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2007 年度 実績報告書

高精度比較ゲノム地図の作成と、それに基づいた比較ゲノム構造解析研究

研究課題

研究課題/領域番号 17018031
研究機関国立情報学研究所

研究代表者

藤山 秋佐夫  国立情報学研究所, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (60142311)

研究分担者 二階堂 雅人  東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教 (70432010)
豊田 敦  理化学研究所, シーケンス技術チーム, 上級研究員 (10267495)
キーワードゲノム / 比較ゲノム / 遺伝学 / ハイスループット解析 / ゲノムライブラリ / 遺伝子
研究概要

霊長類を対象とした研究として、ヒト19番染色体長腕テロメア領2Mbを対照領域とし、チンパンジーゲノムについて相同領域のクローン地図作成を進めた。ヒト19番染色体はテロメア末端までクローンコンティグが作成されていないため、この領域を対象としたコンティグクローンの単離も進めた。さらに、ゴリラゲノムテロメア領域の比較研究も開始し、全ゲノムフォスミドライブラリからのテロメア末端クローンの単離と細胞遺伝学的解析を進めた。霊長類、哺乳動物ゲノム解析材料として、オランウータンBACライブラリの構築を進めた。また、オーストラリア国立大学Gravesグループとの共同研究も進め、カンガルー全ゲノムのBACライブラリ構築、X染色体特異的フォスミドライブラリーを構築した。また、カンガルー精巣、卵巣、子宮膜、下垂体、脳から全長cDNAライブラリを構築した。
シクリッドの多様化研究については、前年度に単離したOR遺伝子群の解析に引き続き、合計11個のOR遺伝子を単離することに成功した。これらのOR遺伝子のタンパク質コード領域について、ビクトリア湖産シクリッド間におけるDNA配列を比較したところ、ある1つの遺伝子に関して、種間で異なるアリル型が確認された。今後は、このOR遺伝子のアリル頻度がシクリッドの種間における有意差の検定を行う予定である。V2R遺伝子群に関しては、遺伝子クラスター領域を全てカバーする領域を8個のBAC cloneに絞り込むことに成功した。これらのBAC cloneについては全配列決定を終了した。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2008 2007

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (15件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] UTGB/medaka : genomic resource database for medaka biology.2008

    • 著者名/発表者名
      Ahsan B., et al. including Fujiyama and Toyoda
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 36

      ページ: D747-752

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The genome size evolution of medaka (Oryzias latipes) and fugu (Takifugu rubripes).2008

    • 著者名/発表者名
      Stefan A., et al. including Fujiyama and Toyoda
    • 雑誌名

      Science 319

      ページ: 64-69

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution2007

    • 著者名/発表者名
      Kasahara M, et al.including Fujiyama and Toyoda
    • 雑誌名

      Nature 447

      ページ: 714-719

    • 査読あり
  • [学会発表] 454シーケンサーを用いたヒメツリガネゴケmRNA-3'末端大規模配列決定2007

    • 著者名/発表者名
      倉田哲也、藤山秋佐夫, 他3名
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-13
  • [学会発表] ヒメツリガネゴケゲノムの高精度解読に向けて2007

    • 著者名/発表者名
      西山智明、藤山秋佐夫, 他24名
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-12
  • [学会発表] マーモセットの遺伝子発現頻度の組織別比較解析2007

    • 著者名/発表者名
      十時泰、豊田敦, 他10名
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-12
  • [学会発表] コモンマーモセットESTの解析から見た塩基置換における組織特異性2007

    • 著者名/発表者名
      足立直樹,豊田敦, 他10名
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-12
  • [学会発表] 雄特有なゲノム進化の解明をめざした哺乳類性染色体の比較ゲノム解析2007

    • 著者名/発表者名
      黒木陽子、藤山秋佐夫, 他3名
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] 緑藻クラミドモナスのゲノム構造解析と完全長cDNA配列解析2007

    • 著者名/発表者名
      佐竹知也、藤山秋佐夫, 他11名
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] 細胞性粘菌を用いた細胞分化成立過程の比較ゲノム解析2007

    • 著者名/発表者名
      桑山秀一、藤山秋佐夫, 他9名
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] マウス卵における内在性SiRNAの生合成経路と機能2007

    • 著者名/発表者名
      渡部聡郎、豊田敦, 他4名
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] ヒト腸内常在大腸菌のゲノム解析2007

    • 著者名/発表者名
      藤英博、豊田, 他8名
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] マウス初期胚におけるマイクロRNAの変化2007

    • 著者名/発表者名
      大西悠亮、豊田敦, 他4名
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-11
  • [学会発表] Comparative Analysis of Chromosome 21 Subtelomeric Regions Between Human and Chimpanzee2007

    • 著者名/発表者名
      Noguchi, H., Fujiyama, A., and 4 authors
    • 学会等名
      Biology of Genomes
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor, USA
    • 年月日
      2007-05-13
  • [学会発表] The Genome of Amphioxus and the Ancestral Proto-Chordate2007

    • 著者名/発表者名
      Putnam, N, Fujiyama A, and 15 authors
    • 学会等名
      Biology of Genomes
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor, USA
    • 年月日
      2007-05-13
  • [学会発表] Genome Comparison Between False Killer Whale and Human2007

    • 著者名/発表者名
      Kuroki, Y, Fujiyama, A., and 10 authors
    • 学会等名
      Biology of Genomes
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor, USA
    • 年月日
      2007-05-12
  • [学会発表] Two Oryzias latipes Genomes Reveal Positive Selection and Multiple Motifs Around Transcription Start Sites2007

    • 著者名/発表者名
      Sasaki, S., Fujiyama, A., and 7 authors
    • 学会等名
      Biology of Genomes
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor, USA
    • 年月日
      2007-05-12
  • [学会発表] ヒトとチンパンジーの比較ゲノム研究から見えること2007

    • 著者名/発表者名
      藤山 秋佐夫
    • 学会等名
      2007年日本医学会総会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2007-04-07
  • [図書] 細胞工学別冊(比較ゲノム学から読み解く生命システム、監修藤山秋佐夫)2007

    • 著者名/発表者名
      藤山秋佐夫
    • 総ページ数
      196
    • 出版者
      秀潤社

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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