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2008 年度 実績報告書

コイ目魚類の大系統解明:ミトコンドリアゲノム分析による国際的イニシアチブの確立

研究課題

研究課題/領域番号 17207007
研究機関千葉県立中央博物館

研究代表者

宮 正樹  千葉県立中央博物館, 動物学研究科, 上席研究員 (30250137)

キーワード大系統 / ミトコンドリアゲノム / 最尤法 / 分子系統 / 生物地理 / 淡水性魚類 / 高次分類群 / 分岐年代分
研究概要

1.標本の収集とDNAアーカイフの構築
前年度に引き続き標本採集を行い研究資料とした.その結果,全体で計867種のコイ目魚類が収集され,本目魚類の全亜科を網羅できた.
2.新たに確立した実験手法に基づくコイ目魚類ミトゲノム全長配列の決定
一昨年度に開発しIchthyological Researchに発表した実験手法(Miya et al. 2006)に基づき,今年度新たに123種のコイ目魚類のミトゲノム全長配列を決定した.全体では計369種のミトゲノム全長配列を決定したことになり,目標の350種を上回ることができた.
3.コイ目魚類363種を用いた系統解析結果の学会発表
現在,コイ目魚類の全科・全亜科を網羅する363種を用いた綿密な系統解析を行っている.この結果は2009年度アメリカ魚類両生爬虫類学会年会でCypriniformes Tree of Life:A mitochondrial phylogenomic approach based on 363 sequencesというタイトルで発表する.また,並行して論文執筆を進めている.
4.新たなステップへ
前記研究にさらに分岐年代情報を取り入れることにより,進化史をより詳細な分析を可能とした.その結果はInterrelationships and historical biogeography of cypriniform fishes (Actinopterygii:Ostariophysi):evidence from mitochondrial genomics dates basal divergence during lower MesozoicというタイトルでEvolution誌に投稿した.また,全長配列と部分配列を組み合わせたミトゲノム超行列を作成し,大規模解析への新たなステップを踏み出した.
5.国際的イニシアチブの確立
魚類の分子系統学で国際的なイニシアチブの確立を果たすべく,全魚類をターゲットにした研究を幅広く進めた.その成果は2008年度に計14編の論文として発表した.なかでも王立協会のジャーナルであるBiology Lettersに発表したDeep-sea mystery solved:Astonishing larval transformations and extreme sexual dimorphism unite three fish families はNature誌に1頁にわたって紹介文が掲載されたり,全米で150以上の新聞に記事が掲載されたりなど国際的に大きな反響を呼んだ.我が国でも朝日・毎日・東京新聞,日経サイエンス,日本版ナショジオ,ニュートンなどに「三つの科が一つに」というタイトルで大きく取り上げられ,科学の世界だけでなく一般に向けても多大なメッセージを発することができた.

  • 研究成果

    (26件)

すべて 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (14件) (うち査読あり 14件) 学会発表 (11件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Unique patterns of pelvic fin evolution : a case study of balistoid fishes (Pisces : Tetraodontiformes) based on whole mitochondrial genome sequences2009

    • 著者名/発表者名
      Yamanoue, Y., M. Miya, K. Matsuura, M. Katoh, H. Sakai, M. Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 50(1)

      ページ: 179-189

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stickleback phylogenies resolved : Evidence from mitochondrial genomes and 11 nuclear genes2009

    • 著者名/発表者名
      Kawahara, R., M. Miya, K. Mabuchi, T. J. Near, M. Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 50(2)

      ページ: 401-404

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Explosive speciation of Takifugu : Another use of the fugu as a model system for evolutionary biology2009

    • 著者名/発表者名
      Yamanoue, Y., M. Miya, K. Matsuura, S. Miyazawa, N. Miyamoto, H. Doi, H. Takahashi, K. Mabuchi, M. Nishida, H. Sakai
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution 26(3)

      ページ: 623-629

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Deep-sea mystery solved : Astonishing larval transformations and extreme sexual dimorphism unite three fish families2009

    • 著者名/発表者名
      Johnson, G. D., J. R. Paxton, T. T. Sutton, T. P. Satoh, T. Sado, M. Nishida, M. Miya
    • 雑誌名

      Biology Letters 5(2)

