パスウェイ・ネットワークの絶対定量による動態解析

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 17017042
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 独立行政法人産業技術総合研究所
• 研究代表者: 夏目 徹 独立行政法人産業技術総合研究所, バイオメディシナル情報研究センター, 研究チーム長 (00357683)
• 研究分担者: 家村 俊一郎 独立行政法人産業技術総合研究所, バイオメディシナル情報研究センター, 主任研究員 (90356410) ; 中山 洋 独立行政法人理化学研究所, 中央研究所, 研究員 (80321793) ; 澁谷 浩司 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (30261324)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• キーワード: タンパク質間相互作 / タンパク質ネットワーク解析 / プロテオミクス / 質量分析 / 動態解析 / マップキナーゼカスケー / シグナル伝達 / Erk

研究概要

細胞内のシグナル伝達のパスウェイは、多くのシグナリング分子は互いに相互作用し、複合体を形成しパスウェイを生み出す。このようにパスウェイを構成する相互作用をネットワークとして捉えるため、統一的な方法論で網羅的相互を定量する技術開発を行った。また、開発したシステムを用い、新たなパスウェイを発見した。

研究成果

• [雑誌論文] The selective autophagy substrate p62 activates the stress responsive transcription factor Nrf2 through inactivation of Keap1 (2010)
  • 著者名/発表者名: Komatsu, M., H. Kurokawa, S. Waguri, K. Taguchi, A. Kobayashi, Y. Ichimura, Y.S. Sou, I. Ueno, A. Sakamoto, K.I. Tong, M. Kim, Y. Nishito, S.I. Iemura, T. Natsume, T. Ueno, E. Kominami, H. Motohashi, K. Tanaka, M. Yamamoto
  • 雑誌名: Nat cell biology 12(3) ページ: 213-223
  • 査読あり
• [雑誌論文] Assembly pathway of the Mammalian proteasome base subcomplex is mediated by multiple specific chaperones (2009)
  • 著者名/発表者名: Kaneko, T., J. Hamazaki, S. Iemura, K. Sasaki, K. Furuyama, T. Natsume, K. Tanaka, S. Murata
  • 雑誌名: Cell 137(5) ページ: 914-925
  • 査読あり
• [雑誌論文] CHD8 suppresses p53-mediated apoptosis through histone H1 recruitment during early embryogenesis (2009)
  • 著者名/発表者名: Nishiyama, M., K. Oshikawa, Y. Tsukada, T. Nakagawa, S. Iemura, T. Natsume, Y. Fan, A. Kikuchi, A.I. Skoultchi, K.I. Nakayama
  • 雑誌名: Nat cell biology 11(2) ページ: 863-876
  • 査読あり
• [雑誌論文] FIP200, a ULK-interacting protein, is required for autophagosome formation in mammalian cells (2008)
  • 著者名/発表者名: Hara, T., A. Takamura, C. Kishi, S. Iemura, T. Natsume, J.L. Guan, N. Mizushima
  • 雑誌名: The Journal of cell biology 181(3) ページ: 497-510
  • 査読あり
• [雑誌論文] Activity-dependent synaptogenesis: regulation by a CaM-kinase kinase/CaM-kinase I/betaPIX signaling complex (2008)
  • 著者名/発表者名: Saneyoshi, T., G. Wayman, D. Fortin, M. Davare, N. Hoshi, N. Nozaki, T. Natsume, T.R. Soderling
  • 雑誌名: Neuron 57(1) ページ: 94-107
  • 査読あり
• [雑誌論文] Wnt signalling regulates paxillin ubiquitination essential for mesodermal cell motility (2007)
  • 著者名/発表者名: Iioka, H., S. Iemura, T. Natsume, N. Kinoshita
  • 雑誌名: Nat cell biology 9(7) ページ: 813-821
  • 査読あり
