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2007 年度 実績報告書

ナノ・バイオ物質における形状と機能の量子デザイン

研究課題

研究課題/領域番号 17064002
研究機関筑波大学

研究代表者

押山 淳  筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 教授 (80143361)

研究分担者 白石 賢二  筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 教授 (20334039)
BOERO Mauro  筑波大学, 大学数理物質科学研究科, 准教授 (40361315)
岡田 晋  筑波大学, 大学数理物質科学研究科, 准教授 (70302388)
岩田 潤一  筑波大学, 計算科学研究センター, 研究員 (70400695)
山内 淳  慶應義塾大学, 理工学部, 専任講師 (90383984)
キーワードナノ物質 / バイオ物質 / 量子論 / 電子状態 / 密度汎関数理論
研究概要

ナノ・バイオ物質における原子構造・ナノ形状・電子物性・機能発現の4者の相関を解明すべく、量子論に立脚した計算科学的手法による研究が進められた。手法開発の側面では、密度汎関数理論に基づいた全エネルギー・電子構造計算を、実空間格子上で実行する計算コード(RSDFT)が開発され、並列計算機上でのチューニングが行われた。またナノ秒を超える時間スケールでの、イオンと電子のダイナミクスを調べる、メタ・ダイナミクス手法をCar-Parrinello分子動力学計算コードにインプリメントし(CPMD-MeD)、各種の生体分子の反応に適用された。そうした計算手法め開発に加速され、以下のようなナノサイエンス、バイオサイエンスにおける研究成果が得られた。
1. RSDFTにより1000原子系の安定構造探索が可能になり、シリコン中の原子空孔周囲の緩和構造が高精度で決定された。
2. RSDFTにより、10,000原子系の電子状態計算が可能となり、シリコンクラスターの励起エネルギーが計算された。
3. CPMD-MeDにより、シトクローム酸化酵素中でのプロトン輸送機構の原子スケールの機構が解明された。
4.歪半導体薄膜での有効質量の膜圧、歪依存性が明らかになり、歪テクノロジーへの基礎が作られた。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2008 2007

すべて 雑誌論文 (21件) (うち査読あり 21件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] Effective Mass Anomalies in Strained Si Thin Films and Crystals2008

    • 著者名/発表者名
      J. Yamauchi
    • 雑誌名

      IEEE Electron Device Letters 29

      ページ: 186-188

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ge Vacancies at Ge/Si Interfacee: Stress Enhanced Pairing Distrotion2008

    • 著者名/発表者名
      K. Takai, K. Shiraishi and A. Oshiyama
    • 雑誌名

      Physics Beview B77

      ページ: 045308

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Large-scale density-functional calculations on silicon divacancies.2008

    • 著者名/発表者名
      J. Iwata, K. Shiraishi and A. Oshiyama
    • 雑誌名

      Physics Beview B77

      ページ: 115280

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Energetics of nanoscale graphene ribbons: Edge geometries and electronic structures2008

    • 著者名/発表者名
      S. Okada
    • 雑誌名

      Physical Review B77

      ページ: 041408(R)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electronic transport properties of strained Si thin films: Effective mass anomalies2007

    • 著者名/発表者名
      J. Yamauchi
    • 雑誌名

      Conference Porceedings 893, Physics of Semi conductors, 28^<th> International Conference

      ページ: 1405-1406

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effective-Mass Anomalies of Strained Silicon Thin Films: Surface and Confinement Effects2007

    • 著者名/発表者名
      J. Yamauchi and S. Matsuno
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Applied Physics 46

      ページ: 3273-3276

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Role of Nitrogen Atoms in Reduction of Electron Charge Traps in Hf-based High-k Dielectrics2007

    • 著者名/発表者名
      N. Umezawa, K. Shiraishi, K. Torii, M. Boero, T. Chikyow, H. Watanabe, K. Yamabe, T. Ohno, K. Yamaba, and Y. Nara
    • 雑誌名

      IEEE Electron Device Letters 28

      ページ: 363-365

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Possible Mechanism of Proton Transfer through Peptide Groups in the H-pathway of the Bovine Cytochrome c Oxidase2007

    • 著者名/発表者名
      K. Kamiya, M. Boero, M. Tateno, K. Shiraishi and A. Oshiyama
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society 129