      ページ: 235-239

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reconstructing the phylogenetic relationships of the Earth's most diverse clade of freshwater fishes-Order Cypriniformes (Actinopterygii : Ostariophysi) : A case study using multiple nuclear loci and the mitochondrial genome2009

    • 著者名/発表者名
      Mayden, R. L., W. -J. Chen, H. L. Bart, M. H. Doosey, A. M. Simons, K. L. Tang, R. M. Wood, M. K. Agnew, L. Yang, M. V. Hirt, M. D. Clements, K. Saitoh, M. Miya, M. Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 51(3)

      ページ: 500-514

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Interrelationships of the 11 gasterosteiform families (sticklebacks, pipefishes, and their relatives) : a new perspective based on the whole mitogenome sequences from 75 higher teleosts2008

    • 著者名/発表者名
      Kawahara, R., M. Miya, K. Mabuchi, S. Lavoue, J. G. Inoue, T. P. Satoh, A. Kawaguchi, M. Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 46(1)

      ページ: 224-236

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heterotypy in N-terminal region of Growth/Differentiation Factor 5 (GDF5) mature protein during evolution of teleosts2008

    • 著者名/発表者名
      Fujimura, K., Y. Terai, N. B. Ishiguro, M. Miya, M. Nishida, N. Okada
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution 25(5)

      ページ: 797-800

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Monophyly, phylogenetic position and inter-familial relationships of the Alepocephaliformes (Teleostei) based on whole mitogenome sequences2008

    • 著者名/発表者名
      Lavoue, S., M. Miya, J. Y. Poulsen, P. R. Moller, M. Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 47(3)

      ページ: 1111-1121

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inferring the Tree of Life of the order Cypriniformes, the earth's most diverse clade of freshwater fishes : Implications of varied taxon and character sampling2008

    • 著者名/発表者名
      Mayden, R. L., K. L. Tang, R. M. Wood, W. -J. Chen, M. K. Agnew, K. W. Conway, L. Yang, A. M. Simons, H. L. Bart, P. M. Harris, L. I. Junbing, X. Wang, K. Saitoh, S. He, H. Liu, Y. Chen, M. Nishida, M. Miya
    • 雑誌名

      Journal of Systematics and Evolution 46(3)

      ページ: 424-438

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new perspective on phylogeny and evolution of tetraodontiform fishes (Pisces : Acanthopterygii) based on whole mitochondrial genome sequences : Basal ecological diversification?2008

    • 著者名/発表者名
      Yamanoue, Y., M. Miya, K. Matsuura, M. Katoh, H. Sakai, M. Nishida
    • 雑誌名

      BMC Evolutionary Biology 8

      ページ: 212

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mitogenomic evaluation of the historical biogeography of cichlids toward reliable dating of teleostean divergences2008

    • 著者名/発表者名
      Azuma, Y., Y. Kumazawa, M. Miya, K. Mabuchi, M. Nishida
    • 雑誌名

      BMC Evolutionary Biology 8

      ページ: 215

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phylogenetic utility of two existing and four novel nuclear gene loci in reconstructing Tree of Life of ray-finned fishes : The order Cypriniformes (Ostariophysi) as a case study2008

    • 著者名/発表者名
      Chen, W. -J., M. Miya, K. Saitoh, R. L. Mayden
    • 雑誌名

      Gene 423(2)

      ページ: 125-134

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The phylogenetic position of a new paedomorphic clupeiform : Mitogenomic evidence2008

    • 著者名/発表者名
      Lavoue, S., M. Miya, T. Yoshino, A. Kawaguchi, M. Nishida
    • 雑誌名

      Ichthyological Research 55(4)

      ページ: 328-334

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Interrelationships of Atherinomorpha (medakas, flyingfishes, killifishes, silversides, and their relatives) : The first evidence based on whole mitogenome sequences2008

    • 著者名/発表者名
      Setiamarga, D. H. E. M. Miya, Y. Yamanoue, K. Mabuchi, T. P. Satoh, J. G. Inoue, M. Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 49(2)

      ページ: 598-605

    • 査読あり
  • [学会発表] ミトコンドリアゲノム全長配列を用いた魚類の大系統解析と分類への応用2009

    • 著者名/発表者名
      宮正樹
    • 学会等名
      日本分類学会連合公開シンポジウム「分類学におけるDNA情報の活用」
    • 発表場所
      国立科学博物館新宿分館
    • 年月日
      2009-01-10
  • [学会発表] フグ類の進化2008

