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近年、エピジェネティックス機構の異常はがん抑制遺伝子の不活化機構の一因と考えられており、がんの発生及び進展に重要な役割を果たしていることが知られている。特に、がん抑制遺伝子のプロモーター領域におけるCpGアイランドのシトシン(C)におけるメチル化がその遺伝子の発現抑制に重要な役割を果たしている。本研究は、ゲノム全体から高頻度にメチル化されているCpGアイランドを探し出すために、抗メチル化シトシン抗体を用いたゲノム沈降法の開発を目的として行った。
本年度に取り組んだ内容は以下の通りである。
(1)ゲノムの抽出からクローニングまでの一連の系を確立した。
(2)ゲノムの免疫沈降により得られたクローンの塩基配列を解析した。その結果、全てのクローンにおいて高頻度にCpG配列のあることが分かった。しかし、データーべ一スに登録されているような、がん化に関連するCpGアイランドは検出されなかった。
本研究では、ゲノムの免疫沈降法により得られるDNA断片には確かにCpG配列が含まれていることが分かったが、CpGアイランドの単離は難しいことが分かった。近年、ゲノム配列中の大部分のCがメチル化されていることが知られている。ゲノムの免疫沈降法では、そのような領域を含んだゲノム領域がメチル化されたCpGアイランドと共にノイズとして取れて来てしまうため、CpGアイランドのみを単離することは難しいと考えられる。この様な点を克服するためには、クローニングという手法を取らず、最近開発されたゲノムのCpGアイランドのみを基板上に固定したマイクロアレイを用いるのが良いのではないかと考えている。今後、この手法により網羅的にメチル化されているCpGアイランドのみを検出していく予定である。
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