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2009 年度 実績報告書

病態のシステム的理解と疾患情報モデルの構築

研究課題

研究課題/領域番号 17019065
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

五條堀 孝  国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (50162136)

研究分担者 池尾 一穂  国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 准教授 (20249949)
鈴木 善幸  国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 助教 (70353430)
キーワード疾患情報 / 脳・神経系 / 情報生物学 / データベース
研究概要

本研究課題においては、「様々な疾患における病態をシステムとして理解し、疾患情報モデルの研究とその構築を行う」ということが目的とされている。この目的を達成するために、本年度においては、マウスやヒドラなどといった、いわゆるモデル生物における情報も考慮していきながら、とくに神経系に関係するシステムを中心として研究を展開していった。
とくに、本年度においては、2008年度までに得られていた結果を中心として研究成果の取りまとめに向けて努力するとともに、米国におけるポール・アレン脳科学研究所で開発されてきている、マウス脳における遺伝子の発現データベースである、マウス脳三次元データベースをミラーサイト化して開設させることに成功した。
そして、ポール・アレン脳科学研究所で開発されたマウス脳三次元データベースと、本研究課題において開発されてきているヒト脳三次元データベースを比較解析することによって研究を行った。とくに、オーソロガスな関係にある遺伝子の発現プロフィールをこれらのデータベースの間で比較解析することによって、ヒトとマウスの対応関係のあり方についての検討を行った。
さらに、ヒト遺伝子とマウス遺伝子の間の遺伝子発現における関連性を明らかにするとともに、これら中枢神経を持った哺乳類とは系統的に離れた、散在神経を持った刺胞動物のモデル生物であるヒドラに存在する、いわば原始的と考えられる神経系で発現されている遺伝子との相互関連性も明らかにした。とくに、ヒトの脳における、コンピューター上で可視化された3次元グラフィック・インターフェースのもとに、遺伝子発現データベースが高速に検索しやすいシステムの試験的な横築を果たした。

  • 研究成果

    (20件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (8件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Gene Expression Profile of Fibrovascular Membranes from Patients with Proliferative Diabetic Retinopathy2010

    • 著者名/発表者名
      Yoshida, S.
    • 雑誌名

      Br J Ophthalmol (In press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Endogenous non-retroviral RNA virus elements in mammalian genomesIdentification of endogenous non-retroviral RNA virus elements in mammalian genomes2010

    • 著者名/発表者名
      Horie, M.
    • 雑誌名

      Nature 463(7277)

      ページ: 84-87

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DDBJ launches a new archive database with analytical tools for next-generation sequence data2010

    • 著者名/発表者名
      Kaminuma, E.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 38(Database issue)

      ページ: D33-38

    • 査読あり
  • [雑誌論文] H-DBAS : Human-transcriptome DataBase for Alternative Splicing, update 20102010

    • 著者名/発表者名
      Takeda, J.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 38(Database issue)

      ページ: D86-90

    • 査読あり
  • [雑誌論文] H-InvDB in 2009, extended database and data-mining resources for human genes and transcripts2010

    • 著者名/発表者名
      Yamasaki, C.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 38(Database issue)

      ページ: D626-632

    • 査読あり
  • [雑誌論文] G-compass : A web-based comparative genome browser between human and other vertebrate genomes2009

    • 著者名/発表者名
      Kawahara, Y.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 25(24)

      ページ: 3321-3322

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA sequence analysis(Version 2.0)2009

    • 著者名/発表者名
      Gojobori, T.
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Life Science(ELS) September

      ページ: 1-9

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Methods for incorporating the hypermutability of CpG dinucleotides in detecting natural selection operating at the amino acid sequence level2009

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, Y.
    • 雑誌名

      Mol.Biol.Evol. 26(10)

      ページ: 2275-84

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of an accurate classification system of proteins into structured and unstructured regions that uncovers novel structural domains : its application to human transcription factors2009

    • 著者名/発表者名
      Fukuchi, S.
    • 雑誌名

      BMC Structural Biology 9(1):26

      ページ: 1-31

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line2009

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, H.
    • 雑誌名

      Nature Genetics 41(5)

      ページ: 553-62

    • 査読あり
  • [学会発表] 病態のシステム的理解と疾患情報モデルの構築2009

    • 著者名/発表者名
      五條堀孝
    • 学会等名
      応用ゲノムCO1、CO2班会議
    • 発表場所
      グランドアーク半蔵門(東京)
    • 年月日
      2009-12-02
  • [学会発表] ライフサイエンスの研究開発におけるオミックス研究の重要性2009

    • 著者名/発表者名
      五條堀孝
    • 学会等名
      木原財団研究開発事業成果報告会
    • 発表場所
      横浜情報文化センター(神奈川)
    • 年月日
      2009-11-25
  • [学会発表] ペタゲノミクスの時代を迎えて-超大量な生命情報への将来戦略2009

    • 著者名/発表者名
      五條堀孝
    • 学会等名
      先端生命科学研究会
    • 発表場所
      慶応義塾大学湘南藤沢キャンパス(神奈川)
    • 年月日
      2009-10-27
  • [学会発表] 肝臓病:トランスレーショナル・リサーチへのゲノム情報戦略2009

    • 著者名/発表者名
      五條堀孝
    • 学会等名
      日本肝臓学会大会
    • 発表場所
      京都国際会議場(京都)
    • 年月日
      2009-10-15
  • [学会発表] ペタゲノミクスの到来-生命情報の超大量時代をどう乗り越えるか2009

    • 著者名/発表者名
      五條堀孝
    • 学会等名
      GCOE若手支援シンポジウム
    • 発表場所
      京王プラザホテル札幌(北海道)
    • 年月日
      2009-09-30
  • [学会発表] 次世代シーケンサー時代のデータベース遺伝学のゲノム革命と次世代シーケンサー2009

    • 著者名/発表者名
      五條堀孝
    • 学会等名
      日本遺伝学会第81回大会
    • 発表場所
      信州大学(長野)
    • 年月日
      2009-09-16
  • [学会発表] 病態のシステム的理解と疾患情報モデルの構築2009

    • 著者名/発表者名
      五條堀孝
    • 学会等名
      平成21年度第2回企画委員会
    • 発表場所
      神戸ポートピアホテル(兵庫)
    • 年月日
      2009-09-01
  • [学会発表] Biomolecular information infrastructure in Japan and its global collaborations2009

    • 著者名/発表者名
      五條堀孝
    • 学会等名
      ELIXIR WP3 Global Committee meeting
    • 発表場所
      EBI(Hinxton, United Kingdom)
    • 年月日
      2009-04-28
  • [図書] 『理科年表2010』国立天文台編 丸善2009

    • 著者名/発表者名
      五條堀孝
    • 総ページ数
      904
    • 出版者
      生命情報のデータベース化
  • [図書] 『次世代創薬テクノロジー 実践:インシリコ創薬の最前線』遺伝子医学MOOK 142009

    • 著者名/発表者名
      五條堀孝
    • 総ページ数
      175-179
    • 出版者
      パーソナルゲノム時代の創薬

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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