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2020 年度 実績報告書

生細胞解析による転写制御におけるクロマチン修飾の意義の解明

研究課題

研究課題/領域番号 17H01417
研究機関東京工業大学

研究代表者

木村 宏  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (30241392)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2021-03-31
キーワードクロマチン / 遺伝子発現制御 / 転写制御 / ヒストン修飾 / 生細胞イメージング
研究実績の概要

細胞が分化や外部からのシグナルに応答する際に遺伝子発現が変動するが、これらの刺激に応じたクロマチンレベルでの遺伝子発現制御機構については未だに不明な点も多い。本研究は、転写活性化と不活性化におけるヒストン修飾の意義を理解するために、申請者らが独自に開発した生細胞の翻訳後修飾可視化系にゲノム可視化系を組み合わせることで、(I)熱ショックストレス誘導性転写活性化におけるクロマチン構造変化の役割、及び、(II)X染色体の不活性化に伴うヒストン修飾動態、を明らかにすることを目的として行った。
(I)熱ショックストレスに応答した内在性転写単位の活性化メカニズムの解析:昨年度までの解析により、Sat3領域のヒストンH3K9のメチル化とH3K27のアセチル化を変化させたときの熱ショック応答やクロマチン構造変化を明らかにした。今年度は、Sat3領域の動態についても解析を進め、熱ショック応答によるヒストン修飾の制御と転写活性化の機構に関して論文としてまとめている。
(II)細胞分化・脱分化に伴うX染色体の不活性化と再活性化におけるクロマチン動態の解析:昨年度までの研究で、複数のX染色体領域とヒストン修飾可視化プローブ(H3K27me3-mintbody及びH4K20me1-mintbody)を同時に可視化できる雌ES細胞を樹立し、細胞分化に応答してX染色体上へこれらの修飾が集積する様子を確認した。また、X染色体の凝縮状態に関する解析も行った。今年度は、これらの解析結果を取りまとめ、論文として発表した。また、H4K20me1-mintbodyを発現するマウスを用いて、生殖細胞分化に伴うヒストン修飾動態の解析を行ない、H4K20me1がXYボディに濃縮するダイナミクスを明らかにした。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 5件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] Max Planck Institute, CBG, Dresden/Karlsruhe Institute of Technology/European Molecular Biology Laboratory(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      Max Planck Institute, CBG, Dresden/Karlsruhe Institute of Technology/European Molecular Biology Laboratory
  • [国際共同研究] University of Copenhagen(デンマーク)

    • 国名
      デンマーク
    • 外国機関名
      University of Copenhagen
  • [国際共同研究] Unversity of Cambridge/Crick Institute(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      Unversity of Cambridge/Crick Institute
  • [国際共同研究] Colorado State University(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Colorado State University
  • [雑誌論文] RNA polymerase II condensate formation and association with Cajal and histone locus bodies in living human cells2021

    • 著者名/発表者名
      Imada Takashi、Shimi Takeshi、Kaiho Ai、Saeki Yasushi、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1111/gtc.12840

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] H4K20me1 and H3K27me3 are concurrently loaded onto the inactive X chromosome but dispensable for inducing gene silencing2021

    • 著者名/発表者名
      Tjalsma Sjoerd J D、Hori Mayako、Sato Yuko、Bousard Aurelie、Ohi Akito、Raposo Ana Cl?udia、Roensch Julia、Le Saux Agnes、Nogami Jumpei、Maehara Kazumitsu、Kujirai Tomoya、Handa Tetsuya、Bag?s‐Arnal Sandra、Ohkawa Yasuyuki、Kurumizaka Hitoshi、da Rocha Sim?o Teixeira、?ylicz Jan J、Kimura Hiroshi、Heard Edith
    • 雑誌名

      EMBO reports

      巻: 22 ページ: -

    • DOI

      10.15252/embr.202051989

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Transcription organizes euchromatin via microphase separation2021

