生体分子パスウェイ・ネットワークの定量計測技術と撹乱法の開発

2008 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 17017004
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 伊藤 隆司 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (90201326)
• キーワード: ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム / 定量性

研究概要

1) 遺伝子発現
454ゲノムシークエンサを用いて、大腸菌へのクローニングを一切排除したPET(Paired End Tag)取得法を開発した。長いmRNAに由来するPETの収率向上が課題であったが、エマルジョンライゲーション反応に耐熱性ピロフォスファターゼを添加してピロリン酸を除去することによって改善を認めた。この手法を用いて、別途確立したヌクレオソームマップ法と組み合わせて、酵母の転写、特に非コードRNAの転写状況をゲノムワイドに解析した。
2) 蛋白質間相互作用
蛋白質の絶対定量手法として開発したPCS-MS法をベースに、対象蛋白質数の増加とダイナミックレンジの拡張を目的とする階層的PCS-MSを考案して、その有効性を実証した。更に遺伝子発現絶対定量データとの比較による両者の相関を検討した。
3) 翻訳後修飾
SILAC-PAP-MSによるユビキチン化蛋白質プロファイリングを行い、ユビキチン化関連酵素群の基質同定を進め、脱ユビキチン化酵素の基質同定に成功した。また、ユビキチン鎖の連結パターン毎の基質同定を行うために、7つのLys残基のうちひとつだけを残したユビキチンによるSILAC-PAP-MSを行った。
4) 細胞内代謝物
転写因子MetJをベースとするS-adenosylmethionineセンサーシステムの開発を進めた。

研究成果

• [雑誌論文] A proteomic screen reveals the mitochondrial outer membrane protein Mdm34p as an essential target of the F-box protein Mdm30p (2008)
  • 著者名/発表者名: Ota, K., Kito, K., Okada, S., Ito, T.
  • 雑誌名: Genes Cells 13 ページ: 1075-1085
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unexpected complexity of the budding yeast transcriptome (2008)
  • 著者名/発表者名: Ito, T., Miura, F., Onda, M.
  • 雑誌名: IUBMB Life 60 ページ: 775-781
  • 査読あり
• [雑誌論文] A parallel affinity purification method for selective isolation of polyubiquitinated proteins (2008)
  • 著者名/発表者名: Ota, K., Kito, K., Iemura, S., Natsume, T., Ito, T.
  • 雑誌名: Proteomics 8 ページ: 3004-3007
  • 査読あり
• [雑誌論文] Absolute quantification of budding yeast transcriptome by means of competitive PCR between genomic and complementary DNAs (2008)
  • 著者名/発表者名: Miura, F., Kawaguchi, N., Yoshida, M., Uematsu, C., Kito, K., Sakaki, Y., Ito, T.
  • 雑誌名: BMC Genomics 9 ページ: 574
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mass spectrometry-based approaches toward absolute quantitative proteomics (2008)
  • 著者名/発表者名: Kito, K., Ito, T.
  • 雑誌名: Curr. Genomics 9 ページ: 263-274
  • 査読あり
• [学会発表] Unexpected complexity of the budding yeast transcriptome (2008)
  • 著者名/発表者名: Takashi Ito
  • 学会等名: ASBMB2008
  • 発表場所: San Diego, USA
  • 年月日: 2008-04-06