フタバガキ科の網羅的系統解析のための材料採集と系統樹作製

2007 年度 研究成果報告書概要

• 研究課題/領域番号: 17405032
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 海外学術
• 研究分野: 林学・森林工学
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: SZMIDT Alfred E. 九州大学, 大学院・理学研究院, 准教授 (70325497)
• 研究分担者: 猪股 伸幸 九州大学, 大学院・理学研究院, 助教 (20301335)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2007
• キーワード: 集団遺伝 / 進化 / インターネットデータベース

研究概要

1、インド、スリランカで1ヶ月間採集を行った。フタバガキ科15種を採集した。現在アジア産フタバガキ科のすべての属の代表的なサンプルを所蔵している。
2、葉緑体DNAに基づいたフタバガキ亜科初の網羅的分子系統樹が国際学術雑誌に掲載された。
3、九州大学にて、学士(学術)一人、修士一人、博士(理学)三人を輩出した。
4、インドネシアのサンプルでShorea parvifoliaの生物地理的研究を行った。
5、当研究室で保管しているすべてのサンプルリストのデータベース(MySQL)は、http://genetics.biology.kuyshu-u.ac.jpで公開している。
6、タイで10日間採集を行った。フタバガキ科30種以上および2種のマングローブ樹種(フタバナヒルギ、ヤエヤマヒルギ)を採集した。中国南部でもフタバガキ科サンプルを採集した。
7、次の国際学術雑誌に7報の論文が掲載された:Heredity,Molecular Biology and Evolution,Genes and Genetic Systems,Canadian Journal of Forest Research and Tree Genetics and Genomes。
8、国際学会(日本、スペイン、ドイツ、英国)にて7題の発表を行った。