    • 著者名/発表者名
      Hilbert Lennart、Sato Yuko、Kuznetsova Ksenia、Bianucci Tommaso、Kimura Hiroshi、J?licher Frank、Honigmann Alf、Zaburdaev Vasily、Vastenhouw Nadine L.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 ページ: 1360

    • DOI

      10.1038/s41467-021-21589-3

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Live-cell epigenome manipulation by synthetic histone acetylation catalyst system2021

    • 著者名/発表者名
      Fujiwara Yusuke、Yamanashi Yuki、Fujimura Akiko、Sato Yuko、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi、Kimura Hiroshi、Yamatsugu Kenzo、Kawashima Shigehiro A.、Kanai Motomu
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 118 ページ: e2019554118

    • DOI

      10.1073/pnas.2019554118

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Visualizing transcription sites in living cells using a genetically encoded probe specific for the elongating form of RNA polymerase II2021

    • 著者名/発表者名
      Uchino Satoshi, Ito Yuma, Sato Yuko, Handa Tetsuya, Ohkawa Yasuyuki, Tokunaga Makio, Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: - ページ: 441582

    • DOI

      10.1101/2021.04.27.441582

    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chromatin integration labeling for mapping DNA-binding proteins and modifications with low input2020

    • 著者名/発表者名
      Handa Tetsuya、Harada Akihito、Maehara Kazumitsu、Sato Shoko、Nakao Masaru、Goto Naoki、Kurumizaka Hitoshi、Ohkawa Yasuyuki、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Nature Protocols

      巻: 15 ページ: 3334~3360

    • DOI

      10.1038/s41596-020-0375-8

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Histone modification dynamics as revealed by multicolor immunofluorescence-based single-cell analysis2020

    • 著者名/発表者名
      Hayashi-Takanaka Yoko、Kina Yuto、Nakamura Fumiaki、Becking Leontine E.、Nakao Yoichi、Nagase Takahiro、Nozaki Naohito、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of Cell Science

      巻: 133 ページ: jcs243444

    • DOI

      10.1242/jcs.243444

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Transcription-dependent cohesin repositioning rewires chromatin loops in cellular senescence2020

    • 著者名/発表者名
      Olan Ioana、Parry Aled J.、Schoenfelder Stefan、Narita Masako、Ito Yoko、Chan Adelyne S. L.、Slater Guy St.C.、Bihary Do?ra、Bando Masashige、Shirahige Katsuhiko、Kimura Hiroshi、Samarajiwa Shamith A.、Fraser Peter、Narita Masashi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 ページ: 6049

    • DOI

      10.1038/s41467-020-19878-4

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Single-molecule imaging reveals control of parental histone recycling by free histones during DNA replication2020

    • 著者名/発表者名
      Gruszka D. T.、Xie S.、Kimura H.、Yardimci H.
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 6 ページ: eabc0330

    • DOI

      10.1126/sciadv.abc0330

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Tracking histone and RNA polymerase II modifications in living cells using genetically encoded probes2021

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi kimura
    • 学会等名
      RIKEN BDR Symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Gene regulation and chromatin dynamics in living cells2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kimura
    • 学会等名
      The 79th of Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
    • 招待講演
  • [学会発表] 転写活性化に伴うヒストンアセチル化とクロマチンのダイナミクス2020

    • 著者名/発表者名
      木村 宏
    • 学会等名
      第93回 日本生化学会大会
    • 招待講演
  • [備考] 東京工業大学・科学技術創成研究院・細胞制御工学研究センター

    • URL

      http://www.rcb.iir.titech.ac.jp/index.html

  • [備考] 東京工業大学・科学技術創成研究院・細胞制御工学研究センター・木村研究室

    • URL

      http://kimura-lab.bio.titech.ac.jp/

  • [備考] 東京工業大学リサーチディボジトリ/木村宏

    • URL

      http://t2r2.star.titech.ac.jp/cgi-bin/researcherinfo.cgi?q_researcher_content_number=CTT100673940

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公開日: 2021-12-27  

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