高精度比較ゲノム地図の作成と、それに基づいた比較ゲノム構造解析研究

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 17018031
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 国立情報学研究所
• 研究代表者: 藤山 秋佐夫 国立情報学研究所, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (60142311)
• 研究分担者: 黒木 陽子 理化学研究所, 基幹研究所, 研究員 (10344037) ; 豊田 敦 国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 特任准教授 (10267495) ; 渡邊 正勝 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教 (90323807) ; 二階堂 真人 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教 (70432010)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• キーワード: ゲノム / 比較ゲノム / ゲノム情報 / 染色体 / ゲノムライブラリ

研究概要

本研究では、霊長類から単孔類までの哺乳類ゲノムと硬骨魚類ゲノムを対象とした系統的かつ網羅的な比較解析により、ヒトへと向かう進化経路で起きたイベントをゲノムレベルでの変遷過程として解明することを目指して研究を行った。主要な成果の一つに、チンパンジ-の常染色体とY染色体の構造決定とヒトゲノムとの比較ゲノム解析から、両者の進化経路の特徴とヒトの進化に反復配列の増幅が重要であったことを示したことがある。

研究成果

• [雑誌論文] The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori (2008)
  • 著者名/発表者名: The International Silkworm Genome Consortium
  • 雑誌名: Insect Biochemistry and Molecular Biology 38 ページ: 1036-1045
  • 査読あり
• [雑誌論文] The genomeof the moss Physomitrella patens reveals evolutionary insights into the conquest of land by plants (2008)
  • 著者名/発表者名: Stefan A. Rensing, Daniel Lang, Andreas D. Zimmer, Astrid Terry, Asaf Salamov, Harris Shapiro, Tomoaki Nishiyama, Pierre-Francois Perroud, Erika Lindquist, Yasuko Kamisugi, Takako Tanahashi,, Keiko Sakakibara, Tomomichi Fujita, Kazuko Oishi, Tadasu Shin-I, Yoko Kuroki, Atsushi Toyoda, Yutaka Suzuki, Shin-ichi Hashimoto, Kazuo Yamaguchi,, Sumio Sugano, Yuji Kohara,, Asao Fujiyama, et al
  • 雑誌名: Science 319 ページ: 64-69
  • 査読あり
• [雑誌論文] The amphioxus genome and the evolution of the chordate karyotype (2008)
  • 著者名/発表者名: Putnam NH, Butts T, Ferrier DE, Furlong RF, Hellsten U, Kawashima T, Robinson-Rechavi M, Shoguchi E, Terry A, Yu JK, Benito-Gutierrez EL, Dubchak I, Garcia-Fernandez J, Gibson-Brown JJ, Grigoriev IV, Horton AC, de Jong PJ, Jurka J, Kapitonov VV, Kohara Y, Kuroki Y, Lindquist E, Lucas S, Osoegawa K, Pennacchio LA, Salamov AA, Satou Y, Sauka-Spengler T, Schmutz J, Shin-I T, Toyoda A, Bronner-Fraser M, Fujiyama A, Holland LZ, Holland PW, Satoh N, Rokhsar DS
  • 雑誌名: Nature 453 ページ: 1064-1071
  • 査読あり
• [雑誌論文] The medaka draft geome ad insightsinto vertebrate genome evolution (2007)
  • 著者名/発表者名: Masahiro Kasahara, Kiyoshi Naruse, Shin Sasaki, Yoichiro Nakatani, Wei Qu, Budrul Ahsan, Tomoyuki Yamada, Yukinobu Nagayasu, Koichiro Doi, Yasuhiro Kasai, Tomoko Jindo, Daisuke Kobayashi, Atsuko Shimada, Atsushi Toyoda, Yoko Kuroki, Asao Fujiyama, Takashi Sasaki, Atsushi Shimizu, Shuichi Asakawa, Nobuyoshi Shimizu, Shin-ichi Hashimoto, Jun Yang, Yongjun Lee, Kouji Matsushima, Sumio Sugano, Mitsuru Sakaizumi, Takanori Narita, Kazuko Ohishi, Shinobu Haga, Fumiko Ohta, Hisayo Nomoto, Keiko Nogata, Tomomi Morishita, Tomoko Endo, Tadasu Shin-I, iroyuki Takeda, Shinichi Morishita, Yuji Kohara
  • 雑誌名: Nature 447 ページ: 714-719
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative analysis of chimpanzee and human Y chromosomes unveils complex evolutionary pathway (2006)
  • 著者名/発表者名: Yoko Kuroki, Atsushi Toyoda, Hideki Noguchi,, Todd D. Taylor, Takehiko Itoh, Dae-Soo Kim, Dae-Won Kim,, Sang-Haeng Choi, Il-Chul Kim, Han Ho Choi, Yong Sung Kim, Yoko Satta, Naruya Saitou, Tomoyuki Yamada, Shinichi Morishita, Masahira Hattori,, Yoshiyuki Sakaki, Hong-Seog Park, Asao Fujiyama
