情報解析および成果公開のための支援活動

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 17020001
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 高木 利久 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30110836)
• 研究分担者: 森下 真一 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (90292854) ; 久原 哲 九州大学, 大学院・農学研究院, 教授 (00153320) ; 松田 秀雄 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50183950) ; 金久 實 京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• キーワード: 情報解析 / 表現型解析 / データベース / バイオインフォマティクス / ゲノム リシーケンス / 病原微生物解析 / ゲノムアノテーション / 疾患関連遺伝子解析

研究概要

本支援班は、情報処理やデータ公開の専門家集団による技術的支援を行う事により、また、データベースの公開や維持の為の人的・資金的支援を行う事により、ゲノム特定4領域の研究の成果を素早く、また、十分に利用価値を高めた形で公開する為に設けられた。毎年前期と後期の2回支援募集を行い、情報解析・成果公開支援委員会で審査を行い、支援を実施した。本支援により開発したデータベースは順次その成果を公開している。

研究成果

• [雑誌論文] MachiBase: a Drosophila melanogaster 5'-end mRNA transcription database (2009)
  • 著者名/発表者名: Ahsan, B., Saito, T.L., Hashimoto, S.I., Muramatsu, K., Tsuda, M., Sasaki, A., Matsushima, K., Aigaki, T., Morishita, S.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 37 ページ: D49-D53
• [雑誌論文] Heterogeneity of Arabidopsis core promoters revealed by high density TSS analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, YY., Yoshitsugu, T., Sakurai, T., Seki, M., Shinozaki, K., Obokata, J.
  • 雑誌名: Plant J. 60 ページ: 350-362
• [雑誌論文] Olfactory neural circuitry for attraction to amino acids revealed by transposon-mediated gene trap approach in zebrafish, Proc. (2009)
  • 著者名/発表者名: Koide, T., Miyasaka, N., Morimoto, K., Asakawa, K., Urasaki, A., Kawakami, K., Yoshihara, Y.
  • 雑誌名: Natl. Acad. Sci. 106 ページ: 9884-9889
• [雑誌論文] Afferent neurons of the zebrafish lateral line are strict selectors of hair-cell orientation (2009)
  • 著者名/発表者名: Faucherre, A., Pujol-Marti, J., Kawakami, K., Lopez-Schier, H.
  • 雑誌名: PLoS ONE 4 ページ: e4477
• [雑誌論文] SNP HiTLink: a high-throughput linkage analysis system employing dense SNP data (2009)
  • 著者名/発表者名: Fukuda, Y., Nakahara, Y., Date, H., Takahashi, Goto, J., Miyashita, A., Kuwano, R., Adachi, H., Nakamura, E., Tsuji, S.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 10 ページ: 121
• [雑誌論文] Gclust: trans-kingdom classification of proteins using automatic individual threshold setting (2009)
  • 著者名/発表者名: Sato, N.
  • 雑誌名: Bioinformatics 25 ページ: 599-605
• [雑誌論文] Efficient frequency-based de novo short read clustering for error trimming in next-generation sequencing (2009)
  • 著者名/発表者名: Qu, W., Hashimoto, S., Morishita, S.
  • 雑誌名: Genome Research 19(7) ページ: 1309-1315
• [雑誌論文] Chromatin-Associated Periodicity in Genetic Variation Downstream of Transcriptional Start Sites (2009)
  • 著者名/発表者名: Sasaki, S., Mello, C., Shimada, A., Nakatani, Y., Hashimoto, S., Ogawa, M., Matsushima, K., Gu, S.G., Kasahara, M., Ahsan, B., Sasaki, A., Saito, T., Suzuki, Y., Sugano, S., Kohara, Y., Takeda, H., Fire, A., Morishita, S.
  • 雑誌名: Science 323(5912) ページ: 401-404
• [雑誌論文] MachiBase: a Drosophila melanogaster 5'-end mRNA transcription database (2009)
  • 著者名/発表者名: Ahsan, B., Saito, T., Hashimoto, S., Muramatsu, K., Tsuda, M., Sasaki, A., Matsushima, K., Aigaki, T., Morishita, S.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 37 ページ: D49-D53
• [雑誌論文] High-resolution analysis of the 5'-end transcriptome using a next generation DNA sequencer (2009)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, S., Qu, W., Ahsan, B., Ogoshi, K., Sasaki, A., Nakatani, Y., Lee, Y., Ogawa, M., Ametani, A., Suzuki, Y., Sugano, S., Lee, C.C., Nutter, R.C., Morishita, S., Matsushima, K.
  • 雑誌名: PLoS One 4(1) ページ: e4108
• [雑誌論文] ppdb, a plant promoter database (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, YY., Obokata, J.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36 ページ: D977-D981
• [雑誌論文] DBTSS: database of transcription start sites, progress report 2008 (2008)
  • 著者名/発表者名: Wakaguri, H., Yamashita, R., Suzuki, Y., Sugano, S., Nakai, K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 36 ページ: D97-101
