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本支援班は前特定領域「統合ゲノム」で設置されたDNAシーケンシング施設を活用し、より高効率のシーケンシング体制を構築し、他3領域特に「比較ゲノム」領域との連携のもとにそれぞれの課題におけるゲノム/ESTシーケンシングを集中的におこなうことを目的として、以下の成果をあげた。
(1)大量シーケンシング体制の構築・改良
Templiphiの導入、徹底した希釈によりコストダウンの目標をほぼ達成した。
(2)大量シーケンシング支援:以下解析し、データ提供した。
1.ゲノム
1)日本産野生マウス系統の薄い(x1)WGSとマウス標準系統とのSNP検出
リード数592万、高クオリティ配列総延長2.98Gb(マウスゲノムのカバー率1X)に達し、並行してシーケンスエラーも考慮してB6標準系統マウスゲノムとの間でSNPを検出・対応付けができるブラウザを開発した。結果、平均1%弱のSNPを検出しマップした。
2)襟べん毛虫(200Mb前後):バクテリアのコンタミ問題がほぼ解決し、本格スタートした。
3)カイコ:フォスミド両端シーケンシング12万クローン
4)クワコ:フォスミド両端シーケンシング76800クローン
2.EST
1)ナメクジウオ:5ライブラリー計148000クローン
2)無尾ボヤ(Molgula):2万クローン
3)ユウレイボヤ:5ステージ96000クローン
4)コムギ:25000クローン
5)ヒメツリガネゴケ:SAGEライブラリー10万クローン、EST46000クローン
6)クラミドモナス:5万クローン
(3)リソース管理
本課題で解析したホヤ、ナメクジウオのcDNAクローンについて内外からのリクエストに対応した。
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