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HCVコア蛋白の作製のために、HCVコア蛋白の発現ベクターから、HCVコア蛋白Full length (p191)やtruncated HCVコア蛋白をcodeするDNAをGST fusionベクターにサブクローニングして精製を試みるも、やはりC末端の疎水性が強いためか、プライマーのデザインや蛋白精製の条件を変えて何度も施行するも精製が困難であった。従って、さらに短いアミノ酸残基のHCVコア蛋白を数種類、市販で購入した。米国留学中に作製してある無数のペプチドをcodeするDNA配列を持ったペプチドを提示するファージライブリーを一部解凍し、ライブラリーサイズの検討を行ったところdiversityが減少していたため、再度調製を行って10^9程度のサイズを確保した。これを用いて、まず1種類のHCVコア蛋白を使ってバイオパニングを行った。しかしながら、得られたファージは、GSTに非特異的結合すると考えられるものや、結合力の弱いファージのため、別の種類のHCVコア蛋白に変更し条件設定を試みた。しかしやはり十分な特異的結合のあるペプチドをディスプレイしているファージが得られないため、ファージライブラリーの再調製とデザインの変更を行った別のファージライブラリーの2つのライブラリーを用いてHCVコア蛋白の種類を変え、洗浄や結合時間などの条件設定を細部にわたり行い、いくつかのクローン候補は生ずるも再検証の段階で結合力・特異性とも不十分であった。そこで再び米国留学先のラボとタイアップして、ライブラリーの再度デザインを行い、条件設定を試みるが、十分な結合力かつ特異性を持つファージの検出は不十分であった。そこで、市販の環状・直鎖状のペプチドライブラリーまたは、システムの全く異なるP3に外来性のペプチドを提示させるファージを用いたライブラリー系で、条件設定を変更しながらバイオパニングを反復している。
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