• [雑誌論文] Variant between CPT1B and CHKB associated with susceptibility to narcolepsy (2008)
  • 著者名/発表者名: Miyagawa, T., Kawashima, M., Nishida, N., Ohashi, J., Kimura, R., Fujimoto, A., Shimada, M., Morishita, S., Shigeta, T., Lin, L., Hong, S-C., Faraco, J., Shin, Y-K., Jeong, J-H, Okazaki, Y., Tsuji, S., Honda, M., Honda, Y., Mignot, E., Tokunaga, K.
  • 雑誌名: Nature Genetics 40(11) ページ: 1324-1328
• [雑誌論文] UTGB/medaka: genomic resource database for medaka biology (2008)
  • 著者名/発表者名: Ahsan, B., Kobayashi, D., Yamada, T., Kasahara, M., Sasaki, S., Saito, TL., Nagayasu, Y., Doi, K., Nakatani, Y., Qu, W., Jindo, T., Shimada, A., Naruse, K., Toyoda, A., Kuroki, Y., Fujiyama, A., Sasaki, T., Shimizu, A., Asakawa, S., Shimizu, N., Hashimoto, S., Yang, J, Lee, Y., Matsushima, K., Sugano, S., Sakaizumi, M., Narita, T., Ohishi, K., Haga, S., Ohta, F., Nomoto, H., Nogata, K., Morishita, T., Endo, T., Shin-I, T., Takeda, H., Kohara, Y., Morishita S.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36 ページ: D747-752
• [雑誌論文] Genetic analysis of craniofacial traits in the medaka (2007)
  • 著者名/発表者名: Kimura, T., Shimada, A., Sakai, N., Mitani, H., Naruse, K., Takeda, H., Inoko, H., Tamiya, G., Shinya, M.
  • 雑誌名: Genetics 177 ページ: 2379-2388
• [雑誌論文] Comparative metagenomics revealed commonly enriched gene sets in human gut microbiomes (2007)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, K., Itoh, T., Kuwahara, T., Oshima, K., Toh, H., Toyoda, A., Takami, H., Morita, H., Sharma, VK, Srivastava, TP, Taylor, TD, Noguchi, H., Mori, H., Ogura, Y., Ehrlich, DS, Itoh, K., Takagi, T., Sakaki, Y., Hayashi, T., Hattori, M.
  • 雑誌名: DNA Res 14(4) ページ: 169-181
• [雑誌論文] Reconstruction of the Vertebrate Ancestral Genome Reveals Dynamic Genome Reorganization in Early Vertebrates (2007)
  • 著者名/発表者名: Nakatani, Y., Takeda, H., Kohara, Y., Morishita, S.
  • 雑誌名: Genome Research 17(9) ページ: 1254-1265
• [学会発表] Recent advances in the Tol2 transposon technology in zebrafish, 3rd Strategic Conference of Zebrafish Investigators (2009)
  • 著者名/発表者名: Kawakami, K.
  • 学会等名: 川上浩一
  • 発表場所: Asilomar, USA.
  • 年月日: 20090124-20090128
• [学会発表] Chromatin-associated periodicity in genetic variation downstream of transcriptional start sites (2008)
  • 著者名/発表者名: 森下真一
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会合同大会シンポジウム「超高速シーケンサーとバイオインフォマティクス」
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-11
• [学会発表] An improved scoring scheme for predicting glycan structures from gene expression data, The Seventh Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology2007 (2007)
  • 著者名/発表者名: Suga, A. (Kanehisa, M. )
  • 学会等名: IBSB2007
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-08-02
• [図書] 生命研究への応用と開発が進むバイオデータベースとソフトウェア最前線(『実験医学』2008年4月増刊号) (2008)
  • 著者名/発表者名: 森下真一、阿久津達也編
  • 総ページ数: 225
  • 出版者: 羊土社
• [図書] Large-scale genome sequence processing (2006)
  • 著者名/発表者名: Kasahara, M. (Morishita, S. )
  • 総ページ数: 248
  • 出版者: Imperial College Press
• [備考] UTGB Drosophila [相垣敏郎]
  • URL: http://machibase.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] LipidBank [有田正規]
  • URL: http://lipidbank.jp/
• [備考] Metabolomics. JP [有田正規]
  • URL: http://metabolomics.jp/
• [備考] Metabolome. JP [有田正規]
  • URL: http://www.metabolome.jp/
• [備考] MassBank [有田正規]
  • URL: http://www.massbank.jp/
• [備考] Gene function HOmology Search Tool(GHOST) [伊藤隆司]
  • URL: http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/GHOST/GHOST.pl
• [備考] Annotation Rating Tool(ART) [伊藤隆司]
  • URL: http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/ART/ART.pl
• [備考] Acytostelium Gene Database(AcytoDB) [漆原秀子]
  • URL: http://acyto.sequence.info/
• [備考] 3C browser(公開準備中)[大川恭行]
• [備考] SD-Score algorithm [大野欽司
  • URL: http://www.med.nagoya-u.ac.jp/neurogenetics/SD_Score/sd_score.html
• [備考] siRNA designer [大野欽司]
  • URL: http://www.med.nagoya-u.ac.jp/neurogenetics/i_Score/i_score.html
• [備考] Association Test for CNV ver. 1 [大橋順]