    • 著者名/発表者名
      山野上祐介, 宮正樹, 松浦啓一, 西田睦, 酒井治己
    • 学会等名
      水産大学校公開シンポジウム「本場・下関で「ふく」を語る〜意外に知らないフグの秘密〜」
    • 発表場所
      水産大学校
    • 年月日
      2008-11-29
  • [学会発表] ミトコンドリアゲノムと11の核遺伝子配列から明らかになったトゲウオ亜目魚類の系統関係2008

    • 著者名/発表者名
      川原玲香, 宮正樹, 馬渕浩司, 西田睦
    • 学会等名
      2008年度日本魚類学会年会
    • 発表場所
      愛媛大学
    • 年月日
      2008-09-23
  • [学会発表] ハゼ亜目シラスウオ属魚類の起源:ミトコンドリアゲノム全長配列による分子系統解析2008

    • 著者名/発表者名
      昆健志, 宮正樹, Lukas Ruber, 中谷将典, 吉野哲夫, 西田睦
    • 学会等名
      2008年度日本魚類学会年会
    • 発表場所
      愛媛大学
    • 年月日
      2008-09-23
  • [学会発表] ダルマガレイ科魚類におけるミトコンドリアゲノムの進化2008

    • 著者名/発表者名
      佐藤崇, 宮正樹, 西田睦
    • 学会等名
      2008年度日本魚類学会年会
    • 発表場所
      愛媛大学
    • 年月日
      2008-09-23
  • [学会発表] ミトコンドリアゲノム全塩基配列に基づくトウゴロウイワシ系魚類の分子系統2008

    • 著者名/発表者名
      Davin H. E. Setiamarga, 宮正樹, 山野上祐介, 馬渕浩司, 井上潤, 佐藤崇, 西田睦
    • 学会等名
      2008年度日本魚類学会年会
    • 発表場所
      愛媛大学
    • 年月日
      2008-09-23
  • [学会発表] Patterns of diversification in modern ray-finned fishes : An overview based on 327 whole mitogenome sequences2008

    • 著者名/発表者名
      Miya, M
    • 学会等名
      EEB Seminar
    • 発表場所
      Yale University
    • 年月日
      2008-09-17
  • [学会発表] Higher-level relationships of the Cypriniformes (Actinopterygii : Ostariophysi) inferred from 238 whole mitochondrial genome sequences2008

    • 著者名/発表者名
      Miya, M., T. Sado, K. Saitoh, H. H. Bart, Jr., M. H. Doosey, I. Doadrio, Y, Keivany, J. Shrestha, V. Lheknim, R. Zardoya, M. Nishida, R. L. Mayden
    • 学会等名
      Joint Meeting of Ichthyologists and Herpetologists
    • 発表場所
      Montreal, Canada
    • 年月日
      2008-07-23
  • [学会発表] Mitogenomic evaluation of historical biogeography of cichlids toward reliable dating of teleostean divergences2008

    • 著者名/発表者名
      Azuma, Y. Y. Kumazawa, M. Miya, K. Mabuchi, M. Nishida
    • 学会等名
      Annual Meeting of Society for Molecular Biology and Evolution. Barcelona
    • 発表場所
      Barcelona, Spain
    • 年月日
      2008-06-08
  • [学会発表] 東南アジアのコイ目魚類採集調査2008

    • 著者名/発表者名
      佐土哲也, 宮正樹
    • 学会等名
      日本生物地理学会シンポジウム「新たな時代の生物地理学-海外学術調査の現状・成果・体験記-」
    • 発表場所
      立教大学
    • 年月日
      2008-04-13
  • [学会発表] 硬骨魚類の分岐年代推定におけるシクリッド系統地理の有効性2007

    • 著者名/発表者名
      東陽一郎, 熊澤慶伯, 宮正樹, 馬渕浩司, 西田睦
    • 学会等名
      日本進化学会第10回京都大会
    • 発表場所
      東京大学
    • 年月日
      2007-08-24
  • [備考] 魚類ミトコンドリアゲノムデーターベス(MitoFish)

    • URL

      http://mitofish.ori.u-tokyo.ac.jp/

URL: 

公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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