| 研究課題/領域番号 |
17018021
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
矢田 哲士 京都大学, 情報学研究科, 助教授 (10322728)
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| 研究分担者 |
野口 秀樹 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 研究拠点形成特任研究員 (50333349)
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| キーワード | ゲノム生物学 / バイオィンフォマティクス / 配列解析 / アラインメント / プロファイル / 遺伝子発見 / アノテーション |
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| 研究概要 |
本研究課題では・比較ゲノム時代のゲノム解析に必須となるゲノム情報のさまざまな比較技術を確立するとともに、その適用によるゲノム情報の解読を試みる。具体的な研究課題として、プロモーター配列の大域アラインメント技術の確立とそれを応用したモデル化技術の確立(以下、プロモーター配列のモデル化研究)、ゲノム配列の大域アラインメント技術の確立とそれを応用したアノテーション技術の確立(以下、ゲノム比較によるアノテーション研究)に挑戦している。
平成18年度は、プロモーター配列のモデル化研究を精力的に考察した。ここではシス因子が同定されたプロモーター配列のセットから、シス因子の形成する規則性(シス因子の並び、組み合わせ、シス因子間の距離など)をモデル化する技法を考察してきた。発現プロファイル法などで機能的に分類されたプロモーター配列のセットであっても、そこには異なる制御情報を持つグループが幾つも混在していることが多い・そこでここでは、シス因子の規則性に基づいてプロモーター配列を幾つかのグループに分類し、各グループに関するHMMを構築するアルゴリズムを考案した。各グループのHMMは、従来から用いられてきたプロファイル型の構造を持つものではなく、汎用性の高い一般的な構造を持つものを採用している。
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