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2009 年度 実績報告書

高精度比較ゲノム地図の作成と、それに基づいた比較ゲノム構造解析研究

研究課題

研究課題/領域番号 17018031
研究機関国立情報学研究所

研究代表者

藤山 秋佐夫  国立情報学研究所, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (60142311)

研究分担者 黒木 陽子  独立行政法人理化学研究所, 生命情報基盤研究部門, 研究員 (10344037)
豊田 敦  情報・システム研究機構・国立遺伝学研究所, 特任准教授 (10267495)
キーワード比較ゲノム / ゲノム科学 / ゲノム情報 / 染色体 / 遺伝学
研究概要

昨年度から開始したヒト21番染色体、Y染色体についての新型シーケンサによる大規模シーケンシングについては、、配列データの情報解析を進めた。また、ヒト由来細胞(特にHapMap計画で使われている日本人由来細胞株)全ゲノムを対象に、新型シーケンサによる大規模シーケンシングを実施し(約20x)、中国人全ゲノム、韓国人全ゲノムデータとの比較解析を行った結果、各々に特徴的に一塩基多型の存在と分布を明らかにした。霊長類Y染色体の比較ゲノム解析についても続行し、オランウータンY染色体特異的フォスミドライブラリー(5Xゲノム分)の作成と、テロメアプライマーによるスクリーニングが進み、いくつかの候補クローンを得ることができた。比較の外群としてタマーワラビーY染色体の解析を進め、Y染色体のソーティングを行った。また、ヒト19番長腕末端に相当する霊長類ゲノム領域について、ZNF遺伝子群とサブテロメア構造進化の二つの局面から比較ゲノム解析を行い、新知見を得ることができた。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2009 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (4件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] The identification and functional implications of human-specific "fixed "amino acid substitutions in the glutamate receptor family2009

    • 著者名/発表者名
      Goto H
    • 雑誌名

      BMC Evol Biol. 9

      ページ: 224-233

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 次世代シークエンサーによるゲノム解読と今後の動向2009

    • 著者名/発表者名
      豊田敦
    • 雑誌名

      実験医学 27

      ページ: 1929-1935

  • [雑誌論文] ゲノム再配列決定をいかに行なうか2009

    • 著者名/発表者名
      豊田敦
    • 雑誌名

      蛋白質核酸酵素 54

      ページ: 1271-1275

  • [雑誌論文] ヒトとチンパンジーの比較からゲノム機能を解明する2009

    • 著者名/発表者名
      黒木陽子
    • 雑誌名

      実験医学 27

      ページ: 3087-3092

  • [雑誌論文] DNAシーケンシング2009

    • 著者名/発表者名
      小原雄治
    • 雑誌名

      遺伝 63

      ページ: 97-105

  • [学会発表] 超高速シーケンシングが拓く個人ゲノム解読の時代2009

    • 著者名/発表者名
      藤山秋佐夫
    • 学会等名
      日本臨床化学会北海道支部総会
    • 発表場所
      北大交流会館(札幌市)
    • 年月日
      2009-12-19
  • [学会発表] 次世代シーケンシングがもたらす比較ゲノム研究の進展2009

    • 著者名/発表者名
      藤山秋佐夫
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会大会
    • 発表場所
      横浜国際会議場(横浜市)
    • 年月日
      2009-12-10
  • [学会発表] 次世代シーケンサーによる個人ゲノム解読2009

    • 著者名/発表者名
      藤山秋佐夫
    • 学会等名
      日本人類遺伝学会第54回大会
    • 発表場所
      グランドプリンスホテル高輪(東京都)
    • 年月日
      2009-09-25
  • [学会発表] 超大規模配列決定がもたらす生命研究へのインパクト2009

    • 著者名/発表者名
      藤山秋佐夫
    • 学会等名
      日本分子生物物学会春期シンポジウム
    • 発表場所
      宮崎国際会議場(宮崎市)
    • 年月日
      2009-05-12
  • [図書] 霊長類がわかる、「研究をささえるモデル生物-実験室いきものガイド」2009

    • 著者名/発表者名
      藤山秋佐夫
    • 総ページ数
      8
    • 出版者
      化学同人
  • [図書] ゲノムと遺伝子解析「医学のための細胞生物学、永田和弘、塩田浩平編」2009

    • 著者名/発表者名
      黒木陽子
    • 総ページ数
      315
    • 出版者
      南山堂
  • [備考]

    • URL

      http://www.genome-sci.jp/

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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