| 研究課題/領域番号 |
17108002
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
五十嵐 泰夫 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (90114363)
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| 研究分担者 |
石井 正治 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 (30193262)
新井 博之 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (70291052)
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| キーワード | H. r thermophilus / ゲノム解析 / genomic island / 炭酸固定系 / 進化・系統 |
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| 研究概要 |
今年度の最大の成果は、Hydrogenobacter thermophilus TK-61株のゲノム解析が終了したことである(Accession number:APOll112)。Tk-6株は1.743, 131bpの勘定構造を持つDNAを持ち、遺伝子数は1965、44のtRNA遺伝子と3つ(一組)のrRNA遺伝子を持つ。本菌はゲノムサイズが小さいため翻訳、細胞膜、補酵素関連等の必須遺伝子の割合が高くなっている。一方、転写、糖代謝関連の遺伝子が少ない。これは本菌が絶対独立栄養性であり、転写制御系が単純であることを繁栄していると考えられた。また運動性関連遺伝子も少なかった。
TK-6株ゲノムの特徴として、35kbのprophageと31kbのgenomicislandが存在することが挙げられる。Prophageについては、ゲノム中に組み込まれた状態と離脱して勘定かした状態の両方が存在することが、P C R解析および電子顕微鏡観察の結果から認められた。
Genotnic islandの両端には27bpのinverted report配列が存在し、内部にはtransposaseやphage関連遺伝子がコードされていた。ゲノム解析によって得られたこれらの知見は、本菌および炭酸固定系等本菌の持つ得意な代謝経路の進化、系統を考察する上で、予期していなかった新たな視点を与えた。
現在、既に判明している酵素学知見および現在得られつつある知見について、全てのデータをゲノムデータと照らし合わせて再検討していると共に、ゲノムから得られる予測を元に本菌の代謝系について網羅的解析を進めている。プロジェクト最終年度の21年度中には、本菌の代謝の全体像を明らかにできると信じている。
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