定量的一塩基多型解析技術の開発と医療への応用

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 17019051
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: 田平 知子 九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (50155230)
• 研究分担者: 林 健志 九州大学, 生体防御医学研究所, 特任教授 (00019671) ; 堀内 孝彦 九州大学, 大学病院, 准教授 (90219212) ; 久木田 洋児 大阪府立病院機構, 大阪府立成人病センター研究所, 研究員 (60372744) ; 日笠 幸一郎 九州大学, 学術研究員 (10419583)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• キーワード: SNP / 疾患関連解析 / 自己免疫疾患 / SSCP / ハプロタイプ / データベース

研究概要

プールDNA を用いた,飛躍的に低コスト且つ信頼出来る疾患遺伝子の関連解析法を開発・確立した.本法はマイクロアレイ法,定量的SSCP法の2段階からなり,これを用いて全身性エリテマトーデスのゲノムワイド関連解析を行い,多数の疾患関連遺伝子を同定した.また,多数の全胞状奇胎のゲノムを解析し,SNPおよびコピー数多型に関する確定ハプロタイプを決定し,日本人ゲノムの連鎖不平衡構造の情報基盤を「D-HaploDB」として公開した.

研究成果

• [雑誌論文] A definitive haplotype map as determined by genotyping duplicated haploid genomes finds a predominant haplotype preference at copy number variation events. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kukita Y, Yahara K, Tahira T, Higasa K, Sonoda M, Yamamoto K, Kato K, Wake N, Hayashi K.
  • 雑誌名: Am.J.Hum.Genet. 86(6) ページ: 918-928
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evaluation of haplotype inference using definitive haplotype data obtained from complete hydatidiform moles, and its significance for the analyses of positively selected regions. (2009)
  • 著者名/発表者名: Higasa K, Kukita Y, Kato K, Wake N, Tahira T, Hayashi K.
  • 雑誌名: PLoS Genetics 5(5) ページ: e1000468
  • 査読あり
• [雑誌論文] Estimation of SNP allele frequencies by SSCP analysis of poolepooleolepooleleNA. (2009)
  • 著者名/発表者名: Tahira T, Kukita Y, Higasa K, Okazaki Y, Yoshinaga A, Hayashi K.
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology 578 ページ: 193-207
• [雑誌論文] Prevalence of copy number neutral LOH in glioblastomas revealed by genome-wide analysis of laser- microdissected tissues. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kuga D, Mizoguchi M, Guan Y, Hata N, Yoshimoto K, Shono T, Suzuki SO, Kukita Y, Tahira T, Nagata S, Sasaki T, Hayashi K.
  • 雑誌名: Neuro Oncol 10(6) ページ: 995-1003
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association of polymorphisms in complement component C3 gene with susceptibility to systemic lupus erythematosus. (2008)
  • 著者名/発表者名: Miyagawa H, Yamai M, Sakaguchi D, Kiyohara C, Tsukamoto H, Kimoto Y, Nakamura T, Lee J-H, Tsai C-Y, Chiang B-L, Nagasawa K, Harada M, Tahira T, Hayashi K, Horiuchi T.
  • 雑誌名: Rheumatology 47(2) ページ: 158-164
  • 査読あり
• [雑誌論文] Narrowing the regions of allelic losses of chromosome 1p36 in meningioma tissues by an improved SSCP analysis. (2008)
  • 著者名/発表者名: Guan Y, Hata N, Kuga D, Yoshimoto K, Mizoguchi M, Shono T, Suzuki S, Tahira T, Kukita Y, Higasa K, Yokoyama N, Nagata S, Iwaki T, Sasaki T, Hayashi K.
  • 雑誌名: Int.J.Cancer 122(8) ページ: 1820-1826
  • 査読あり
• [雑誌論文] Moderate reduction of Norrin signaling activity associated with the causative missense mutations identified in patients with familial exudative vitreoretinopathy. (2008)
  • 著者名/発表者名: Qin M, Kondo H, Tahira T, Hayashi K.
  • 雑誌名: Human Genetics 122(6) ページ: 615-623
  • 査読あり
• [雑誌論文] Severe form of familial exudative vitreoretinopathy caused by homozygous R417Q mutation in frizzled-4 gene. (2007)
  • 著者名/発表者名: Kondo H, Qin M, Tahira T, Hayashi K.
  • 雑誌名: Ophthalmic Genetics 28(4) ページ: 220-223
  • 査読あり
• [雑誌論文] Novel mutations in Norrie disease gene in Japanese patients with Norrie disease and familial exudative vitreoretinopathy. (2007)
  • 著者名/発表者名: Kondo H, Qin M, Kusaka S, Tahira T, Hasebe H, Hayashi H, Uchio E, Hayashi K.
  • 雑誌名: Invest.Ophthalmol.Vis.Sci 48(3) ページ: 1276-1282
  • 査読あり
• [雑誌論文] D-HaploDB : a database of definitive haplotypes determined by genotyping complete hydatidiform mole samples. (2007)
  • 著者名/発表者名: Higasa K, Miyatake K, Kukita Y, Tahira T, Hayashi K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 35 ページ: D685-D689
  • 査読あり
• [雑誌論文] A functional M196R polymorphism of tumor necrosis factor receptor type 2 is associated with systemic lupus erythematosus : a case-control study and a meta-analysis. (2007)
  • 著者名/発表者名: Horiuchi T, Kiyohara C, Tsukamoto H, Okamura S, Nagasawa K, Harada M., et al.
