本研究では、キナーゼの生理的基質を大規模に同定する方法を確立し、細胞内キナーゼ―基質相関を解明することにより、細胞内リン酸化ネットワークの分子基盤を明らかにし細胞内シグナルパスウェイ大規模解析法を確立することを目的とした。キナーゼの生理的基質を同定するため、キナーゼ摂動に伴うリン酸化の変化を大規模に計測する手法、インビトロキナーゼアッセイから各キナーゼのリン酸化モチーフを抽出し、そのモチーフとの一致度をスコア化する手法およびキナーゼ―基質間過渡的相互作用を解析する手法を開発した。さらにそれらの情報をもとにリン酸化プロテオーム情報から活性化キナーゼを推定する手法を開発した。
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