研究課題
基盤研究(C)
本研究においては、全ゲノム解析が終了した好圧好冷性細菌Shewaneila violacea DSSI2株ゲノム情報から情報学的解析により有用遺伝子候補の抽出を行い、応用化に向けた機能解析を行うことを本研究の目的とした。全ゲノム配列情報から、プロモーター配列情報を効率的に検索・抽出し、整理が可能なソフトウェアの構築を試み、本プログラムをDSS12株ゲノムに適用しその解析を行った。本プログラムのプロモーター候補検索の基本的原理は以下の通りである。1)アノテーション済みのゲノム配列データを読み込む、2)解析者が検索したい目的配列を指定し検索する、3)検索された配列は分類、位置情報、ゲノム上のマッピングを行う。現在これら解析データは整理中であり、終了後に上記データベース情報と共に公開される予定である。ゲノム機能解析の一環として、本菌株の有する3種のアルカリフォスファターゼに着目し酵素の活性測定を行った。発現ベクターの構築の後、精製蛋白を用い、各々酵素活性を測定したところ、3種とも、低温から高温まで、温度に関して異なる活性を有していることが明らかとなった。現在、これら酵素のさらなる有用性を検討するため、温度、塩濃度、pH等に対する安定性に関して解析を行っている。さらにその他の酵素についても同様な解析を進めている。さらに独立行政法人海洋研究開発機構が主宰する、しんかい6500による深海調査に参加し、日本海深海底泥をサンプリングした。その底泥から、低温プロテアーゼ、アミラーゼ、窒素固定能を有する、新規有用深海微生物分離を試み、何種類かの微生物の分離が行われた。これら微生物の多くは、耐冷性、又は好冷性を有し、16SrDNAによる系統解析を行ったところ、数種は新種である可能性が示唆された。特に窒素固定細菌については、これまでまた深海環境からの分離例はなく、現在、これら微生物の有用性を探るべく、詳細な生理学及び分類を行っている。
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