| 研究課題/領域番号 |
17H03621
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| 研究機関 | 国立遺伝学研究所 |
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研究代表者 |
有田 正規 国立遺伝学研究所, 情報研究系, 教授 (10356389)
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| 研究分担者 |
田中 謙 立命館大学, 薬学部, 教授 (60418689)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | マススペクトル / データベース |
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| 研究実績の概要 |
コレステロール及び代表的植物ステロール由来のステロール配糖体およびステロールエステルの仮想スペクトルライブラリを作成した。またセラミド等の表記法について、国内外のグループと連携して実験手法に対応した構造情報の詳細化ステップ（いわゆる標準略記法）を定めた。例えばグルコシルセラミドの場合、MS/MS解析によって鎖長が判明しているか、ガラクトシルセラミドと分離できているかといった情報によりHexCer34:1;2O、HexCer18:1;2O/16:0、GlcCer18:1;2O/16:0といった記法を論文中で用いるようにする。（セラミドにおける水酸基の数をOによって表現している。）これにより分子種レベルの同定か、詳細な構造レベルの同定か、記法からも識別できるようになる。同様の記法はグリセロ脂質等ですでに利用されており、今回は階層的記載法をセラミドやカルジオリピンに延長する作業にあたる。
またマススペクトル掲載用サーバのアップデートを検討するにあたり、様々なwikiベースのシステムの性能比較をおこなった。MediaWiki, wiki.js, ikiwiki 等の実装内容とバージョンやエラー修正の更新頻度、機能を比較検討した。永続性や安定性の点からはMediaWikiがよいが、多機能なために機能を制限して利用することが望ましいという結論を得た。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
サーバの検討に時間を要したが、次期サーバのプラットフォームとして必要な機能の洗い出しができた。また仮想スペクトルのライブラリも作成が進んだ。
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| 今後の研究の推進方策 |
フラボノイドは似通った異性体が多く、スペクトルのみからは構造同定が難しい。仮想スペクトルライブラリとしては脂質を充実させるほうが需要の面からも適切と判断した。
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