switzerland
  • 年月日: 20090000
• [学会発表] 11^<th> International Congress on Amino Acids, Peptides and Proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: Genetic code expansion by non-canonical tRNA synthetases
  • 発表場所: Vienna, Austria
  • 年月日: 20090000
• [学会発表] Crystal structure of the MgtE Mg^<2+> transporter (2008)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: Gordon Research Conference
  • 発表場所: CA, USA
  • 年月日: 20080000
• [学会発表] Gating control mechanism of magnesium transporter MgtE (2008)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: The Joint 2^<nd> Pacific Rim International Conference on Protein Science
  • 発表場所: Cairns, Australia
  • 年月日: 20080000
• [学会発表] Stop codon recoding mechanism revealed by the suppressor tRNAPyl and PylS complex structure (2008)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: ULP-JSPS forum
  • 発表場所: Strasbourg, France
  • 年月日: 20080000
• [学会発表] Genetc code extension and establishment by aminoacyl-tRNA synthetase and tRNA modification enzymes (2008)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: aaRS2008
  • 発表場所: Veyrier du Lac, France
  • 年月日: 20080000
• [学会発表] Structural basis for highly specific chemical reaction in the genetic code translation (2007)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: A Three-day Symposium on Advances in Structural Biology and Structure Prediction
  • 発表場所: Hyderabad, India
  • 年月日: 20070000
• [学会発表] Structural basis for highly specific chemical reaction in the genetic code translation (2007)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: International Symposium on Chemical Biology
  • 発表場所: Kolkata, India
  • 年月日: 20070000
• [学会発表] Structural Insights into Translational Quality Control (2007)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: American Society for Microbiology General 107^<th> Meeting
  • 発表場所: Toronto, Canada
  • 年月日: 20070000
• [学会発表] Structural insights into the modification in the tRNA anticodon region (2007)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: FEBS-CNRS Workshop
  • 発表場所: Aussois, France
  • 年月日: 20070000
• [学会発表] Structural insights into the gating control in bacterial transporters (2007)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: AsCA'07 (Plenary lecture)
  • 発表場所: Taipei, Taiwan
  • 年月日: 20070000
• [学会発表] Deep knot folding of methyltransferase structures (2006)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: FASEB Summer Research Conferences
  • 発表場所: Vermont, USA
  • 年月日: 20060000
• [学会発表] Structural Basis of RNA-Dependent Recruitment of Amino Acid to the Genetic Code (2006)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: International Conference on aaRSs
  • 発表場所: San Diego, USA
  • 年月日: 20060000
• [学会発表] Structural biology on translation of genetic code (2005)
  • 著者名/発表者名: O.Nureki
  • 学会等名: The 10th Symposium on Recent Advances in Biophysics (Plenary Lecture)
  • 発表場所: Taipei, Taiwan(2005)
  • 年月日: 20050000
• [図書] RNA修飾マシーナリーの時間分解能での反応機構(蛋白質核酸酵素) 51巻 (2006)
  • 著者名/発表者名: 濡木理
  • 総ページ数: 2596-2602
  • 出版者: 共立出版社
• [図書] 細胞の生と死を統括するアミノアシルtRNA合成酵素複合体(蛋白質核酸酵素) 50巻 (2005)
  • 著者名/発表者名: 濡木理
  • 総ページ数: 1264-1270
  • 出版者: 共立出版社
• [図書] RNA成熟マシーン(実験医学) 22巻 (2005)
  • 著者名/発表者名: 濡木理
  • 総ページ数: 43-50
  • 出版者: 羊土社
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www.nurekilab.net/