  • 雑誌名: NatureGenetics 38 ページ: 158-167
• [学会発表] ヒトとチンパンジーの個人ゲノム解読、生物多様性国際会議「霊長類のゲノム多様性研究」 (2010)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 京都大学霊長類研究所主催
  • 発表場所: 犬山国際観光センター、犬山市
  • 年月日: 20100304-20100306
• [学会発表] 超高速シーケンシングが拓く個人ゲノム解読の時代 (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本臨床化学会北海道支部総会(
  • 発表場所: 札幌市
  • 年月日: 2009-12-19
• [学会発表] 次世代シーケンシングがもたらす比較ゲノム研究の進展 (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫, 豊田敦, 黒木陽子
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会
  • 発表場所: 横浜国際会議場、横浜市
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] 次世代シーケンサによるゲノム解読 (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第54回大会
  • 発表場所: グランドプリンスホテル高輪、東京都
  • 年月日: 2009-09-25
• [学会発表] 超大規模シーケンシングが開く新しい生物学への扉 (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: ルミナGAセミナー
  • 発表場所: 東京フォーラム、東京都
  • 年月日: 2009-07-07
• [学会発表] 超大規模配列決定がもたらす生命研究へのインパクト (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本分子生物物学会春期シンポジウム
  • 発表場所: 宮崎国際会議場、宮崎市
  • 年月日: 2009-05-12
• [学会発表] 超並列型シーケンサが与えるインパクト (2008)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本分子生物学会年会シンポジウム
  • 発表場所: 神戸国際会議場・神戸市
  • 年月日: 2008-12-11
• [学会発表] ゲノムが教えてくれる生物のすがた (2008)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本分子生物物学会春期シンポジウム市民講演会
  • 発表場所: 慶應婦ラサホテル札幌・札幌市
  • 年月日: 2008-05-25
• [学会発表] ヒトとチンパンジーの比較ゲノム研究から見えること (2007)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 第27回日本医学会総会
  • 発表場所: 阪国際会議場・大阪市
  • 年月日: 2007-04-06
• [学会発表] 日本分子生物学会2006フォーラム (2006)
  • 著者名/発表者名: 藤山 秋佐夫
  • 学会等名: 名古屋国際会議場
  • 発表場所: 名古屋市
  • 年月日: 20061200
• [図書] ヒトとチンパンジーの比較からゲノム機能を解明する(特集ゲノム機能の進化) (2009)
  • 著者名/発表者名: 黒木陽子、藤山秋佐夫
  • 総ページ数: 3087-3092
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 第21章ゲノムと遺伝子解析「医学のための細胞生物学、永田和弘、塩田浩平編」 (2009)
  • 著者名/発表者名: 黒木陽子、藤山秋佐夫(分担執筆)
  • 出版者: 南山堂
• [図書] 霊長類がわかる、「研究をささえるモデル生物-実験室いきものガイド」 (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫(分担執筆)
  • 総ページ数: 14-21
• [図書] DNAシーケンシング、特集「国立遺伝学研究所60年の歩みを映して」 (2009)
  • 著者名/発表者名: 小原雄治、藤山秋佐夫
  • 総ページ数: 97-105
• [図書] ゲノム再配列決定をいかに行なうか〈特集次世代高速シークエンサーの応用と情報解析〉 (2009)
  • 著者名/発表者名: 豊田敦、藤山秋佐夫
  • 総ページ数: 1271-1275
• [図書] 次世代シークエンサーによるゲノム解読と今後の動向、実験医学増刊「疾患遺伝子の探索と超高速シークエンス-パーソナルゲノム時代の疾患解明と治療戦略 (2009)
  • 著者名/発表者名: 豊田敦、藤山秋佐夫
  • 総ページ数: 1929-1935
• [図書] ヒトと霊長類の比較ゲノム:近縁種との比較から見るヒトゲノムの特徴、(2007)細胞工学別冊(比較ゲノム学から読み解く生命システム、監修藤山秋佐夫) (2007)
  • 著者名/発表者名: 黒木陽子、野口英樹、豊田敦、藤山秋佐夫
  • 総ページ数: 43-49
  • 出版者: 秀潤社
• [図書] ヒトーチンプY染色体の常染色体よりも早い進化male-driven evolutionの可能性 (2007)
  • 著者名/発表者名: 黒木陽子、藤山秋佐夫
  • 総ページ数: 138-143
  • 出版者: 裳華房
• [図書] ヒトへの進化のゲノム基盤、ヒト・霊長類の比較ゲノム解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 渡邉日出海, 藤山秋佐夫
  • 総ページ数: 226-231
• [図書] 情報通信ジャーナル(生命の秘密に挑戦するゲノムインフォマティクス～人間とチンパンジーの違いを読み解く) (2006)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 総ページ数: 30-31
• [図書] 実験動物ニュース(霊長類の比較ゲノム学) (2006)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 総ページ数: 25-28
• [図書] 丸善ライブラリー(バイオ・情報の最前線, 371) (2005)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫、根岸正光、高野明彦、安達淳
• [図書] ヒトとチンパンジーの比較ゲノム(ヒトゲノム配列決定の内容と意義) (2005)
  • 著者名/発表者名: 黒木陽子、野口英樹、豊田敦、藤山秋佐夫
  • 総ページ数: 2072-2077
• [図書] ヒトと霊長類の比較ゲノム:近縁種との比較から見るヒトゲノムの特徴 (2005)
  • 著者名/発表者名: 黒木陽子、野口英樹、豊田敦、藤山秋佐夫
  • 総ページ数: 978-983
• [備考]
  • URL: http://www.genome-sci.jp/
• [備考]
  • URL: http://www.bioportal.jp/