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ホヤ(Ciona intestinalis)の胚発生を支配する転写制御のネットワークをゲノムワイドにかつ、システムレベルで明らかにするため、主に以下の2つの実験に絞って解析を行った。
1.クロマチン免疫沈降法を用いて、ZicL、Twist-like1、MyoD、Brachyury、Lhx3などの転写因子が、胚発生において結合するゲノム領域を抽出し、ゲノムタイリングアレイを用いて、その結合領域をゲノムワイドに同定した。その結果として、ホヤの胚発生における遺伝子ネットワークには予想よりも遙かに多くのフィードフォワードループが存在することを見いだした。この情報を昨年度までに明らかにした遺伝子機能阻害実験を元にして組み立てた遺伝子ネットワークに情報を取り入れ、ネットワーク構造の理解を精緻化を行った。
2.神経系は他の組織よりもはるかに複雑な構造を持ち、昨年までの解析では必ずしもその発生を制御する遺伝子ネットワークは明らかになっていなかった。ホヤの遺伝子ネットワークの解析はこれまで細胞単位で解析され、そこに大きな特長がある。そこで、神経系での遺伝子ネットワークの解析のため、複雑な構造を持つ神経系について、細胞の単位で解析する系を確立した。つづいて、神経系で発現する制御遺伝子をゲノムワイドに網羅的に同定した。そのうち25種類の遺伝子機能をモルフォリノオリゴヌクレオチドで阻害し、そのほかの神経系で発現する遺伝子の発現に与える影響を調べ、情報を統合して遺伝子ネットワークを再構築した。
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