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2017 年度 実績報告書

キノームの生理的基質同定に基づく細胞内シグナルパスウェイ大規模解析

研究課題

研究課題/領域番号 17H03605
研究機関京都大学

研究代表者

石濱 泰  京都大学, 薬学研究科, 教授 (30439244)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
キーワードキナーゼ / リン酸化シグナル
研究実績の概要

国内外のゲノムワイド関連解析により、様々な疾病原因は個々の遺伝子よりもシグナルパスウェイ毎の異常に集積されており、特にガンは十数種のパスウェイに原因遺伝子が分布することがわかってきた。これらのパスウェイにはすべてリン酸化シグナルが関わっている。したがって、様々なパスウェイ毎のリン酸化動態を全体として理解することが、細胞内シグナル解析には必要とされる。本研究では、(1) キナーゼ毎に生理的基質を大規模に同定する方法を確立し、(2) それを500種のキナーゼについて適用し細胞内キナーゼ―基質相関を解明することにより、細胞内リン酸化ネットワークの分子基盤を明らかにし、(3) さらにこの基盤情報に基づいて、細胞内シグナルパスウェイ大規模解析法を確立することを目的としている。本年度は(1)に取り組み、キナーゼの生理的基質大規模同定法として、安定同位体標識と組換えキナーゼを用いたin vitroキナーゼ反応を、キナーゼ阻害試料に対して施すことにより、マススペクトル上で内在性リン酸化部位と区別する手法(isotope tagging motif-targeting法, iMOT法) を検討した。モデル実験として、CK2阻害薬を用いた。キナーゼ反応を行わなかった場合(すなわち通常の定量的リン酸化プロテオーム解析)、2090リン酸化ペプチドが同定され、そのうち、キナーゼ阻害により、リン酸化シグナルが2倍以上減少したものは93種であった。一方CK2によるキナーゼ反応を行った場合、1013種の18Oを含むリン酸化ペプチドが同定され、そのうちリン酸化シグナルが2倍以上増加したのは550種であった。これら550種のリン酸化ペプチドにはすべて内在性リン酸化ペプチドペアが存在しており、CK2の生理的基質同定がわずか2時間弱のLC/MS/MS測定で可能となった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初の計画通りに進行している。

今後の研究の推進方策

siRNA実験の代わりにCRISPR-CAS9の系の検討を開始した。また細胞内でのキナーゼ―基質間相互作用をとらえるため、BioIDの系の立ち上げを開始した。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2018 2017

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 2件、 招待講演 7件)

  • [雑誌論文] Absolute Phosphorylation Stoichiometry Analysis by Motif-Targeting Quantitative Mass Spectrometry2017

    • 著者名/発表者名
      Tsai Chia-Feng、Ku Wei-Chi、Chen Yu-Ju、Ishihama Yasushi
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 1636 ページ: 313~325

    • DOI

      doi: 10.1007/978-1-4939-7154-1_20

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Human Kinome Profiling using Phosphoproteomic Approaches2018

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Sugiyama , Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      KBMSS2018
    • 招待講演
  • [学会発表] ショットガンプロテオミクスにおける計測と情報の新展開2018

    • 著者名/発表者名
      石濱 泰
    • 学会等名
      第15回北里疾患プロテオーム研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞抽出タンパク質プールを用いたキナーゼの基質モチーフ解析2018

    • 著者名/発表者名
      新苗智也・今見考志・Hsin-Yi Chang・杉山直幸・石濱泰
    • 学会等名
      日本薬学会第138年会
  • [学会発表] キナーゼ阻害薬と定量的リン酸化プロテオミクスを用いたPKA基質探索2017

    • 著者名/発表者名
      新苗智也・小形公亮・今村春菜・若林真樹・杉山直幸・石濱泰
    • 学会等名
      第65回質量分析総合討論会
  • [学会発表] リン酸化プロテオーム解析技術を用いたキノームプロファイリング2017

    • 著者名/発表者名
      杉山直幸、石濱 泰
    • 学会等名
      第77回分析化学討論会
    • 招待講演
  • [学会発表] Kinase activity profiling by motif-targeting phosphoproteome analysis2017

    • 著者名/発表者名
      Chia-Feng Tsai, Masaki Wakabayashi, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      65th ASMS
    • 国際学会
  • [学会発表] プロテオミクスを用いたキナーゼ収斂型シグナルネットワーク解析2017

    • 著者名/発表者名
      杉山直幸、石濱 泰
    • 学会等名
      質量分析フォーラム2017
    • 招待講演
  • [学会発表] Kinase activity profiling by motif-targeting phosphoproteome analysis2017

    • 著者名/発表者名
      Chia-Feng Tsai, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2017年大会
  • [学会発表] 異なる細胞株由来タンパク質に対するキナーゼのリン酸化モチーフ解析2017

    • 著者名/発表者名
      新苗智也、張心儀、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      第28回クロマトグラフィー科学会議
  • [学会発表] プロテオミクスを用いて暗黒キノーム世界を照らす2017

    • 著者名/発表者名
      石濱 泰
    • 学会等名
      第37回キャピラリー電気泳動シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] プロテオミクスを用いたキノーム活性プロファイリング2017

    • 著者名/発表者名
      石濱 泰
    • 学会等名
      ConBio2017
    • 招待講演
  • [学会発表] Kinome activity profiling based on large-scale kinase-substrate relationships2017

    • 著者名/発表者名
      Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      AOMSC 2017
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2018-12-17  

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