研究成果

• [雑誌論文] Phylogeography of Larix sukaczewii Dyl. and L. sibirica L. inferred from nucleotide variation of nuclear genes (2008)
  • 著者名/発表者名: Araki, N.H.T., Khatab, I.A., Hemamali, K. K.G U., Inomata, N., Wang, X-R.and Szmidt, A.E
  • 雑誌名: Tree Genetics and Genomes (in press)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Demographic history and interspecific hybridization of four Shorea species (Diptero carpaceae) from Peninsular Malaysia inferred from nucleotide polymorphism in nuclear gene regions (2008)
  • 著者名/発表者名: Ishiyama, H., Inomata, N., Yamazaki, T., Ab Shukor, N. A.and Szmidt, A.E
  • 雑誌名: Canadian Journal of Forest Research (in press)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phylogeography of Eurasian Larix species inferred from nucleotide variation in two nuclear genes (2008)
  • 著者名/発表者名: Khatab, I.A., Ishiyama, H., Inomata N., Wang, X-R.and Szmidt, A.E
  • 雑誌名: Genes and Genetic Systems 83 ページ: 55-66
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phylogeography of Larix sukaczewii Dyl. and L. sibirica L. inferred from nucleotide variation of nuclear genes (2008)
  • 著者名/発表者名: N. H. T., Araki, I. A., Khatab, K. K. G. U., Hemamali, N., Inomata, X-R., Wang, A. E.,Szmidt
  • 雑誌名: Tree Genetics and Genomes (in press)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Demographic history and interspecific hybridization of four Shorea species (Dipterocarpaceae) from Peninsular Malaysia inferred from nucleotide polymorphism in nuclear gene regions (2008)
  • 著者名/発表者名: H., Ishiyama, N., Inomata, T., Yamazaki, N. A., Ab Shukor, A. E., Szmidt
  • 雑誌名: Canadian Journal of Forest Research (in press)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Phylogeography of Eurasian Larix species inferred from nucleotide variation in two nuclear genes (2008)
  • 著者名/発表者名: I. A., Khatab, H., Ishiyama, N., Inomata, X-R., Wang, A. E., Szmidt
  • 雑誌名: Genes and Genetic Systems 83(1) ページ: 55-66
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Genetic structure and evolutionary history of a diploid hybrid pine Pinus densata inferred from the nucleotide variation at seven gene loci (2006)
  • 著者名/発表者名: Ma, X-F., Szmidt, A.E.and Wang, X-R
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 23 ページ: 807-816
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive molecular phylogeny of the sub-family Dipterocarpoideae (Diptero carpaceae) based on chloroplast DNA sequences (2006)
  • 著者名/発表者名: Gamage, D.T., de Silva, M.P., Inomata, N., Yamazaki, T.and Szmidt, A.E
  • 雑誌名: Genes and Genetic Systems 81 ページ: 1-12
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic structure and evolutionary history of a diploid hybrid pine Pinus densata inferred from the nucleotide variation at seven gene loci (2006)
  • 著者名/発表者名: X-F., Ma, A. E., Szmidt, X-R., Wang
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 23 ページ: 807-816
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Comprehensive molecular phylogeny of the sub-family Dipterocarpoideae (Dipterocarpaceae) based on chloroplast DNA sequences. (2006)
  • 著者名/発表者名: D. T., Gamage, M. P., de Silva, N., Inomata, T., Yamazaki, A. E., Szmidt
  • 雑誌名: Genes and Genetic Systems 81 ページ: 1-12
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Effect of nucleotide polymorphism in cis-regulatory and coding regions on amylase activity and fitness in Drosophila melanogaster (2005)
  • 著者名/発表者名: Goto, I-I., Szmidt, A.E., Yamazaki, T.and Inomata, N
  • 雑誌名: Heredity 95 ページ: 369-376
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Few loose observations from the Swedish and Japanese universities (2005)
  • 著者名/発表者名: Szmidt, A.E
  • 雑誌名: Comparative Physiology and Biochemistry 21 ページ: 175-176
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effect of nucleotide polymorphism in cis-regulatory and coding regions on amylase activity and fitness in Drosophila melanogaster (2005)
  • 著者名/発表者名: H., Goto, A. E., Szmidt, T., Yamazaki, N., Inomata
  • 雑誌名: Heredity 95 ページ: 369-376
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Few loose observations from the Swedish and Japanese universities (2005)
  • 著者名/発表者名: A. E., Szmidt
  • 雑誌名: Comparative Physiology and Biochemistry 21 ページ: 175-176
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Phylogeography of Eurasian Larix species inferred from nucleotide variation in two nuclear genes (2007)
  • 著者名/発表者名: Khatab, I., Ishiyama, H., Inomata, N.and Szmidt, A.E
  • 学会等名: 41-st Annual Meeting of the Population Genetics Group, University of Warwick
  • 発表場所: Warwick,UK
  • 年月日: 20071217-20
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Phylogeography of Eurasian Larix species inferred from nucleotide variation in two nuclear genes (2007)
  • 著者名/発表者名: I., Khatab, H., Ishiyama, N., Inomata A. E., Szmidt
  • 学会等名: 41-st Annual Meeting of the Population Genetics Group, University of Warwick, UK
  • 発表場所: Warwick, UK
  • 年月日: 20071217-20
