| 研究課題/領域番号 |
17H01869
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| 研究機関 | 国立研究開発法人海洋研究開発機構 |
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研究代表者 |
川口 慎介 国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭研究プログラム), 研究員 (50553088)
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| 研究分担者 |
酒井 早苗 国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭研究プログラム), 技術スタッフ (70512911)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | 安定同位体効果 / トランスクリプトーム解析 / メタン |
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| 研究実績の概要 |
安定同位体組成は環境動態解析指標として広く利用されている。本研究では、安定同位体指標を適切に利用するため、天然環境で起こりうる安定同位体組成の変動要因を把握することを目的に、メタン生成古細菌を培養するとともに、培地における同位体システマチクスの定量および発現遺伝子の解析を実施する。2018年度までに実施したメタン菌の分離株Methanothermobactor thermautotrophicusΔHの培養により採取した気体試料について、安定同位体システマチクス分析（水素ガス・メタン・二酸化炭素のそれぞれ炭素安定同位体比・水素安定同位体比）の実施を試みた。またMethanothermobactor thermautotrophicusΔHの代謝の進行を確認するため、気体試料に含まれる水素ガスおよびメタンの気相分圧の分析を進めた。さらに培養において、各成長段階におけるRNA発現量を確認した。具体的には菌の計数（培地中の数密度の算出）およびRNA分子収集を行った。しかし菌数とRNA量の関係に予期したものと異なる傾向が見られ、当初の計画通りに進めると一部の条件で遺伝子解析に十分なRNA量を確保出来ないことが想定された。このため培養条件を検討し、十分なRNA量が収集できる培養条件の探索を行った。この間、トランスクリプトーム解析における技術的な課題あるいは解釈における注意点について国内の専門家と議論を重ねた。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
事前に計画した培養条件では、一部条件で遺伝子解析に十分なRNA量を確保できないと想定され、遺伝子解析を進めることが困難となると考えられた。十分にRNA量を確保する条件を検討し、各成長段階におけるRNA発現量の変動パターンを確認した。
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| 今後の研究の推進方策 |
これまでの培養で採取した気相試料中の各気体成分の安定同位体組成の分析を行う。
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