大規模ゲノム情報の比較技術と知識発見

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 17018021
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 矢田 哲士 京都大学, 大学院・情報学研究科, 准教授 (10322728)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• キーワード: バイオインフォマティックス / ゲノム情報処理

研究概要

DNAやRNAやアミノ酸の配列を比較することで、分子生物学には数多くの発見がもたらされてきた。一方で、これらの配列を決定する技術は、加速度的に進展し、大量の配列データが蓄積されるようになった。その量は、これまでの配列比較技術が適用できる上限を超えている。ここでは、この大量に蓄積された長大な配列データを精度良く比較する技術を確立するとともに、その技術を活用した生物学的な新しい知識の発見を試みた。その成果のひとつとして、マイクロRNAの機能が転写のレベルで制御されていることを見いだした。

研究成果

• [雑誌論文] Positional effects of polymorphisms in probe-target sequences on genoplot images of oligonucleotide microarrays (2010)
  • 著者名/発表者名: T.L. Cui, H. Nakaoka, K. Akiyama, H. Kamura, K. Hosomichi, J. Bae, H. Cheong, H. Shin, T. Yada, I. Inoue
  • 雑誌名: Genet. Mol. Res. 23 ページ: 524-31
• [雑誌論文] Probabilistic Graphical Modeling for Large-scale Combinatorial Regulation of Transcription Factors (2008)
  • 著者名/発表者名: S.J. Park, N. Ichinose, T. Yada
  • 雑誌名: In the Proc. of Workshop on Knowledge, Language, and Learning in Bioinformatics (KLLBI-08) ページ: 72-86
• [雑誌論文] Reconstruction of transcription-translation dynamics with a model of gene networks (2008)
  • 著者名/発表者名: N. Ichinose, T. Yada, O. Gotoh, K. Aihara
  • 雑誌名: J. Theor. Biol. 255 ページ: 378-86
• [雑誌論文] Inferring Probabilistic Conditional Independency from Large-scale Combinatorial Regulation of Transcription Factors
  • 著者名/発表者名: S.J. Park, N. Ichinose, T. Yada
  • 雑誌名: J. Software (in press)
• [学会発表] A novel method for miRNA target prediction: miRNAs and their targets are frequently coregulated by common transcription factors (2009)
  • 著者名/発表者名: Yada, T.
  • 学会等名: The 4th Global COR International Symposium 2009 joint with the 19th Hot Spring Harbor Symposium
  • 発表場所: Fukuoka
  • 年月日: 20091103-20091102
• [学会発表] A Novel Point of View on MicroRNA Target Prediction (2008)
  • 著者名/発表者名: Yada, T., Fujiwara, T., Terai, G., Gotoh, O.
  • 学会等名: Proc. of the 2008 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Osaka
  • 年月日: 20080000
• [学会発表] Comprehensive Modeling for the Combinatorial Regulation of Transcription Factors (2008)
  • 著者名/発表者名: S.J. Park, N. Ichinose, T. Yada.
  • 学会等名: Proc. of the 2008 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Osaka
  • 年月日: 20080000
• [学会発表] Fast Motif Extraction Tool from a Large Number of DNA Sequences (2007)
  • 著者名/発表者名: N. Ichinose, T. Yada, O. Gotoh
  • 学会等名: Proc. of the 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Tokyo
  • 年月日: 20070000
• [学会発表] A motif-based framework for constructing promoter models (2006)
  • 著者名/発表者名: Yada, T.
  • 学会等名: The Fifth East Asian Biophysics Symposium & Forty-Fourth Annual Meeting ofthe Biophysical Society of Japan
  • 発表場所: Okinawa
  • 年月日: 20061112-20061116
• [図書] (森下真一、阿久津達也編集, 遺伝子発見, 生命研究への応用と開発が進むバイオデータベースとソフトウェア最前線,実験医学増刊, 26(7)) (2008)
  • 著者名/発表者名: 矢田哲士
  • 総ページ数: 1050-1055
• [図書] 財棒工学増刊(藤山秋佐夫監修, ゲノム比較時代の配列比較技術, 比較ゲノム学から読み解く生命システム) (2007)
  • 著者名/発表者名: 矢田哲士, 後藤修
  • 総ページ数: 21-27
• [図書] Computer and Information Science Series(Aluru, S. ed., Multiple Sequence Alignment, Handbook of Computational Molecular Biology) (2006)
  • 著者名/発表者名: O. Gotoh, S. Yamada, T. Yada
  • 出版者: Chapman & Hall/CRC
• [図書] 蛋白質核酸酵素増刊(小原・菅野・小笠原・高木・藤山・辻編集, ヒトゲノムのアノテーションデータベース, ゲノムから生命システムへ 50(16)) (2005)
  • 著者名/発表者名: 矢田哲士
  • 総ページ数: 2053-2058