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Demographic history of Larix sibirica and L. sukaczewii inferred from nucleotide variation of nuclear genes (2007)
  • 著者名/発表者名: Khatab, I., Ishiyama, H., Inomata, N.and Szmidt, A.E
  • 学会等名: 79-th Meeting of the Genetic Society of Japan
  • 発表場所: Okayama,Japan
  • 年月日: 20070919-21
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Demographic history of Larix sibirica and L. sukaczewii inferred from nucleotide variation of nuclear genes (2007)
  • 著者名/発表者名: I., Khatab, H., Ishiyama, N., Inomata, A. E., Szmidt
  • 学会等名: 79-th Meeting of the Genetic Society of Japan
  • 発表場所: Okayama Japan
  • 年月日: 20070919-21
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] The demographic history of Shorea parvifolia (Dipterocarpaceae) inferred from nucleotide polymorphism at multiple nuclear genes (2006)
  • 著者名/発表者名: Ishiyama, H., Khatab, I., Finkeldey, R., Inomata, N., Tsumura, H., Yamazaki, T.and Szmidt, A.E
  • 学会等名: Population Genetics and Genomics of Forest Trees: From Gene Function to Evolutionary Dynamics and Conservation, IUFRO
  • 発表場所: Madrid,Spain
  • 年月日: 20061001-06
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Patterns of nucleotide polymorphism in the 4CL nuclear gene region of Eurasian Laiix species (2006)
  • 著者名/発表者名: Khatab, I., Ishiyama, H., Saitoh, A., Inomata, N., and Szmidt, A. E
  • 学会等名: Population Genetics and Genomics of Forest Trees: From Gene Function to Evolutionary Dynamics and Conservation, IUFRO
  • 発表場所: Madrid,Spain
  • 年月日: 20061001-06
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Pattern of nucleotide polymorphism in the gMdh nuclear gene region of Eurasian Larix (Pinaceae) species (2006)
  • 著者名/発表者名: Saitoh, A., Araki, N.H.T., Inomata, N.and Szmidt A.E
  • 学会等名: Population Genetics and Genomics of Forest Trees: From Gene Function to Evolutionary Dynamics and Conservation, IUFRO
  • 発表場所: Madrid,Spain
  • 年月日: 20061001-06
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] The evolutionary forces affecting nucleotide polymorphism in natural populations of Shorea parvifoha (Dipterocarpaceae) (2006)
  • 著者名/発表者名: Ishiyama, H., Khatab, I.Finkeldey, R., Inomata, N., Yamazaki, T. and Szmidt A.E
  • 学会等名: 19th Annual Conference of the section Plant population Biology of the Ecological Society of Germany, Switzerland and Austria
  • 発表場所: Halle,Germany
  • 年月日: 20060822-26
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] Phylogeography of larches (Larix spp Mill.) from Russia based on DNA variation of a nuclear gene (2006)
  • 著者名/発表者名: Khatab, I., Ishiyama, H., Inomata, N.and Szmidt, A.E
  • 学会等名: 19th Annual Conference of the section Plant population Biology of the Ecological Society of Germany, Switzerland and Austria
  • 発表場所: Halle,Germany
  • 年月日: 20060822-26
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [学会発表] The demographic history of Shorea parvifolia(Dipterocarpaceae) inferred from nucleotide polymorphism at multiple nuclear genes (2006)
  • 著者名/発表者名: H., Ishiyama, I., Khatab, R., Finkeldey, N., Inomata, H., Tsumura, T., Yamazaki, A. E., Szmidt
  • 学会等名: Population Genetics and Genomics of Forest Trees : From Gene Function to Evolutionary Dynamics and Conservation, IUFRO
  • 発表場所: Madrid, Spain
  • 年月日: 20060000
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Patterns of nucleotide polymorphism in the 4CL nuclear gene region of Eurasian Larix species (2006)
  • 著者名/発表者名: I., Khatab, H., Ishiyama, A., Saitoh, N., Inomata, A. E., Szmidt
  • 学会等名: Population Genetics and Genomics of Forest Trees : From Gene Function to Evolutionary Dynamics and Conservation, IUFRO
  • 発表場所: Madrid Spain
  • 年月日: 20060000
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Pattern of nucleotide polymorphism in the gMdh nuclear gene region of Eurasian Larix(Pinaceae) species (2006)
  • 著者名/発表者名: A., Saitoh, N. H. T., Araki, N., Inomata, A. E., Szmidt
  • 学会等名: Population Genetics and Genomics of Forest Trees : From Gene Function to Evolutionary Dynamics and Conservation, IUFRO
  • 発表場所: Madrid Spain
  • 年月日: 20060000
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] The evolutionary forces affecting nucleotide polymorphism in natural populations of Shorea parvifolia(Dipterocarpaceae) (2006)
  • 著者名/発表者名: H., Ishiyama, I., Khatab, R., Finkeldey, N., Inomata, T., Yamazaki, A. E., Szmidt
  • 学会等名: The evolutionary forces affecting nucleotide polymorphism in natural populations of Shorea parvifolia(Dipterocarpaceae).
  • 発表場所: Halle, Germany
  • 年月日: 20060000
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [学会発表] Phylogeography of larches(Larix spp Mill.) from Russia based on DNA variation of a nuclear gene (2006)
  • 著者名/発表者名: I., Khatab, H., Ishiyama, N., Inomata, A. E., Szmidt
  • 学会等名: 19th Annual Conference of the section Plant Population Biology of the Ecological and Austria
  • 発表場所: Halle, Germany
  • 年月日: 20060000
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より