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2009 年度 実績報告書

生命システム解明の基盤データベース構築

研究課題

研究課題/領域番号 17020005
研究機関京都大学

研究代表者

金久 實  京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)

研究分担者 服部 正泰  東京大学, 化学研究所, 助教 (60372554)
キーワードゲノム / プロテオーム / バイオインフォマティクス / パスウェイ・ネットワーク / ケミカルゲノム
研究概要

本研究は、遺伝子・分子レベルの網羅的な解析から、細胞・個体・生態系レベルでの生命システムの全体像を明らかにすることを目指し、新しい情報技術の開発とともに、新しいタイプの基盤データベースを構築することを目的とする。細胞・個体レベルでの生命システム情報は、これまでのKEGGにおいてすでにデータベース化が行われているので、本研究では生物種間相互作用や環境との相互作用といったより高次レベルの生命システム情報をゲノムの情報と統合し、医療や産業をはじめ、ゲノム情報の有効利用へつなぐ基盤データベースを構築している。
平成21年度の成果は以下の通りである。(1) 急増するゲノム数に対応し、KEGG GENES遺伝子カタログデータベース構築とオーソロググループKOに基づくアノテーションを行った。(2) 本研究の大きな成果として、前年度に開発した内部用のアノテーション自動化ツールであるKOALAを、今後とも外部利用者に継続して提供できるようシステム開発を行った。(3) ケミカル情報を蓄積したKEGG LIGANDデータベース構築を継続して行い、反応に伴う化学構造変化(RDM)パターンに基づく反応予測システムPathPredを新たに開発し公開した。(4) KEGGを個別目的にカスタマイズして利用できる環境作りとして、各ユーザーがKEGGに対する検索や解析を自分のプログラムに組み込んで利用できるようKEGG APIの開発も継続して行った。(5) 支援活動として、基盤ゲノム領域及び他のゲノム領域に対して、ゲノムデータやESTデータの機能アノテーションなど、本研究の成果を生かした支援を行った。また、幅広い研究者を対象としたデータベース利用講習会およびKEGG API入門コース等を開催した。本研究の成果はhttp://www.genome.jp/kegg/で公開している。

  • 研究成果

    (14件)

すべて 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (7件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] KEGG for representation and analysis of molecular networks involving diseases and drugs.2010

    • 著者名/発表者名
      Kanehisa, M., Goto, S., Furumichi, M., Tanabe, M., Hirakawa, M.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 38

      ページ: D355-D360

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization and classification of adverse drug interactions.2009

    • 著者名/発表者名
      Takarabe, M., Shigemizu, D., Kotera, M., Goto, S., Kanehisa, M.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 22

      ページ: 167-175

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of a lipid biosynthesis protein family and phospholipid structural variations.2009

    • 著者名/発表者名
      Tanaka, M., Moriya, Y., Goto, S., Kanehisa, M.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 22

      ページ: 191-201

    • 査読あり
  • [雑誌論文] E-zyme : predicting potential EC numbers from the chemical transformation pattern of substrate-product pairs.2009

    • 著者名/発表者名
      Yamanishi, Y., Hattori, M., Kotera, M., Goto, S., Kanehisa, M.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 25

      ページ: i79-i86

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Extraction and analysis of chemical modification patterns in drug development.2009

    • 著者名/発表者名
      Shigemizu, D., Araki, M., Okuda, S., Goto, S., Kanehisa, M.
    • 雑誌名

      J.Chem. Inf. Model. 49

      ページ: 1122-1129

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive analysis of glycosyltransferases in eukaryotic genomes for structural and functional characterization of glycans.2009

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto, K., Tokimatsu, T., Kawano, S., Yoshizawa, A.C. , Okuda, S., Goto, S.,Kanehisa, M.
    • 雑誌名

      Carbohydr. Res. 344

      ページ: 881-887

    • 査読あり
  • [学会発表] Comprehensive analysis of polyketide synthase families.2009

    • 著者名/発表者名
      Shimizu, Y., Kotera, M., Tokimatsu, T., Hattori, M., Goto, S., Kanehisa, M.
    • 学会等名
      The 20th International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-15
  • [学会発表] Analysis of plant UGT family sequences and substrate specificity.2009

    • 著者名/発表者名
      Nishimura, Y., Tokimatsu, T., Kotera, M., Goto, S., Kanehisa, M.
    • 学会等名
      The 20th International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-15
  • [学会発表] Reclassification of oxidoreductase subclasses based on the relationships of reductants and oxidants.2009

    • 著者名/発表者名
      Kotera, M., Tokimatsu, T., Nakagawa, Z., Moriya, Y., Hattori, M., Goto, S., Kanehisa, M.
    • 学会等名
      The 20th International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-15
  • [学会発表] Extracting common substructures of GPCR ligands.2009

    • 著者名/発表者名
      Erguner, B., Hattori, M., Goto, S., Kanehisa, M.
    • 学会等名
      The 20th International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-15
  • [学会発表] Structural clustering of plant secondary metabolite to estimate compound classes reflecting their biosynthetic pathway.2009

    • 著者名/発表者名
      Tokimatsu, T., Kotera, M., Goto, S., Kanaya, S., Kanehisa, M.
    • 学会等名
      The 20th International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-14
  • [学会発表] Chemical continuity of reaction centers along successive metabolic reactions.2009

    • 著者名/発表者名
      Hattori, M., Kotera, M., Muto, A., Goto, S., Kanehisa, M.
    • 学会等名
      The 20th International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-14
  • [学会発表] Structural similarity-based approach to characterize crude drug components.2009

    • 著者名/発表者名
      tuto, A., Kanehisa, M.
    • 学会等名
      The 20th International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-14
  • [備考] KEGGデータベース

    • URL

      http://www.genome.jp/kegg/

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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