小児悪性固形腫瘍の新規病理分子学的リスク分類の開発とゲノム診療に向けた基盤構築

2018 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 17H01592
• 研究機関: 国立研究開発法人国立成育医療研究センター
• 研究代表者: 菱木 知郎 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 小児がんセンター, 診療部長 (00375776)
• 研究分担者: 市川 仁 国立研究開発法人国立がん研究センター, 先端医療開発センター, ユニット長 (30201924) ; 上條 岳彦 埼玉県立がんセンター(臨床腫瘍研究所), 臨床腫瘍研究所, 所長 (90262708)
• 研究期間 (年度): 2017-04-01 – 2021-03-31
• キーワード: 小児がん / ゲノム医療 / パネル解析 / パネル診断 / 神経芽腫 / ターゲットシークエンス

研究実績の概要

2018年度は主に2017年度に作製したNCC Oncopanel Ped v1の性能試験を行った。NCC Oncopanel Ped v1は、薬事承認されたNCC Oncopanel v4に、小児がんにおいて治療標的／予後因子となる遺伝子、生殖細胞系列変異が知られる遺伝子等を追加し、小児がん用の遺伝子パネル検査として作製したものである。ゲノム再構成や数十～数百塩基の欠失の検出はNGS解析が比較的苦手とするところであるため、追加した機能の中で、神経芽腫に見られるTERT遺伝子プロモーター領域再構成、肝芽腫に見られるCTNNB1遺伝子エクソン3 - 4領域の欠失、治療標的として注目されているNTRK3融合遺伝子の検出を中心に検討した。その結果、TERTプロモーター再構成の検出は難しいことが判明したが、CTNNB1欠失や、NTRK3融合の検出は十分に可能であることが示された。ただ、一部の搭載遺伝子において読み取り深度が低いことが判明したため、これを補正するマイナーバージョンアップを施したNCC Oncopanel Ped v1.1の作製を行った。また、このような性能検証に加え、NCC Oncopanel Ped v1を用いた新規治療標的の探索として、JN-H-11(高リスク神経芽腫に対する遅延局所療法第II相臨床試験）に登録された神経芽腫28症例（T/Nペア17症例＋Tのみ11症例；うち１例については再発時の腫瘍も解析）の解析も行った。
また神経芽腫・腎芽腫のテロメア関連解析として、C-circle qPCR解析、テロメア長qPCR解析、TERT発現量qPCR解析のh実施準備をおこなった。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

理由
本研究班内外で小児固形腫瘍におけるパネル検査のあり方について幅広く議論を行うとともに、JCCG固形腫瘍分科会の各疾患委員会からの提案も受け、小児固形腫瘍の治療選択に有用な遺伝子（治療標的／予後因子となる可能性のある遺伝子と、生殖細胞系列変異が知られ治療／管理方針に影響を与える可能性の高い遺伝子）のリストアップを行い、小児固形腫瘍用パネルを作製することができた。さらに、その性能検証を経てさらに改良を加えたパネルの作成も行い、より臨床実装に近づいた。
これらのことから、研究は概ね順調に進んでいると考えている。

今後の研究の推進方策

2019年度は、マイナーバージョンアップを施したNCC Oncopanel Ped v1.1について、読み取り深度が向上していることを確認した後、種々の既知遺伝子異常陽性症例を用いて性能試験を継続して行う。また、国立がん研究センター中央病院において行われている前向き臨床研究「がん患者の臨床検体を用いた治療効果および毒性に関する遺伝子のプロファイリング研究（TOP-GEAR）」においてNCC Oncopanel Ped v1.1を使用し、本パネル検査の臨床的稼働性、有用性についての検討を開始する。また、神経芽腫・腎芽腫のテロメア関連解析として、C-circle qPCR解析、テロメア長qPCR解析、TERT発現量qPCR解析を行う予定である。

