| 研究課題/領域番号 |
17019051
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| 研究機関 | 九州大学 |
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研究代表者 |
田平 知子 九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (50155230)
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| 研究分担者 |
堀内 孝彦 九州大学, 大学病院, 准教授 (90219212)
久木田 洋児 大阪府立病院機構大阪府立成人病センター(研究所), 研究員 (60372744)
林 健志 九州大学, 生体防御医学研究所, 特任教授 (00019671)
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| キーワード | 関連解析 / PLACE-SSCP / 自己免疫疾患 / 一塩基多型 / 確定ハプロタイプ / 全胞状奇胎 / データベース |
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| 研究概要 |
1.単一精子由来のゲノムを持つ全胞状奇胎DNAをタイピングすることにより、確定ハプロタイプ、すなわちSNPおよびコピー数多型(CNV)の染色体上での実際の並びを決定した。タイピングにはAffymetrix SNP 6.0およびIllumina 1M-Duoアレイを用い、クオリティーチェックを通過した84個の検体について170万個のSNPのジェノタイプを決定した。また、アレル頻度5%以上のSNPの連鎖不平衡地図を作成し、ゲノムワイド関連解析に有用なタグSNPを決定し、データベース(D-HaploDB)に収載した。さらに、この2つのプラットフォームでのCNV解析の結果を統合するため、各種の計算手法を検討し、最終的に01shenらが開発したDNA Copyにより解析した。それぞれのアレイで解析した結果をマージして2400個のCNV領域を同定した。そのうち520個はアレル頻度5%以上であり、その約2/3は既知のものと一致したが、新規CNVも含まれていた。
2.プールDNAを用いたゲノムワイド関連解析(P-GWAS)により全身性エリテマトーデス(SLE)感受性遺伝子の探索を行った。Affymetrix 500Kアレイを用いた定量的SNP解析による疾患関連SNPの一次スクリーニング、定量的PLACE-SSCP法を用いた二次スクリーニング、および個別タイピングによって複数の領域が疾患との非常に強い関連を示した。このうち、上位3領域のSNPについて、別の地域のサンプルでも、すべてが再現性よく疾患との関連を示すことを確認した。このなかで、特にIKZF1遺伝子上流のSNP(odds ratio 1.5, P=3×10^<-13>)に注目し、周辺領域の詳細な解析を行った。また、このほかの関連性を示した領域についても国内共同研究により再現性を確認し、新規疾患感受性領域を同定した。
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