| 研究概要 |
国立情報学研究所・藤山秋佐夫教授および国立遺伝学研究所・小原雄治教授の両研究グループの協力のもと、立襟鞭毛虫の一種Monosiga ovataのゲノム全塩基配列決定を進めた。昨年度作成したM. ovataのゲノム配列データ(build3.0)には、培養液中に混在している複数種類の真正細菌(主にPseudomonas sp.とVariovorax sp.)の配列情報も含まれていることが判明したため、これら混在菌の単離およびゲノム配列決定を藤山教授の研究グループの協力のもと行った。なお、東京大学・森下真一教授の研究グループの協力のもと、M. ovataのscaffoldの再構築(build3.1の作成)も進めた。改良を加えたゲノム配列データを用いて予備解析を行った結果、現在までに、M. ovatoゲノムについて以下のことが明らかになった。(1) 推定ゲノムサイズは約64Mb。(2) 推定遺伝子数は約20, 100、平均遺伝子長は約2,200bp。(3) ゲノムのG+C含量は58.5%。(4) 遺伝子当たりの平均イントロン数は約5.7、平均イントロン長は約150bp。(5) イントロンやスペーサーなどの非コード領域に2塩基単位の繰り返し配列が多数観察された。(6) 動物型のテロメア様配列が全体で約80カ所検出された。M. ovataの上記改良版ゲノム配列データを用いて、(1) 各種生物のゲノムおよび遺伝子に対する網羅的相同性検索、(2) タンパク質の各種ドメインに関する相同性検索、(3) シグナル伝達系・細胞接着・転写制御・アポトーシスに関与する遺伝子群および各種ドメインについての網羅的系統樹推定、(4) 上記解析結果を閲覧できるデータベースおよびブラウザの試作・改良を行った。
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