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2009 年度 実績報告書

大量DNAシーケンシングと生命システム比較解明への応用

研究課題

研究課題/領域番号 17020009
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

小原 雄治  国立遺伝学研究所, 所長 (70135292)

キーワード胚発生 / 母性遺伝子 / mRNA局在化 / UTR(非翻訳領域) / トランスクリプトーム / in situハイブリダイゼーション / 転写調節領域 / 多光子共焦点顕微鏡
研究概要

1) 腸系譜の時期特異的発現のモチーフ予測と同定:モチーフ同定のために開発したFEsystemを3つの連続した原腸陥入期(E2-,E4-E8-時期)で発現が開始する遺伝子群に応用し、レポーターアッセイ等の検証実験を行なった。GATAサイトに加え、GATAではないモチーフを各時期から同定でき、同定したモチーフを交換することで腸系譜での遺伝子発現開始時期を調節できることを確認した。さらに同定モチーフを線虫のyeast-one-hybridのデータセットを探索した結果、それぞれの時期で転写因子候補を見出し、特にE8時期については時期・部位特異的な転写制御には、「部位」を制御しているGATA因子と「時期」を制御しているDAF-12の組み合わせで発現が制御されていることが示唆された。
2) 初期胚における翻訳制御・局在化のメカニズム:昨年度までに母性遺伝子pos-1 mRNA局在化に必要な配列(シス因子)をpos-13^'UTRの58塩基の配列にまで絞りこんだ。同定されたシス因子は近縁種間で高度に保存されており、C.elegansでも機能した。トランス因子についてYeast three-hybrid法を利用してシス因子と結合するタンパク質を探索し、RNAi等により候補遺伝子のpos-1 mRNAの局在への影響を調べた結果、mex-1がpos-1 mRNAの局在に必要な事が分かった。MEX-1とpos-1 mRNAの結合を確認した。また、pos-1 mRNAとは逆にAnterior側に局在するmex-3 mRNAの局在シス因子を3-UTR内の179塩基に絞り込み、その中の35塩基が重要であることを示した。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (13件)

  • [雑誌論文] Protein phosphatase 2A cooperates with the autophagy-related kinase UNC-51 to regulate axon guidance in Caenorhabditis elegans2010

    • 著者名/発表者名
      Ken-ichi Ogura
    • 雑誌名

      Development 137

      ページ: 1657-1667

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Latrophilin signalling links anterior-posterior tissue polarity and oriented cell divisions in the C.elegans embryo2009

    • 著者名/発表者名
      Tobias Langenhan
    • 雑誌名

      Developmental Cell 17(4)

      ページ: 494-504

    • 査読あり
  • [学会発表] Systematic analyses of AFD-specific enhancers in C.elegans2009

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kagoshima
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-12
  • [学会発表] Computational and experimental studies on cis-regulatory modules in C.elegans embryogenesis2009

    • 著者名/発表者名
      Akihiro Mori
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-12
  • [学会発表] Semi-automatic system for the creation of cell shape models in C.elegans embryogenesis2009

    • 著者名/発表者名
      Hideaki Hiraki
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-11
  • [学会発表] Studies on localization mechanisms of the maternal pos-1 mRNA in C.elegans embryos2009

    • 著者名/発表者名
      Koki Noguchi
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-11
  • [学会発表] 線虫 Caenorhabditis elegans ミトコンドリア電子伝達系複合体IIフラビンタンパク質(Fp)サブユニットの変異による精子機能不全2009

    • 著者名/発表者名
      網野比佐子
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-11
  • [学会発表] Study on localization mechanisms of maternal mex-3 mRNA in C.elegans2009

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Konno
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-10
  • [学会発表] Beta-catenin HMP-2 is involved in Src pathway in endoderm induction2009

    • 著者名/発表者名
      Eisuke Sumiyoshi
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-10
  • [学会発表] Study on localization mechanisms of maternal mex-3 mRNA in C.elegans2009

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Konno
    • 学会等名
      17th International C.elegans Meeting
    • 発表場所
      UCLA, USA
    • 年月日
      2009-06-27
  • [学会発表] Comparative genomic analysis of the nematodes in Antarctica2009

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kagoshima
    • 学会等名
      17th International C.elegans Meeting
    • 発表場所
      UCLA, USA
    • 年月日
      2009-06-27
  • [学会発表] Combination of cis-regulatory modules for temporal regulation of gene expression in C.elegans : Towards promoter design2009

    • 著者名/発表者名
      Akihiro Mori
    • 学会等名
      17th International C.elegans Meeting
    • 発表場所
      UCLA, USA
    • 年月日
      2009-06-26
  • [学会発表] Systematic analyses of AFD-specific enhancers in C.elegans2009

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kagoshima
    • 学会等名
      17th International C.elegans Meeting
    • 発表場所
      UCLA, USA
    • 年月日
      2009-06-25
  • [学会発表] Genome and transcriptome analysis by the next-generation sequencer2009

    • 著者名/発表者名
      Tadasu Shin-i
    • 学会等名
      17th International C.elegans Meeting
    • 発表場所
      UCLA, USA
    • 年月日
      2009-06-25
  • [学会発表] Semi-automatic system for the creation of cell shape models in C.elegans embryogenesis2009

    • 著者名/発表者名
      Hideaki Hiraki
    • 学会等名
      17th International C.elegans Meeting
    • 発表場所
      UCLA, USA
    • 年月日
      2009-06-25

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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