知識処理技術を用いた生命システムの再構築とその解析

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 17017002
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 高木 利久 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30110836)
• 研究分担者: 辻井 潤一 東京大学, 大学院・情報理工学系研究科, 教授 (20026313) ; 中谷 明弘 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (60301149) ; 岩崎 渉 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 (50545019)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• キーワード: オントロジー / 機能解析 / パスウェイデータベース / テキストからの情報抽出 / 自然言語処理 / QTL解析 / 知識発見 / 文献クラスタリング

研究概要

生命をシステムとして理解するための要素技術として、大量の表現型画像データを用いた多次元QTL解析手法、テキストマイニングを用いた大規模実験の解釈手法、実験手法に関する情報のテキストからの抽出手法、論文中の図表の種類を判別するための手法、大量のゲノム配列情報を用いたゲノムおよび遺伝子ネットワークの進化解析手法、複数の生物種の生命ネットワークの比較手法、および複雑なネットワークデータの解釈のための可視化手法をそれぞれ開発した。

研究成果

• [雑誌論文] Classifying biomedical figures using combination of bag of keypoints and bag of keywords, Proc. of 2nd Int. Workshop on Intell (2009)
  • 著者名/発表者名: Koike, A., Takagi, T.
  • 雑誌名: Inform. in Biol. and Med. ページ: 848-853
• [雑誌論文] Rapid Pathway Evolution Facilitated by Horizontal Gene Transfers across Prokaryotic Lineages (2009)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki, W., Takagi, T.
  • 雑誌名: PLoS Genetics. 5(3) ページ: e1000402
• [雑誌論文] Figure Classification in Biomedical Literature towards Figure Mining (2008)
  • 著者名/発表者名: Ishii, N., Koike, A., Yamamoto, Y., Takagi, T.
  • 雑誌名: IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine ページ: 263-269
• [雑誌論文] Reconstruction of Highly Heterogeneous Gene-Content Evolution across the Three Domains of Life (2007)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki, W., Takagi, T.
  • 雑誌名: Bioinformatics (ISMB/ECCB2007 proceeding issue) 23 ページ: i230-i239
• [雑誌論文] OReFiL: an online resource finder for life sciences (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, Y., Takagi, T.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 8 ページ: 287
• [雑誌論文] Biomedical knowledge navigation by literature clustering (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, Y., Takagi, T.
  • 雑誌名: Journal of Biomedical Informatics 40(2) ページ: 114-130
• [雑誌論文] Knowledge discovery based on an implicit and explicit conceptual network. (2007)
  • 著者名/発表者名: Koike, A., Takagi, T.
  • 雑誌名: J. Am. Soc. Info. Sci. Tech. 58(1) ページ: 51-65
• [雑誌論文] Improving the performance of an SVM-based method for predicting protein-protein interactions (2006)
  • 著者名/発表者名: Dohkan, S., Koike, A., Takagi, T.
  • 雑誌名: In Silico Biol. 6 ページ: 0048
• [雑誌論文] MetaGene: prokaryotic gene finding from environmental genome shotgun sequences (2006)
  • 著者名/発表者名: Noguchi, H., Park, J., Takagi, T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34(19) ページ: 5623-5630
• [雑誌論文] ALICE: An Algorithm to Extract Abbreviations from MEDLINE (2005)
  • 著者名/発表者名: Ao, H., Takagi, T.
  • 雑誌名: JAMIA 12(5) ページ: 576-586
• [雑誌論文] Automatic Extraction of Gene/protein Biological Functions from Biomedical Text (2005)
  • 著者名/発表者名: Koike, A., Niwa, Y., Takagi, T.
  • 雑誌名: Bioinformatics 21 ページ: 1227-1236
• [雑誌論文] Biomedical Information Extraction with Predicate-Argument Structure Patterns, Proc (2005)
  • 著者名/発表者名: Yakushiji, A., Miyao, Y., Tateisi, Y., Tsujii, J.
  • 雑誌名: 1st Int. Symp. on Semantic Mining in Biomedicine ページ: 60-69
• [雑誌論文] Syntax Annotation for the GENIA corpus, Proc (2005)
  • 著者名/発表者名: Tateisi, Y., Yakushiji, A., Ohta, T., Tsujii, J.
  • 雑誌名: IJCNLP 2005 ページ: 222-227
• [学会発表] Effective multi-scale graph navigation system powered by fast and biologically meaningful hierarchical clustering (2009)
  • 著者名/発表者名: Praneenararat, T. (Takagi, T. )
  • 学会等名: GIW2009
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20091214-20091216
• [学会発表] Biomedical figure search using combination of bag of keypoints and bag of words (2009)
  • 著者名/発表者名: Koike, A. (Takagi, T. )
  • 学会等名: GIW2009
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-15
• [学会発表] Classification of neuroimaging figures toward automatic figure annotation system (2009)
  • 著者名/発表者名: Ishii, N. (Takagi, T. )
  • 学会等名: GIW2009
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-14
• [学会発表] 生命科学研究者のための統合文献情報管理システム (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩崎渉
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] メダカ顔貌形状に関わる遺伝子座の探索に向けた量的形質の定量手法 (2009)
  • 著者名/発表者名: 鈴志野康正(中谷明弘)
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-09
• [学会発表] Reconstruction of highly heterogeneous gene-content evolution across the three domains of life (2007)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki, W.
  • 学会等名: ISMB/ECCB2007
  • 発表場所: Wien
  • 年月日: 2007-07-24
• [学会発表] A prototype platform for flexible comparison analyses of interactions and pathways (2007)
  • 著者名/発表者名: Fukagawa, H. (Takagi, T. )
  • 学会等名: ISMB/ECCB2007
  • 発表場所: Wien
  • 年月日: 2007-07-22
• [図書] 医学生物学分野におけるシソーラスとテキストマイニング技術の開発(実験医学増刊号) (2008)
  • 著者名/発表者名: 小池麻子(高木利久)
  • 総ページ数: 6
  • 出版者: 羊土社
• [備考] MCTDB: Medaka Craniofacial Trait Database
  • URL: http://medaka.cb.k.u-tokyo.ac.jp/mctdb/
• [備考] BioTermNet
  • URL: http://btn.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] OReFiL
  • URL: http://orefil.dbcls.jp/
• [備考] PIPS
  • URL: http://prime.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/cgi-bin/PIPS.cgi
• [備考] McSyBi
  • URL: http://textlens.hgc.jp/McSyBi/index.html
• [備考] GENA
  • URL: http://gena.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/search
• [備考] Multiple Ontology Viewer
  • URL: http://gena.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/mov
• [備考] MEDLINE全体のテキストをEnjuで解析した結果。リクエスト先メールアドレス
• [備考] GENIA Treebank
  • URL: http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/GENIA/topics/Corpus/GTB.html
• [備考] ALICE
  • URL: http://uvdb3.hgc.jp/ALICE/ALICE_index.html