  • URL: http://210.188.217.208:8081/cnv/jsp/index.jsp
• [備考] ppdb: Plant Promoter Database [小保方潤一]
  • URL: http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp/
• [備考] Firefox3 [金子周司]
  • URL: http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/download/
• [備考] zTrap:Zebrafish Gene Trap and Enhancer Trap Database [川上浩一]
  • URL: http://kawakami.lab.nig.ac.jp/ztrap/
• [備考] Ortholog Group Management System [久原哲]
  • URL: http://jamboree.grt.kyushu-u.ac.jp:9001/
• [備考] STR検索ソフト[桑野良三]
  • URL: http://ocean.cb.k.u-tokyo.ac.jp/str21/index.cgi
• [備考] pub marker [桑野良三]
  • URL: http://ocean.cb.k.u-tokyo.ac.jp/homocontig1/test.cgi
• [備考] ゲノムフィニッシングプラットフォーム[小原雄治]
  • URL: http://dolphin.lab.nig.ac.jp
• [備考] CyanoClustサーバー[佐藤直樹]
  • URL: http://cyanoclust.c.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] Gclustサーバー[佐藤直樹]
  • URL: http://gclust.c.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] NIG Mouse Phenotype Database [城石俊彦]
  • URL: http://molossinus.lab.nig.ac.jp/phenotype/index.html
• [備考] NIG Mouse Genome Database [城石俊彦]
  • URL: http://molossinus.lab.nig.ac.jp/msmdb/
• [備考] MCTDB [新屋みのり]
  • URL: http://medaka.cb.k.u-tokyo.ac.jp/mctdb/
• [備考] DBTSS [菅野純夫]
  • URL: http://dbtss.hgc.jp/
• [備考] BifidoBase [鈴木徹]
  • URL: http://gib.genes.nig.ac.jp/single/index.php?spid=Bado_ATCC15703
• [備考] BifidoBase [鈴木徹]
  • URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=genomeprj&cmd=Retrieve&dopt=Overview&list_uids=16321
• [備考] Fluorome [園池公毅]
  • URL: http://www.photosynthesis.jp/fluorome/
• [備考] proGENA [高木利久]
  • URL: http://gena.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/progena/progena.php
• [備考] MOV (Multi Ontology Viewer) [高木利久]
  • URL: http://gena.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/mov/
• [備考] BioTermNet [高木利久]
  • URL: http://btn.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] PRIME [高木利久]
  • URL: http://prime.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/
• [備考] Data Collector for Auto Annotation on Microbial Genomes [津田雅孝]
  • URL: http://www.burkholderia.net/
• [備考] WorTS (Worm TS Mutant Database) [中村邦明]
  • URL: http://worts.biken.osaka-u.ac.jp/
• [備考] ヒト腸内細菌叢メタゲノムデータ[服部正平]
  • URL: http://metagenome.jp/
• [備考] Kyoto Chlamydomonas Genome Database (KCGD) [藤山秋佐夫]
  • URL: http://chlamy.pmb.lif.kyoto-u.ac.jp/chlamybase/
• [備考] Acytosterium Genome Database [藤山秋佐夫]
  • URL: http://acyto.sequence.info/
• [備考] Chemical Compound Classification Database: Sclion [松田秀雄]
  • URL: http://sclion.ics.es.osaka-u.ac.jp
• [備考] MuSICA2 [森下真一]
  • URL: http://musica.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] Efficient frequency-based de novo short-read clustering for error trimming in next-generation sequencing [森下真一]
  • URL: http://mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/~quwei/DeNovoShortReadClustering/
• [備考] UTGB medaka [森下真一]
  • URL: http://utgenome.org/UTGBMedaka/
• [備考] MachiBase [森下真一]
  • URL: http://machibase.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] UTGB (yeast) [森下真一]
  • URL: http://yeast.utgenome.org/
• [備考] PrimerStation [森下真一]
  • URL: http://ps.cb.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] dsCheck [森下真一]
  • URL: http://dscheck.rnai.jp/
• [備考] siDirect [森下真一]
  • URL: http://design.rnai.jp/
• [備考] Full-Malaria/Parasites and Full-Arthropods: databases of full-length cDNAs of parasites and arthropods, update 2009 [渡辺純一]
  • URL: http://fullmal.hgc.jp/
• [備考] Full-Malaria: an enlarged database for comparative studies of full-length cDNAs of malaria parasites, Plasmodium species [渡辺純一]
  • URL: http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] Comparasite: a database for comparative study of transcriptomes of parasites defined by full-length cDNAs [渡辺純一]
  • URL: http://fullmal.hgc.jp/comp_index.html
• [備考] 「イネ品種改良が加速名大がプロモーターをデータベース化」、中日新聞朝刊、2007年8月10日[小保方潤一]
• [備考] 「シロイヌナズナやイネのプロモーター名大が機能配列DB化」、日刊工業新聞、2007年8月10日[小保方潤一]