マングローブ林保全のためのグローバル景観ゲノミクス

2020 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 17H01414
• 研究機関: 琉球大学
• 研究代表者: 梶田 忠 琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 教授 (80301117)
• 研究分担者: 岩崎 貴也 神奈川大学, 理学部, 助教 (10636179) ; 津田 吉晃 筑波大学, 生命環境系, 准教授 (40769270) ; 高山 浩司 京都大学, 理学研究科, 准教授 (60647478)
• 研究期間 (年度): 2017-04-01 – 2021-03-31
• キーワード: 生物多様性保全 / 自然現象観測・予測 / ゲノム解析 / マングローブ

研究実績の概要

■サンプル調整・入手・ゲノム解析: 前年度に引き続き入手済のDNAサンプルを精製することで、景観ゲノミクス解析のために必要なサンプルを取得した。ホウガンヒルギについては国立科学博物館の協力を得て、全ゲノム解析を進めた。また、 本研究に関連して応募中のゲノム支援事業が採択されたため、メキシコ自治大学の共同研究者からゲノム決定に必要なAvicennia属植物のサンプルのDNAを準備して、全ゲノム配列の決定を開始した。その他、関連する数種の植物についてもゲノム解析実験を開始した。
■DNA解析実験: 計画調書の記載のサンプリングスキームに基づく集団サンプルについて、ゲノム解析実験を進めた。特に、インド洋・太平洋 地域に分布するホウガンヒルギと、新大陸(特にメキシコ)のマングローブ種について、リシーケンシングデータの解析を継続実施した。。
■データ解析と研究発表: アメリカヒルギのリシーケンシングデータについては景観遺伝学的解析をほぼ完成させることができたので、引き続き論文発表の準備を進めた。また、ホウガンヒルギとその他のマングローブ植物について、系統地理学的解析と景観ゲノム解析を行った。また、マングローブ植物と同様の分布域を持ち、分布拡大・維持機構がマングローブ植物に類似している海流散布植物のゲノム解析についても、データ解析と論文発表を進めた。得られた研究成果について、9月の日本植物学会と12月のマングローブ学会で研究発表を行った。
■国際共同研究: ブラジルの共同研究者らと共に、新大陸のマングローブ植物についてのデータ解析と論文発表を行った。さらに、これまでに国際連携の遅れていた西アフリカ地域について、セネガルの研究者と共同研究体制を構築できたため、西アフリカ地域に分布するマングローブ植物についても、今後の研究用サンプルの入手についての準備が整った。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [国際共同研究] 広西大学(中国)
  • 国名: 中国
  • 外国機関名: 広西大学
• [国際共同研究] Universidade Estadual Paulista(ブラジル)
  • 国名: ブラジル
  • 外国機関名: Universidade Estadual Paulista
• [国際共同研究] Universidad Nacional Autonoma de Mexico(メキシコ)
  • 国名: メキシコ
  • 外国機関名: Universidad Nacional Autonoma de Mexico
• [雑誌論文] Testing species hypotheses in the mangrove genus Rhizophora from the Western hemisphere and South Pacific islands (2021)
  • 著者名/発表者名: Mori Gustavo Maruyama、Madeira Andr? Guilherme、Cruz Mariana Vargas、Tsuda Yoshiaki、Takayama Koji、Matsuki Yu、Suyama Yoshihisa、Iwasaki Takaya、de Souza Anete Pereira、Zucchi Maria Imaculada、Kajita Tadashi
  • 雑誌名: Estuarine, Coastal and Shelf Science 巻: 248 ページ: 106948～106948
  • DOI: 10.1016/j.ecss.2020.106948
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] The complete chloroplast genome of a pantropical legume, Canavalia rosea (2021)
  • 著者名/発表者名: Imai Ryosuke、Kajita Yui、Yamamoto Takashi、Takayama Koji、Kajita Tadashi
  • 雑誌名: Mitochondrial DNA Part B 巻: 6 ページ: 295～296
  • DOI: 10.1080/23802359.2020.1859341
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Global phylogeography of a pantropical mangrove genus Rhizophora (2021)
  • 著者名/発表者名: Takayama Koji、Tateishi Yoichi、Kajita Tadashi
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 11 ページ: 7228
  • DOI: 10.1038/s41598-021-85844-9
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] ゲノムデータを用いたホウガンヒルギの遺伝的多様性と自然選択の検出 (2020)
  • 著者名/発表者名: Ryosuke Imai,Yoshiaki Tsuda, Takashi Yamamoto,Yuki Tomizawa, Nazre Saleh,Alison K. S. Wee,Koji Takayama,Orlex B. Yllano,Severino Iii Salmo,Sarawood Sungkaew, Bayu Adjie,Erwin Ardli,Monica Suleiman,Nguyen X. Tung, Khinkhin Soe,Kathiresan Kandasamy,Takeshi Asakawa, Yasuyuki Watano,Shigeyuki Baba, Tadashi Kajita
  • 学会等名: 日本植物学会第84回大会
• [学会発表] Toward the Global Assessment of Species Diversity of Fish and Macrobenthos in Mangroves Through DNA Metabarcoding (2020)
  • 著者名/発表者名: Tadashi Kajita
  • 学会等名: The 2nd International Conference on Natural Resources and Technology
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] ゲノムデータを用いたホウガンヒルギの遺伝的多様性と自然選択の検出 (2020)
  • 著者名/発表者名: Ryosuke Imai,Yoshiaki Tsuda, Takashi Yamamoto,Yuki Tomizawa, Nazre Saleh,Alison K. S. Wee,Koji Takayama,Orlex B. Yllano,Severino Iii Salmo,Sarawood Sungkaew, Bayu Adjie,Erwin Ardli,Monica Suleiman,Nguyen X. Tung, Khinkhin Soe,Kathiresan Kandasamy,Takeshi Asakawa, Yasuyuki Watano,Shigeyuki Baba, Tadashi Kajita
  • 学会等名: 第26回日本マングローブ学会大会
• [学会発表] リシークエンスデータから読み解く大西洋・東太平洋・南太平洋に分布するヤエヤマヒルギ属複数種の遺伝構造、集団動態および環境適応 (2020)
  • 著者名/発表者名: 津田吉晃、今井亮介、岩崎貴也、山本崇、高山浩司、梶田忠
  • 学会等名: 森林遺伝育種学会第9回大会
• [備考] マングローブ植物の全球分布と分化過程を解明―ヤエヤマヒルギ属の種・地域を網羅した系統解析―
  • URL: https://www.u-ryukyu.ac.jp/news/21487/