研究成果

• [雑誌論文] Combined Genetic and Chromosomal Characterization of Wilms Tumors Identifies Chromosome 12 Gain as a Potential New Marker Predicting a Favorable Outcome (2019)
  • 著者名/発表者名: Haruta Masayuki、Arai Yasuhito、Okita Hajime、Tanaka Yukichi、Takimoto Tetsuya、Sugino Ryuichi P.、Yamada Yasuhiro、Kamijo Takehiko、Oue Takaharu、Fukuzawa Masahiro、Koshinaga Tsugumichi、Kaneko Yasuhiko
  • 雑誌名: Neoplasia 巻: 21 ページ: 117～131
  • DOI: 10.1016/j.neo.2018.10.007
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Polymorphic Variant in p19Arf Confers Resistance to Chemically Induced Skin Tumors by Activating the p53 Pathway (2019)
  • 著者名/発表者名: Saito Megumi、Okumura Kazuhiro、Isogai Eriko、Araki Kimi、Tanikawa Chizu、Matsuda Koichi、Kamijo Takehiko、Kominami Ryo、Wakabayashi Yuichi
  • 雑誌名: Journal of Investigative Dermatology 巻: 未 ページ: 未
  • DOI: 10.1016/j.jid.2018.12.027
  • 査読あり
• [雑誌論文] Recycling endosomal CD133 functions as an inhibitor of autophagy at the pericentrosomal region (2019)
  • 著者名/発表者名: Izumi Hideki、Li Yuanyuan、Shibaki Masami、Mori Daisuke、Yasunami Michio、Sato Seiji、Matsunaga Hisashi、Mae Takao、Kodama Kenji、Kamijo Takehiko、Kaneko Yasuhiko、Nakagawara Akira
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 9 ページ: 2236
  • DOI: 10.1038/s41598-019-39229-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Soluble factors derived from neuroblastoma cell lines suppress dendritic cell differentiation and activation (2019)
  • 著者名/発表者名: Harada Kazuaki、Ihara Fumie、Takami Mariko、Kamata Toshiko、Mise Naoko、Yoshizawa Hiroko、Hishiki Tomoro、Saito Takeshi、Terui Keita、Nakata Mitsuyuki、Komatsu Shugo、Ikeuchi Takayuki、Nakayama Toshinori、Yoshida Hideo、Motohashi Shinichiro
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 110 ページ: 888～902
  • DOI: 10.1111/cas.13933
  • 査読あり
• [雑誌論文] EZH2 regulates neuroblastoma cell differentiation via NTRK1 promoter epigenetic modifications (2018)
  • 著者名/発表者名: Li Zhenghao、Takenobu Hisanori、Setyawati Amallia Nuggetsiana、Akita Nobuhiro、Haruta Masayuki、Satoh Shunpei、Shinno Yoshitaka、Chikaraishi Koji、Mukae Kyosuke、Akter Jesmin、Sugino Ryuichi P.、Nakazawa Atsuko、Nakagawara Akira、Aburatani Hiroyuki、Ohira Miki、Kamijo Takehiko
  • 雑誌名: Oncogene 巻: 37 ページ: 2714～2727
  • DOI: 10.1038/s41388-018-0133-3
  • 査読あり
• [雑誌論文] Results of a phase II trial for high-risk neuroblastoma treatment protocol JN-H-07: a report from the Japan Childhood Cancer Group Neuroblastoma Committee (JNBSG) (2018)
  • 著者名/発表者名: Hishiki Tomoro、Matsumoto Kimikazu、Ohira Miki、Kamijo Takehiko、Shichino Hiroyuki、Kuroda Tatsuo、Yoneda Akihiro、Soejima Toshinori、Nakazawa Atsuko、Takimoto Tetsuya、Yokota Isao、Teramukai Satoshi、Takahashi Hideto、Fukushima Takashi、Kaneko Takashi、Hara Junichi、et al.
  • 雑誌名: International Journal of Clinical Oncology 巻: 23 ページ: 965～973
  • DOI: 10.1007/s10147-018-1281-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Invariant natural killer T infiltration in neuroblastoma with favorable outcome (2018)
  • 著者名/発表者名: Hishiki Tomoro、Mise Naoko、Harada Kazuaki、Ihara Fumie、Takami Mariko、Saito Takeshi、Terui Keita、Nakata Mitsuyuki、Komatsu Shugo、Yoshida Hideo、Motohashi Shinichiro
  • 雑誌名: Pediatric Surgery International 巻: 34 ページ: 195～201
  • DOI: 10.1007/s00383-017-4189-x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Frequency and proliferative response of circulating invariant natural killer T cells in pediatric patients with malignant solid tumors (2018)
  • 著者名/発表者名: Hishiki Tomoro、Mise Naoko、Harada Kazuaki、Ihara Fumie、Takami Mariko、Saito Takeshi、Terui Keita、Nakata Mitsuyuki、Komatsu Shugo、Yoshida Hideo、Motohashi Shinichiro
  • 雑誌名: Pediatric Surgery International 巻: 34 ページ: 169～176
