生体メカニズムの物質変換構造を明らかにするための相互作用マップ

2008 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 17017006
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 有田 正規 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (10356389)
• キーワード: 代謝 / フラボノイド / データベース / 分子構造

研究概要

フラボノイドのデータベース作成
前年度に引き続きフラボノイドのデータベースを作成した。フラボノイド約7000分子について辞書等から文献情報を拾い出して整理し、およそ5000文献中から20000件の植物-代謝物の対応情報を電子データ化した。またおよそ1,100フラボノイドについて、構造を反映させた名称を入力する作業を行った。糖の立体構造表記も統一されていなかったので、1610フラボノイドについて糖鎖部分を修正し、統一した書式とした。
データベースシステムの移植
これまでJava appletとMySQLによりでデータベースを構築してきたが、今回、全データをMediaWikiと呼ばれるWikipediaのために開発されたシステムに移植した。MediaWikiによるシステムは従来のデータベース構築に比較して修正やメンテナンスが格段に容易であり、外部ユーザの書き込みやディスカッションも可能になった。
糖認識アルゴリズムの開発
糖の立体構造表記法であるHaworth法で描かれたXY二次元座標情報から、グルコースやガラクトース等のタイプを判定するアルゴリズムを開発した。またそのアルゴリズムをフラボノイドのデータベースに適用し、ラムノースが付加される位置に特徴があることを明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] Time-resolved metabolomics reveals metabolic modulation in rice foliage (2008)
  • 著者名/発表者名: Shigeru Sato
  • 雑誌名: BMC Systems Biology 2 ページ: 51
  • 査読あり
• [雑誌論文] 植物メタボロミクス-代謝プロファイルからシステム解析へ (2008)
  • 著者名/発表者名: 福島敦史
  • 雑誌名: 実験医学, 1月号 1
• [雑誌論文] Wikiによるフラボノイドのデータベース (2008)
  • 著者名/発表者名: 有田正規
  • 雑誌名: 実験医学増刊,「バイオデータベースとソフトウェア最前線」,4月 n/a ページ: 1148-1154
• [雑誌論文] Detection of monosaccharide types from coordinates (2007)
  • 著者名/発表者名: Masanori Arita
  • 雑誌名: Proceedings of the 18th International Conference on Genome In formatics (Genome Informatics Series 19) 19 ページ: 3-14
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unbiased characterization of genotype-dependent metabolic regulations by metabolo mic approach in Arabidopsis thaliana (2007)
  • 著者名/発表者名: Miyako Kusano
  • 雑誌名: BMC Systems Biology 1 ページ: 53
  • 査読あり
• [雑誌論文] 生体ネットワークをどう研究するべきか (2007)
  • 著者名/発表者名: 有田正規
  • 雑誌名: 数理科学5月号 527 ページ: 79-83
• [備考]
  • URL: http://metabolome.jp/
• [備考]
  • URL: http://metabolomics.jp/