トランポートソームを対象とした分子実態を伴った相互作用ネットワークの解析に関する研究

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 17081003
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 木下 賢吾 東北大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (60332293)
• 連携研究者: 中村 春木 大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (80134485)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• キーワード: 膜輸送複合体 / トランスポートソーム / DNAマイクロアレイ / 遺伝子共発現 / タンパク質立体構造 / タンパク質間相互作用

研究概要

相互作用ネットワークの解析は、複雑な生命システムを理解する第一歩である。これまで相互作用ネットワークというと、要素としてのタンパク質を「点」、相互作用を「線」で著す抽象度の高いものであった。これに対して我々は、タンパク質の実体である立体構造を保持したままの状態で相互作用ネットワークの構築を行い分子レベルで生命を理解する基盤を構築するために、遺伝子共発現に基づいた相互作用ネットワークの推定法とタンパク質複合体構造の予測法の開発を行った。

研究成果

• [雑誌論文] Rank of correlation coefficient as a comparable measure for biological significance of gene coexpression (2009)
  • 著者名/発表者名: T Obayashi, K Kinoshita
  • 雑誌名: DNA research 16,5 ページ: 249-260
  • 査読あり
• [雑誌論文] Classification of hetero-dimer interfaces using docking models and construction of scoring functions for the complex structure prediction (2009)
  • 著者名/発表者名: Y Tsuchiya, E Kanamori, H Nakamura, K Kinoshita
  • 雑誌名: Adv. Appl. Bioinfo. Chem 2,1 ページ: 79-100
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analyses on hydrophobic characteristics and attractive effects induced by the different reference states in all-atom-distance-dependent potentials (2009)
  • 著者名/発表者名: M Shirota, T Ishida, K Kinoshita
  • 雑誌名: Protein Sci 18,9 ページ: 1906-1915
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multi-dimensional correlations for gene coexpression and application to the large-scale data of Arabidopsis (2009)
  • 著者名/発表者名: K Kinoshita, T Obayashi
  • 雑誌名: Bioinformatics 25,20 ページ: 2677-2684
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of new indices to evaluate protein-protein interfaces: Assembling space volume, assembling space distance, and global shape descriptor (2009)
  • 著者名/発表者名: M Maeda, K Kinoshita
  • 雑誌名: J. Mol. Graph. Mod 27,6 ページ: 706-711
  • 査読あり
• [雑誌論文] ATTED-II provides coexpressed gene networks for Arabidopsis (2009)
  • 著者名/発表者名: T Obayashi, S Hayashi, M Saeki, H Ohta, K Kinoshita
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 37 ページ: D987-991
  • 査読あり
• [雑誌論文] PiSite: a database of protein interaction sites using multiple binding states in the PDB (2009)
  • 著者名/発表者名: M Higurashi, T Ishida, K Kinoshita
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 37 ページ: D360-364
  • 査読あり
• [雑誌論文] Discrimination between biological interfaces and crystal-packing contacts (2008)
  • 著者名/発表者名: Y Tsuchiya, H Nakamura, K Kinoshita
  • 雑誌名: Adv. Appl. Bioinfo. Chem 1,1 ページ: 99-113
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of surface-to-volume ratio of proteins on hydrophilic residues, decrease in occurrence and increase in buried fraction (2008)
  • 著者名/発表者名: M Shirota, T Ishida, K Kinoshita
  • 雑誌名: Protein Sci 17,9 ページ: 1596-1602
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of disordered protein regions based on meta-approach (2008)
  • 著者名/発表者名: T Ishida, K Kinoshita
  • 雑誌名: Bioinformatics 24,11 ページ: 1344-1348
  • 査読あり
• [雑誌論文] A cavity with an appropriate size is the basis of the PPIase activity (2008)
  • 著者名/発表者名: T Ikura, K Kinoshita, N Ito
  • 雑誌名: Protein Eng Des Sel 21,2 ページ: 83-89
  • 査読あり
• [雑誌論文] COXPRESdb: a database of coexpressed gene networks in mammals (2008)
  • 著者名/発表者名: T Obayashi, S Hayashi, M Shibaoka, M Saeki, H Ohta, K Kinoshita
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 36 ページ: D77-82
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of transient hub proteins and the possible structural basis for their multiple interactions (2008)
  • 著者名/発表者名: M Higurashi, T Ishida, K Kinoshita
  • 雑誌名: Protein Sci 17,1 ページ: 72-78
  • 査読あり
• [雑誌論文] Docking of protein molecular surfaces with evolutionary trace analysis (2007)
  • 著者名/発表者名: E Kanamori, Y Murakami, Y Tsuchiya, DM Standley, H Nakamura, K Kinoshita
  • 雑誌名: Proteins 69,4 ページ: 832-838
  • 査読あり
• [雑誌論文] eF-seek: prediction of the functional sites of proteins by searching for similar electrostatic potential and molecular surface shape (2007)
  • 著者名/発表者名: K Kinoshita, Y Murakami, H Nakamura
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 35 ページ: W398-402
  • 査読あり
