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2008 年度 実績報告書

有機反応活性種の研究とタンパク質化学への展開

研究課題

研究課題/領域番号 17550032
研究機関東京大学

研究代表者

友田 修司  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (30092282)

研究分担者 金野 大助  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 助教 (00361593)
キーワード有機化学 / タンパク質 / 化学物理 / 生体分子 / 面選択性
研究概要

今年度は最終年度であったので申請書に掲載の以下の2つのテーマについて結果をまとめた.結果をまとめながら,量子化学の基礎教育に関する教科書を出版した.
1.溶液中における反応化学種の構造解明と面選択性予測理論の構築α位に電子求引基を有する鎖式ケトンのLiAlH4還元では従来提唱されていたキレーションモデルが無ことがわかり,ジメチルエーテル溶媒中での反応遷移状態を求めたところ.実験の傾向を高精度で再現できた(B3LYP/6-311+G(d,P)).この実験結果はCar-Parinello法による溶媒を含むシミュレーションによって強く支持された.この結果をTetrahedron Lett,2008.49,4223-4226.にまとめた,また,ケトンのNaBH4還元反応の遷移状態をはじめて求めることが出来た.この場合にもメタノール溶媒が動力学シミュレーションによって関与することが明らかとなり.溶媒が面選択性に強く関与していることが示された.この結果をJ.Phys.Chem.に投稿してアクセプトされ印刷中の状態になっている.これらの結果はスペインで行われた物理有機国際会議,春の化学会年会などで口頭発表した.
2.タンパク質フォールディング機構の解明を目指したタンパク分子内微弱相互作用の定量評価前年度から引き続いてタンパク質のシス・トランス異性の問題を追求した.今年度は特に,シス型のペプチド結合がX線データベースで報告されている種々の酵素タンパクの構造や機能を生み出すための役割について,統計解析を含めえ画期的な解析手法を開発しながら研究を進めた.その結果を春の化学会年会で報告し,現在論文にまとあている最中である.さらにタンパク質のフォールディング機構の解明を目指して,今年度は新しい分子動力学理論を発表した.この新しい手法は従来の3次元座標を便うわず,ポテンシャルを変数にとって解析する全く新しいシミュレーション技術であり記者会見で報告した.

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (3件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] The Danishefsky pyranone puzzle: an explanation based on the exterior fronterorbital extension model2008

    • 著者名/発表者名
      Kaneno D, Tomoda S
    • 雑誌名

      TETRAHEDRON LETTERS 50(印刷中)

      ページ: 329-331

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Origin of Cis Effect in 1,2-Dihaloethenes: The Quantitative Comparison of Electron Delocalizations and Steric Exchange Repulsions2008

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto T, Kaneno D, Tomod
    • 雑誌名

      BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN 81

      ページ: 1415-1422

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Perturbational formulation of principal component analysis in molecular dynamics simulation2008

    • 著者名/発表者名
      Koyama YM, Tomoda S
    • 雑誌名

      PHYSICAL REVIEW E 78

      ページ: 46702-11

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The importance of lone pair delocalizations: Theoretical investions on the stability of cis and trans isomers in 1,2-halodiazenes2008

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto T, Kaneno D, Tomod
    • 雑誌名

      JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY 73

      ページ: 5429-5435

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Direct observation of conformational folding coupled with disulphide rearrangement by using a water-soluble selenoxide Reagent - A case of oyidative regeneration of ribonuclease a under weakly hasic conditions2008

    • 著者名/発表者名
      Iwaoka M, Kumakura F, Yoneda
    • 雑誌名

      JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 144

      ページ: 121-130

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Solvent effects on the diastereoselection in LiA1H4 reduction of alpha-substituted ketones2008

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Y, Kaneno D, Miura M,T
    • 雑誌名

      TETRAHEDRON LETTERS 49

      ページ: 4223-4226

    • 査読あり
  • [学会発表] グルタチオンペルオキシダーゼの反応機構解明のための理論計算2009

    • 著者名/発表者名
      宮沢秀男,金野大助,友田修司
    • 学会等名
      日本化学会春季年会
    • 発表場所
      日本大学
    • 年月日
      2009-03-30
  • [学会発表] 酵素タンパクにおけるシス型ペプチド結合の性質と役割の解明2009

    • 著者名/発表者名
      平良俊一,金野大助,友田修司
    • 学会等名
      日本化学会春季年会
    • 発表場所
      日本大学
    • 年月日
      2009-03-30
  • [学会発表] Solvent Effects of LiALH4 Reduction of α-Substituted Acyclic Ketones.2008

    • 著者名/発表者名
      Suzuki. Y. Kaneno, D, Tomoda, S
    • 学会等名
      IUPAC Conference on Physical Organic Chemistry
    • 発表場所
      Spain
    • 年月日
      2008-07-15
  • [図書] はじめての分子軌道法-軌道概念によるアプローチ2008

    • 著者名/発表者名
      友田修司
    • 総ページ数
      230
    • 出版者
      講談社

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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