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2006 年度 実績報告書

大量DNAシーケンシング体制の構築と支援

研究課題

研究課題/領域番号 17020008
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

小原 雄治  国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 教授 (70135292)

キーワードゲノムシーケンシング / 全ゲノムショットガン / EST / フォスミド / SNP / 比較ゲノム / SAGE
研究概要

以下の大量シーケンシング支援をおこなった。
1)日本産野生マウス系統の薄いWGSとマウス標準系統とのSNP検出:昨年度に引き続き全ゲノムショットガンシーケンスを行った。最終的にはマウスゲノムのカバー率1.4Xのリードを得た。シーケンスエラーも考慮してB6標準系統マウスゲノムとの間でSNPを検出・対応付けができるブラウザを開発した結果、平均1%弱のSNPを検出マップした。マウス間の比較をさらに進めるために、PCRダイレクトシーケンシング法を用いて3つの別系統JF1、PGN、HMIについて配列比較を行った。
2)襟べん毛虫(100Mb前後):HQリード数:74万、総延長:390Mbのショットガンリードが得られた。これにFosmidエンド配列情報を加え、PCAPによりアセンブル実行した結果、scaffold総延長70M、最長scaffold 785K、N50 132Kが得られた。
3)細胞性粘菌Acytostelium subglobosum:低カバー率の全ゲノムショットガンシーケンスをおこない、4.9万リード、総延長:28.8Mbのショットガンデータを得た。
4)以下のEST等解析をおこなった:
クラミドモナス(5ライブラリー、計96000クローン)、ギボシムシ(5ライブラリー、計96000クローン)、ヒメツリガネゴケ(3ライブラリー、計40000クローン;5'SAGEライブラリー、計57600クローン;3'SAGEライブラリー、11520クローン)、コムギ(61440クローン)、アピコンプレクサ原虫2種(各1ライブラリー、計23000クローン)、アゲハ2種(各1ライブラリー、計46000クローン)、アンドンクラゲ(1ライブラリー、23000クローン)

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2007 その他

すべて 雑誌論文 (4件)

  • [雑誌論文] Axial patterning in cephalochordates and the evolution of the organizer.2007

    • 著者名/発表者名
      Jr-Kai Yu
    • 雑誌名

      Nature 445

      ページ: 613-617

  • [雑誌論文] Gene organization of the liverwort Y chromosome reveals distinct sex chromosome evolution in a haploid system.2007

    • 著者名/発表者名
      Katsuyuki T. Yamato
    • 雑誌名

      PNAS 104

      ページ: 6472-6477

  • [雑誌論文] Retrotransposon Silencing by DNA Methylation can Drive Mammalian Genomic Imprinting2007

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke Suzuki
    • 雑誌名

      PLos Genetics 3

      ページ: No.4,e55

  • [雑誌論文] Analysis of large scale expression sequenced tags (ESTs) from the anuraI ascidian, Molgula tectiformis.

    • 著者名/発表者名
      Fuki Gyoja
    • 雑誌名

      Developmental Biology (in press)2007

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公開日: 2008-05-08   更新日: 2016-04-21  

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