  • DOI: 10.1007/s00383-017-4185-1
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ex vivo reduction of thickness in the left lateral section to tailor the graft size in infantile split deceased donor liver transplantation (2018)
  • 著者名/発表者名: Sakamoto Seisuke、Sasaki Kengo、Uchida Hajime、Kitajima Toshihiro、Narumoto Soichi、Hirata Yoshihiro、Hishiki Tomoro、Fukuda Akinari、Kasahara Mureo
  • 雑誌名: Liver Transplantation 巻: 24 ページ: 428～431
  • DOI: 10.1002/lt.24976
  • 査読あり
• [雑誌論文] Modified triangular hepatic vein reconstruction for preventing hepatic venous outflow obstruction in pediatric living donor liver transplantation using left lateral segment grafts (2018)
  • 著者名/発表者名: Fukuda Akinari、Sakamoto Seisuke、Sasaki Kengo、Narumoto Soichi、Kitajima Toshihiro、Hirata Yoshihiro、Hishiki Tomoro、Kasahara Mureo
  • 雑誌名: Pediatric Transplantation 巻: 22 ページ: e13167～e13167
  • DOI: 10.1111/petr.13167
  • 査読あり
• [雑誌論文] Surgical treatment strategy for advanced hepatoblastoma: Resection versus transplantation (2018)
  • 著者名/発表者名: Uchida Hajime、Sakamoto Seisuke、Sasaki Kengo、Takeda Masahiro、Hirata Yoshihiro、Fukuda Akinari、Hishiki Tomoro、Irie Rie、Nakazawa Atsuko、Miyazaki Osamu、Nosaka Shunsuke、Kasahara Mureo
  • 雑誌名: Pediatric Blood & Cancer 巻: 65 ページ: e27383～e27383
  • DOI: 10.1002/pbc.27383
  • 査読あり
• [雑誌論文] Preoperative diagnosis of clear cell sarcoma of the kidney by detection of BCOR internal tandem duplication in circulating tumor DNA (2018)
  • 著者名/発表者名: Ueno-Yokohata Hitomi、Okita Hajime、Nakasato Keiko、Hishiki Tomoro、Shirai Ryota、Tsujimoto Shinichi、Osumi Tomoo、Yoshimura Satoshi、Yamada Yuji、Shioda Yoko、Kiyotani Chikako、Terashima Keita、Miyazaki Osamu、Matsumoto Kimikazu、Kiyokawa Nobutaka、Yoshioka Takako、Kato Motohiro
  • 雑誌名: Genes, Chromosomes and Cancer 巻: 57 ページ: 525～529
  • DOI: 10.1002/gcc.22648
  • 査読あり
• [学会発表] Genome and epigenome profiling of high stage neuroblastoma (2018)
  • 著者名/発表者名: Miki Ohira, Ryuichi Sugino, Hisanori Takenobu, Zhenghao Li, Masayuki Haruta, Genta Nagae, Claire Renard-Guillet, Akira Nakagawara, Hiroyuki Aburatani, Takehiko Kamijo
  • 学会等名: AACR2018
  • 国際学会
• [学会発表] CDX1 regulates neuroblastoma stemness through MYC pathway modulation and reprogramming gene activation (2018)
  • 著者名/発表者名: Hisanori Takenobu, Miki Ohira, Ryuichi Sugino, Koji Chikaraishi, Kyosuke Mukae, Nobuhiro Akita, Masayuki Haruta, Akira Nakagawara, Manabu Nakayama, Haruhiko Koseki, Takehiko Kamijo
  • 学会等名: ANR2018, San Francisco
  • 国際学会
• [学会発表] Reevaluation of PDGFRα signal in neuroblastoma: high expression and a new nonsynonymous mutation (2018)
  • 著者名/発表者名: Shunpei Satoh, Miki Ohira, Hisanori Takenobu, Akira Nakagawara, Takehiko Kamijo
  • 学会等名: ANR2018, San Francisco
  • 国際学会
• [学会発表] Genomic characterization of high-risk/ultra-high-risk neuroblastomas found in 610 patients registered in Japan Children’s Study Group Neuroblastoma Committee (JCCG-JNBSG) (2018)
  • 著者名/発表者名: Miki Ohira, Takehiko Kamijo, Ryuichi P Sugino, Masayuki Haruta, Hisanori Takenobu Tetsuya Takimoto, Atsuko Nakazawa, Tomoro Hishiki, Kimikazu Matsumoto, Hiroyuki Shichino, Toshikazu Ushijima, Tomoko Iehara, Yohko Nakamura, Hiroki Nagase, Junko Takita, Akihiro Yoneda, Takashi Fukushima, Tatsuro Tajiri, Akira Nakagawara
  • 学会等名: ANR2018, San Francisco
  • 国際学会
• [学会発表] NCCオンコパネル検査の開発と医療実装 (2018)
  • 著者名/発表者名: 市川 仁
  • 学会等名: 第25回日本遺伝子診療学会大会
  • 国際学会
• [学会発表] All Japan体制での小児がんパネル検査開発の試み (2018)
  • 著者名/発表者名: 市川 仁
  • 学会等名: 第60回日本小児血液・がん学会学術集会
  • 国際学会
• [学会発表] 小児固形腫瘍NGSパネルによるCTNNB1部分欠失の検出． (2018)
  • 著者名/発表者名: 山崎文登，中澤温子，中野嘉子，大平美紀，義岡孝子，加藤元博，小川千登世，市村幸一，上條岳彦，菱木知郎，市川 仁
  • 学会等名: 第60回日本小児血液・がん学会学術集会
  • 国際学会