• [雑誌論文] Homeostatic levels of p62 control cytoplasmic inclusion body formation in autophagy-deficient mice (2007)
  • 著者名/発表者名: Komatsu, M., S. Waguri, M. Koike, Y.S. Sou, T. Ueno, T. Hara, N. Mizushima, J. Iwata, J. Ezaki, S. Murata, J. Hamazaki, Y. Nishito, S. Iemura, T. Natsume, T. Yanagawa, J. Uwayama, E. Warabi, H. Yoshida, T. Ishii, A. Kobayashi, M. Yamamoto, Z. Yue, Y. Uchiyama, E. Kominami, K. Tanaka
  • 雑誌名: Cell 131(6) ページ: 1149-1163
  • 査読あり
• [雑誌論文] XRab40 and XCullin5 form a ubiquitin ligase complex essential for the noncanonical Wnt pathway (2007)
  • 著者名/発表者名: Lee, R.H., H. Iioka, M. Ohashi, S. Iemura, T. Natsume, N. Kinoshita
  • 雑誌名: The EMBO journal 26(15) ページ: 3592-3606
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel proteasome interacting protein recruits the deubiquitinating enzyme UCH37 to 26S proteasomes (2006)
  • 著者名/発表者名: Hamazaki, J., Iemura, S., Natsume, T., Yashiroda, H., Tanaka, K., Murata, S.
  • 雑誌名: The EMBO journal 25(19) ページ: 4524-36
  • 査読あり
• [雑誌論文] XGAP, an ArfGAP, is required for polarized localization of PAR proteins and cell polarity in Xenopus gastrulation (2006)
  • 著者名/発表者名: Hyodo-Miura, J., Yamamoto, T.S., Hyodo, A.C., Iemura, S., Kusakabe, M., Nishida, E., Natsume, T., Ueno, N.
  • 雑誌名: Dev Cell 11(1) ページ: 69-79
  • 査読あり
• [雑誌論文] Shugoshin collaborates with protein phosphatase 2A to protect cohesin (2006)
  • 著者名/発表者名: Kitajima, T.S., Sakuno, T., Ishiguro, K., Iemura, S., Natsume, T., Kawashima, S.A., Watanabe, Y.
  • 雑誌名: Nature 441(7089) ページ: 46-52
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel ubiquitin-binding protein ZNF216 functioning in muscle atrophy (2006)
  • 著者名/発表者名: Hishiya, A., Iemura, S., Natsume, T., Takayama, S., Ikeda, K., Watanabe, K.
  • 雑誌名: Embo J 25(3) ページ: 554-64
  • 査読あり
• [学会発表] New generation proteomics (2009)
  • 著者名/発表者名: 夏目徹
  • 学会等名: 日本ヒトプロテオーム機構
  • 発表場所: 北里大学
  • 年月日: 2009-07-30
• [学会発表] Systematic Analysis of Protein Interaction Networks Using Human Full Length cDNA. (2005)
  • 著者名/発表者名: 夏目徹
  • 学会等名: International chemical congress of pacific basin societies
  • 発表場所: Hilton Hawaiian Village
  • 年月日: 2005-12-16
• [学会発表] Systematic analysis of protein interaction network using human full length cDNA (2005)
  • 著者名/発表者名: 夏目徹
  • 学会等名: VIth European Symposium of The Protein Society
  • 発表場所: Barcelona
  • 年月日: 2005-05-01
• [図書] 明日を拓く新次元プロテオミクス超々高感度質量分析への道のり (2009)
  • 著者名/発表者名: 夏目徹
  • 総ページ数: 61-68
  • 出版者: 学研メディカル秀潤社
• [図書] ストゲノム時代のタンパク質科学 (2006)
  • 著者名/発表者名: 夏目徹
  • 出版者: 化学同人
• [図書] ゲノムから生命システムへ (2005)
  • 著者名/発表者名: 夏目徹
  • 総ページ数: 2065-71
  • 出版者: 共立出版