タンパク質コード領域に特徴的な塩基配列パターンの網羅的な解析

2008 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 17310116
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: (財)かずさDNA研究所
• 研究代表者: 中村 保一 財団法人かずさDNA研究所, 植物ゲノム研究部・植物ゲノム情報研究室, 特別客員研究員 (60370920)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2008
• キーワード: タンパク質遺伝子コード領域 / 遺伝子発見 / 配列パターン解析 / コドン使用傾向 / ゲノム塩基配列解析

研究概要

DNA 塩基配列データベースに登録された生物種のタンパク質遺伝子の配列を網羅的かつなるべく重複を省き集計するシステムを作成し運用した。
このシステムにより集計した塩基配列の特徴を示す短い配列パターンを抽出し、配列の類似比較からだけでは見いだすことのできない、完全に未知なタンパク質遺伝子を発見するための基盤となる情報を集積すると同時に、タンパク質遺伝子発見に応用するための方法を検討した。