      ページ: 9663-9673

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hydration properties of magnesium and calcium ions from constrained first principles molecular dynamics2007

    • 著者名/発表者名
      T. Ikeda, M. Boero and K. Terakura
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics 127

      ページ: 074503

    • 査読あり
  • [雑誌論文] First Principles Molecular Dynamics Study of Catalytic Reactions of Biological Systems: Toward Analyses with QM/MM Hybrid Molecular Simulations2007

    • 著者名/発表者名
      M. Boero, J. Park, Y. Hagiwara and M. Tateno
    • 雑誌名

      Journal of Physics: Condensed Matter 129

      ページ: 365217

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel Mechanism for Proton Transfer in Bovine Cytochrome c Oxidase2007

    • 著者名/発表者名
      K. Kamiya, M. Boero, M. Tateno, K. Shiraishi and A. Oshiyama
    • 雑誌名

      Journal of Physics: Condensed Matter 19

      ページ: 365220

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Excess electron in water at different thermodynamic conditions2007

    • 著者名/発表者名
      M. Boero
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry A111

      ページ: 12248-1226

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Formation of titanium-carbide in a nanospace of C782007

    • 著者名/発表者名
      M. Otani, S. Okada and A. Oshiyama
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 438

      ページ: 274

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantum Effects in Cylindrical Carbon-Nanotube Capacitor2007

    • 著者名/発表者名
      K. Uchida, S. Okada, K. Shiraishi and A. Oshiyama
    • 雑誌名

      Journal of Physics: Condensed Matter 19

      ページ: 365218

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Energetics of Ice Nanotubes and their Encapsulation in Carbon. Nanotubes from Density-Functional Theory2007

    • 著者名/発表者名
      T. Kurita, S. Okada, A. Oshiyama
    • 雑誌名

      Physics Review B75

      ページ: 205424

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantum Effects in Double-Walled Carbon Nanotube Capacitor2007

    • 著者名/発表者名
      K. Uchida, S. Okada, K. Shiraishi and A. Oshiyama
    • 雑誌名

      Physics Beview B76

      ページ: 155436

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Orientaiton. Dependence of Magnetic Moment of Carbon Nanotubes with Topological Line Defects2007

    • 著者名/発表者名
      S. Okada, K. Nakada, and T. Kawai
    • 雑誌名

      Applied Physics Letters 90

      ページ: 103120

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electronic structures of finite-length carbon nanotubes: Crossover from fullerenes to nanotubes2007

    • 著者名/発表者名
      S. Okada
    • 雑誌名

      NANO 2

      ページ: 51-57

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Radial-breathing mode frequencies for nanotubes encapsulating fullerenes2007

    • 著者名/発表者名
      S. Okada
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 438

      ページ: 59

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Energetics and Electronic Structure of Armchair Nanotubes with Topological Line Defect2007

    • 著者名/発表者名
      S. Okada, K. Nakada, and T. Kawai
    • 雑誌名

      Energetics and Electronic Structure of Armchair Nanotubes with Topological Line Defect 19

      ページ: 465231

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Energetics and Electronic Structures of Carbon Nanotubes with Adatom-Vacancy Defects2007

    • 著者名/発表者名
      S. Okada
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 447

      ページ: 263

    • 査読あり
  • [学会発表] 王又毛霧テ編素数質の雪子状薦:ネタみクー夕と暦層薄造2007

    • 著者名/発表者名
      岡田晋
    • 学会等名
      本物理学会第62回年次大会、若手奨励賞引賞記念講演.
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2007-09-22
  • [学会発表] Density-Functional Approach to Nano-and Bio-Materials2007

    • 著者名/発表者名
      A, Oshiyama
    • 学会等名
      ICYS(NIMS)-ICMR(UC Santa Barbara)Summer School on Nanomaterials
    • 発表場所
      NIMS,Tsukuba
    • 年月日
      2007-07-27
  • [学会発表] Proton Transfer in Cytochrome c Oxidase using CPMD+Metadynamics2007

    • 著者名/発表者名
      A, Oshiyama
    • 学会等名
      Roberto Car 60th Birthday Symposium
    • 発表場所
      ICTP,Trieste,Italy
    • 年月日
      2007-06-21

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公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

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