  • 雑誌名: Ann.Rheum.Dis. 66(3) ページ: 320-324
  • 査読あり
• [雑誌論文] Novel OPA1 mutations identified in Japanese pedigrees with optic atrophy. (2006)
  • 著者名/発表者名: Qin M, Kondo H, Uno H, Fujiwara E, Uchino E, Tahira T, Hayashi K.
  • 雑誌名: Molecular Vision 12 ページ: 485-491
  • 査読あり
• [雑誌論文] QSNPlite, a software system for quantitative analysis of SNPs based on capillary array SSCP analysis. (2006)
  • 著者名/発表者名: Tahira T, Okazaki Y, Miura K, Yoshinaga A, Masumoto K, Higasa K, Kukita Y, Hayashi K.
  • 雑誌名: Electrophoresis 27(19) ページ: 3869-3878
  • 査読あり
• [雑誌論文] Optimization of capillary array electrophoresis single strand conformation polymorphism analysis for routine molecular diagnostics. (2006)
  • 著者名/発表者名: Jespersgaard C, Larsen LA, Baba S, Kukita Y, Tahira T, Christiansen M, Vuust J, Hayashi K, Andersen PS.
  • 雑誌名: Electrophoresis 27(19) ページ: 3816-3822
  • 査読あり
• [雑誌論文] Periodicity of SNP distribution around transcription start sites. (2006)
  • 著者名/発表者名: Higasa K, Hayashi K.
  • 雑誌名: BMC Genomics 7 ページ: 66
• [雑誌論文] Allelic Losses of Chromosome 10 in Glioma Tissues Detected by Quantitative Single-Strand Conformation Polymorphism Analysis. (2006)
  • 著者名/発表者名: Hata N, Yoshimoto K, Yokoyama N, Mizoguchi M, Shono T, Guan Y, Tahira T, Kukita Y, Higasa K, Nagata S, Iwaki T, Sasaki T, Hayashi K.
  • 雑誌名: Clin.Chem 52(3) ページ: 370-378
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association of MBL gene polymorphisms with major bacterial infection in patients treated with high-dose chemotherapy and autologous PBSCT. (2005)
  • 著者名/発表者名: Horiuchi T, Gondo H, Miyagawa H, Otsuka J, Inaba S, Nagafuji K, Takase K, Tsukamoto H, Koyama T, Mitoma H, Tamimoto Y, Miyagi Y, Tahira T, Hayashi K, Hashimura C, Okamura S, Harada M.
  • 雑誌名: Gene Immun 6(2) ページ: 162-166
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complexity of the genotype-phenotype correlation in familial exudative vitreoretinopathy with mutations in the LRP5 and/or FZD4 genes. (2005)
  • 著者名/発表者名: Qin M, Hayashi H, Oshima K, Tahira T, Hayashi K, Kondo H.
  • 雑誌名: Human Mutation 26(2) ページ: 104-112
  • 査読あり
• [雑誌論文] dbQSNP : a database of SNPs in human promoter regions with allele frequency information determined by single-strand conformation polymorphism- based method. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tahira T, Baba S, Higasa K, Kukita Y, Suzuki Y, Sugano S, Hayashi K.
  • 雑誌名: Human Mutation 26(2) ページ: 69-77
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide definitive haplotypes determined using a collection of complete hydatidiform moles. (2005)
  • 著者名/発表者名: Kukita Y, Miyatake K, Stokowski R, Hinds D, Higasa K, Wake N, Hirakawa T, Kato H, Matsuda T, Pant K, Cox D, Tahira T, Hayashi K.
  • 雑誌名: Genome Res. 15(11) ページ: 1511-1518
  • 査読あり
• [学会発表] Definitive SNP/CNV haplotyping of Asian genomes using DNAs derived from complete hydatidiform moles. (2009)
  • 著者名/発表者名: Hayashi K, et al.
  • 学会等名: 58th Annual Meeting of American Society of Human Genetics.
  • 発表場所: Honolulu, U.S.A.
  • 年月日: 2009-10-23
• [学会発表] Identification of loci for systemic lupus erythematosus by pooling-based genome-wide association study. (2008)
  • 著者名/発表者名: Tahira T, et al.
  • 学会等名: 57th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics
  • 発表場所: Philadelphia, U.S.A.
  • 年月日: 2008-11-12
• [学会発表] D-haplo : a genome-wide definitive haplotype determined using complete hydatidiform moles. (2006)
  • 著者名/発表者名: Hayashi K.
  • 学会等名: The 8th international meeting on human genome variation and complex genome analysis (HGV2006)
  • 発表場所: Hong Kong, SAR, China(招待講演)
  • 年月日: 2006-09-14
• [図書] PCR-SSCP法実験医学別冊「新遺伝子工学ハンドブック」改訂第5版 (2010)
  • 著者名/発表者名: 田平知子
  • 総ページ数: 110-114
  • 出版者: 林健志羊土社
• [図書] SNP ゲノタイピング(総論) 「DNAチップ/マイクロアレイ臨床応用の実際」(油谷浩幸編) (2008)
  • 著者名/発表者名: 久木田洋児, 林健志
  • 総ページ数: 105-110
  • 出版者: メディカルATゥ
• [図書] メンデルからDNAを経てゲノムへ バイオ研究マスターシリーズ「遺伝子工学集中マスター」 (2006)
  • 著者名/発表者名: 林健志
  • 総ページ数: 14-30
  • 出版者: 羊土社
• [備考] 「dbQSNP」データベース
  • URL: http://qsnp.gen.kyushu-u.ac.jp/
• [備考] 「D-HaploDB」データベース
  • URL: http://orca.gen.kyushu-u.ac.jp/
• [備考] 「QSNPlite」ソフトウェア
  • URL: http://qsnp.gen.kyushu-u.ac.jp