• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2017 年度 実績報告書

高分子量蛋白質のための全自動NMR構造解析システムの開発

研究課題

研究課題/領域番号 17H03641
研究機関横浜国立大学

研究代表者

児嶋 長次郎  横浜国立大学, 大学院工学研究院, 教授 (50333563)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
キーワードNMR / 蛋白質 / 立体構造
研究実績の概要

本研究では、世界最高感度のNMR装置群と独自開発の自動構造計算ソフトを駆使し、従来の分子量上限を超える分子量5万の蛋白質のNMR構造を「全自動」で決定するシステムの構築を目指している。具体的には、研究代表者らが開発中の全自動NMR構造解析プラットフォームMagROと独自のアミノ酸選択標識技術、既存のメチル基選択的軽水素標識等を駆使して分子量5万の花成ホルモン受容体の構造解析を行い、高分子量蛋白質のための全自動NMR構造解析システムの開発に取り組んだ。
平成29年度は、(1)NMR統合解析プラットフォームMagROの開発、(2)メチル基に特化したNMRデータ取得法の確立、(3)メチル基に特化した全自動NMR構造解析ルーチンの開発、に取り組む。本年の特筆すべき成果として、150残基程度の小さな蛋白質に適用可能な全自動NMR構造解析システムの開発が挙げられる。特に機械学習技術を導入し、NMR構造決定の専門家と同程度以上の構造決定精度を達成した点は驚くべき成果である。また、メチル基に特化したNMRデータ取得法として、1H-1H-13Cの3次元NMRより1H-13C-13Cの3次元NMRの方が優れていることを見出した。さらに、これらのデータを解析できるメチル基に特化した全自動NMR構造解析ルーチンの検討も進めた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

全自動NMR構造解析システムの開発なでコンピュータ関係では想定以上に研究が進展したが、試料調製などに関しては実験室の整備の遅れによってやや遅れた。全体としては、おおむね順調である。

今後の研究の推進方策

基本的には当初計画通りに進める。試料調製などでの研究の遅れを取り戻すため、早期に実験室の整備を進める。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2017 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 4件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (1件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Academy of Sciences(チェコ)

    • 国名
      チェコ
    • 外国機関名
      Academy of Sciences
  • [国際共同研究] Marquette University(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Marquette University
  • [国際共同研究] Universite de Sherbrooke(カナダ)

    • 国名
      カナダ
    • 外国機関名
      Universite de Sherbrooke
  • [雑誌論文] NMR line shape analysis of a multi-state ligand binding mechanism in chitosanase2017

    • 著者名/発表者名
      Shinya Shoko、Ghinet Mariana G.、Brzezinski Ryszard、Furuita Kyoko、Kojima Chojiro、Shah Sneha、Kovrigin Evgenii L.、Fukamizo Tamo
    • 雑誌名

      Journal of Biomolecular NMR

      巻: 67 ページ: 309~319

    • DOI

      10.1007/s10858-017-0109-6

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The mechanism of the glycosylase reaction with hOGG1 base-excision repair enzyme: concerted effect of Lys249 and Asp268 during excision of 8-oxoguanine2017

    • 著者名/発表者名
      Sebera Jakub、Hattori Yoshikazu、Sato Daichi、Reha David、Nencka Radim、Kohno Takashi、Kojima Chojiro、Tanaka Yoshiyuki、Sychrovsky Vladimir
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 45 ページ: 5231~5242

    • DOI

      10.1093/nar/gkx157

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Protein 19F-labeling using transglutaminase for the NMR study of intermolecular interactions2017

    • 著者名/発表者名
      Hattori Yoshikazu、Heidenreich David、Ono Yuki、Sugiki Toshihiko、Yokoyama Kei-ichi、Suzuki Ei-ichiro、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • 雑誌名

      Journal of Biomolecular NMR

      巻: 68 ページ: 271~279

    • DOI

      10.1007/s10858-017-0125-6

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural and Functional Analysis of the C-Terminal Region of FliG, an Essential Motor Component of Vibrio Na+-Driven Flagella2017

    • 著者名/発表者名
      Miyanoiri Yohei、Hijikata Atsushi、Nishino Yuuki、Gohara Mizuki、Onoue Yasuhiro、Kojima Seiji、Kojima Chojiro、Shirai Tsuyoshi、Kainosho Masatsune、Homma Michio
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 25 ページ: 1540~1548.e3

    • DOI

      10.1016/j.str.2017.08.010

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Production of Single-Chain Fv Antibodies Specific for GA-Pyridine, an Advanced Glycation End-Product (AGE), with Reduced Inter-Domain Motion2017

    • 著者名/発表者名
      Fukuda N、Noi K、Weng L、Kobashigawa Y、Miyazaki H、Wakeyama Y、Takaki M、Nakahara Y、Tatsuno Y、Uchida-Kamekura M、Suwa Y、Sato T、Ichikawa-Tomikawa N、Nomizu M、Fujiwara Y、Ohsaka F、Saitoh T、Maenaka K、Kumeta H、Shinya S、Kojima C、Ogura T、Morioka H
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 22 ページ: 1695~1695

    • DOI

      10.3390/molecules22101695

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Fully Automated NMR Structure Determination of Protein2017

    • 著者名/発表者名
      Chojiro Kojima
    • 学会等名
      2017 Taiwan-Japan Biomedical Symposium on Magnetic Resonance
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] Kojima Lab top page

    • URL

      http://nmrlab.ynu.ac.jp/labotop.php

URL: 

公開日: 2019-12-27  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi