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2017 年度 実績報告書

非光合成生物の光適応進化の全容解明

研究課題

研究課題/領域番号 17H03723
研究機関独立行政法人国立科学博物館

研究代表者

谷藤 吾朗  独立行政法人国立科学博物館, 動物研究部, 研究員 (70438480)

研究分担者 柏山 祐一郎  福井工業大学, 環境情報学部, 教授 (00611782)
神川 龍馬  京都大学, 人間・環境学研究科, 助教 (40627634)
稲垣 祐司  筑波大学, 計算科学研究センター, 教授 (50387958)
研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2021-03-31
キーワード非光合成葉緑体 / 比較ゲノム / 光応答 / クリプト生物 / 進化
研究実績の概要

光合成が葉緑体の主機能であると一般に認識される一方,マラリア原虫,寄生性植物,ミドリムシの一部など,二次的に光合成能を消失した生物は真核生物全般に認められ,それらは概して非光合成葉緑体を維持している。また、それら非光合成葉緑体は系統によって認識される機能にはばらつきがあり,非光合成葉緑体の“一般則”は不明瞭である。本研究では,非光合成のクリプト生物が独立に何度も光合成機能を失っていることに注目し,それらの比較ゲノム解析から光合成消失進化における一般則の解明を目指す。さらに一部の非光合成クリプト生物では光合成色素とは異なる光吸収物質をもつことに着目し,従来全く議論されてこなかった非光合成葉緑体特有の新規な機能の解明を目指す。
初年度は非光合成クリプト生物の2株について基礎的なゲノムデータ及びトランスクリプトームデータを取得した。ゲノムデータはPacBio,Illuminaに加えNanoporeのような新規テクノロジーを積極的に活用し,質の良いゲノムデータの作成を目指した。様々なアセンブル手法を試し,それらの比較から最適な構築法及びパラメーターを模索し、次年度以降で解析予定のドラフト・ゲノムデータを構築した。トランスクリプトームはストランド・スペシフィックライブラリーを作成し,遺伝子カタログを作製するとともに,ゲノム上の遺伝子予測を容易にするように工夫した。これらのデータを用い遺伝子予測やアノテーションを行う。また,非光合成の生物がどのような光応答を行うか,もし特異的な反応をするとすればどのような光吸収物質が関与しているか調べるために,7つの単色光源を搭載した特殊光源人工気象機を導入し,実験を行った。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

PacBioによる長鎖シーケンス用のDNAには非常に高い精製度が大量に要求されるが、初年度には必要量の高精度DNAが用意できなかったため、研究費の繰越を行った。2019年度に高精製度のDNAが要求されるが比較的DNA量が少量で実地できるNanoporeシーケンサーによりゲノムデータを得た。これらにより予想していた量のゲノムデータが得られたが、ゲノムデータの構築が遅れたため、予定より若干進歩が遅れている。それ以外の進行スケジュールには遅延ない。

今後の研究の推進方策

基礎データの取得が概ね終了したことから、予定通り高精度のゲノムアノテーションを行う。また、光応答実験の下地も整ったことからゲノムデータを合わせた比較解析を開始する。 研究計画に大幅な変更はない。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2017 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 3件)

  • [国際共同研究] Dalhousie University(カナダ)

    • 国名
      カナダ
    • 外国機関名
      Dalhousie University
  • [国際共同研究] Philipps-Universitat Marburg(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      Philipps-Universitat Marburg
  • [雑誌論文] ヌクレオモルフ・ゲノミクス. 二次細胞内共生に伴うゲノム再編2017

    • 著者名/発表者名
      谷藤吾朗
    • 雑誌名

      藻類

      巻: 65 ページ: 100-102

  • [雑誌論文] A Non-photosynthetic Diatom Reveals Early Steps of Reductive Evolution in Plastids2017

    • 著者名/発表者名
      Kamikawa Ryoma、Moog Daniel、Zauner Stefan、Tanifuji Goro、Ishida Ken-Ichiro、Miyashita Hideaki、Mayama Shigeki、Hashimoto Tetsuo、Maier Uwe G.、Archibald John M.、Inagaki Yuji
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 34 ページ: 2355~2366

    • DOI

      https://doi.org/10.1093/molbev/msx172

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cryptomonads: A Model Organism Sheds Light on the Evolutionary History of Genome Reorganization in Secondary Endosymbioses2017

    • 著者名/発表者名
      Tanifuji Goro、Onodera Naoko T.
    • 雑誌名

      Secondary Endosymbioses

      巻: 84 ページ: 263~320

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/bs.abr.2017.06.005

    • 査読あり
  • [学会発表] The smoking gun -共生体痕跡核の示すもの-2017

    • 著者名/発表者名
      谷藤吾朗
    • 学会等名
      第1回日本共生生物学会・第50回日本原生生物学会合同大会
    • 招待講演
  • [学会発表] Web of life, 真核-真核の細胞内共生がもたらした生物多様性2017

    • 著者名/発表者名
      谷藤吾朗
    • 学会等名
      第19回日本進化学会大会
    • 招待講演
  • [学会発表] ヌクレオモルフ研究10年の進歩 -わかったこと,わからないこと,そして今後-.2017

    • 著者名/発表者名
      谷藤吾朗
    • 学会等名
      日本藻類学会第41回大会
    • 招待講演

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公開日: 2019-12-27  

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