• [雑誌論文] PrDOS: prediction of disordered protein regions from amino acid sequence (2007)
  • 著者名/発表者名: T Ishida, K Kinoshita
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 35 ページ: W460-464
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mutational analysis of block and facilitation of HERG current by a class III anti-arrhythmic agent, nifekalant (2007)
  • 著者名/発表者名: Y Hosaka, M Iwata, N Kamiya, M Yamada, K Kinoshita, Y Fukunishi, K Tsujimae, H Hibino, Y Aizawa, A Inanobe, H Nakamura, Y Kurachi
  • 雑誌名: Channels 1,1 ページ: 198-208
  • 査読あり
• [雑誌論文] ATTED-II: a database of co-expressed genes and cis elements for identifying co-regulated gene groups in Arabidopsis (2007)
  • 著者名/発表者名: T Obayashi, K Kinoshita, K Nakai, M Shibaoka, S Hayashi, M Saeki, D Shibata, K Saito, H Ohta
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 35 ページ: D863-869
  • 査読あり
• [雑誌論文] PreBI: prediction of biological interfaces of proteins in crystals (2006)
  • 著者名/発表者名: Y Tsuchiya, K Kinoshita, N Ito, H Nakamura
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 34 ページ: W320-324
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analyses of homo-oligomer interfaces of proteins from the complementarity of molecular surface, electrostatic potential and hydrophobicity (2006)
  • 著者名/発表者名: Y Tsuchiya, K Kinoshita, H Nakamura
  • 雑誌名: Protein Eng Des Sel 19,9 ページ: 421-429
  • 査読あり
• [学会発表] Multi-dimensional correlations for gene coexpression and application to the large-scale data of Arabidopsis (2009)
  • 著者名/発表者名: K Kinoshita
  • 学会等名: Bioinformatics beyond omics data analyses
  • 発表場所: Ochanomizu University
  • 年月日: 2009-12-04
• [学会発表] Web services for function prediction of proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: K Kinoshita
  • 学会等名: Bioinfo2009
  • 発表場所: The Haeundae Grand Hotel, Busan, Korea
  • 年月日: 2009-11-04
• [学会発表] 機能未知タンパク質の機能推定法の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 木下賢吾
  • 学会等名: 第82回日本生化学大会
  • 発表場所: 神戸ポートピアアイランド
  • 年月日: 2009-10-21
• [学会発表] COXPRESdb: gene coexpression database for Human, mouse and rat (2009)
  • 著者名/発表者名: K Kinoshita
  • 学会等名: XXXVI International congress of Physiological Sciences
  • 発表場所: Kyoto
  • 年月日: 2009-07-29
• [学会発表] Classification of hetero-dimer interfaces and development of multiple scoring functions for complex structure predictions of proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: K Kinoshita
  • 学会等名: International symposium on multi-scale dynamics of protein complex formation and function
  • 発表場所: Sanjo Conference Hall, The University of Tokyo
  • 年月日: 2009-07-14
• [学会発表] 類似性検索による遺伝子機能推定 (2009)
  • 著者名/発表者名: 木下賢吾
  • 学会等名: 情報処理学会アルゴリズム研究会・特別講演
  • 発表場所: 東京大学医科学研究所
  • 年月日: 2009-05-11
• [学会発表] A new multi-dimensional index for gene coexpression and application to the large-scale data of Arabidopsis (2009)
  • 著者名/発表者名: K Kinoshita
  • 学会等名: The 1299th Biological Symposium at National Institute of Genetics
  • 発表場所: National Institute of Genomics
  • 年月日: 2009-03-31
• [学会発表] Coexpressed gene database for human, mouse, rat and Arabidopsis (2008)
  • 著者名/発表者名: K Kinoshita
  • 学会等名: Japan-UK symposium on protein informatics toward interactome analysis
  • 発表場所: Senri Life science center
  • 年月日: 2008-09-01
• [学会発表] Ordered and Disordered Structure of Proteins (2008)
  • 著者名/発表者名: 木下賢吾
  • 学会等名: タンパク質研究の未来像
  • 発表場所: 東海大学
  • 年月日: 2008-03-07
• [学会発表] Prediction of protein-protein interaction using evolutionary trance method and molecular surface complementarity (2007)
  • 著者名/発表者名: E Kanamori, Y Murakami, Y Tsuchiya, D Standley, K Kinoshita, H Nakamura
  • 学会等名: CAPRI evaluation meeting
  • 発表場所: Toronto Canada
  • 年月日: 2007-04-21
• [図書] Prediction of proetin structures, functions and interactions (2009)
  • 著者名/発表者名: K Kinoshita, H Kono, K Yura
  • 総ページ数: 159-186
  • 出版者: Wiley and Sons
• [図書] 立体構造からのタンパク質機能予測:現状と展望、遺伝子医学MOOK (2009)
  • 著者名/発表者名: 木下賢吾
  • 総ページ数: 60-65
• [図書] ペプチジルプロリルイソメラーゼの構造・機能相関、蛋白質核酸酵素 (2009)
  • 著者名/発表者名: 伊倉貞吉、木下賢吾、伊藤暢聡
  • 総ページ数: 167-172
• [図書] タンパク質の機能部位の予測、実験医学増刊号(バイオインフォマティクスツールの開発と生命研究への応用の最前線) (2008)
  • 著者名/発表者名: 木下賢吾
  • 総ページ数: 1093-1098
• [図書] タンパク質間相互作用に関するデータベースの構築、生体の科学 (2007)
  • 著者名/発表者名: 木下賢吾
  • 総ページ数: 334-337
• [備考]
  • URL: http://coxpresdb.jp
• [備考]
  • URL: http://pisite.hgc.jp