土壌中の菌類群集は空間的異質性が高いため、メタゲノム解析など、解析に使用したサンプルについては正確な解析ができても、木を見て森を見ずということになりかねない。そこで、1サンプル量を増やすことによって、この問題を解決できないか、手法を模索してきた。ひとつのブナ林の林分の中に、互いに10m以上離れた4つのプロットを設定し、各プロットからは互いに50cm以上離れた4サンプルを採集した。土壌の腐植酸がDNAの抽出効率に影響を与えることが知られているため、腐植酸を含む土壌からのDNA抽出に優れているMACHERY-NAGAL社のNucleoSpinSoilを使いマニュアルに従い1サンプルあたり約5gの土壌を用いて抽出したDNAサンプル、リン酸バッファー法と溶解バッファー法で、1サンプルあたり約15gの土壌を用いて抽出したDNAサンプルを、次世代シーケンサー(Miseq)でシーケンスを行った結果を解析した。その結果、総リード数の2%以上のリード数であったメジャー種については、1OTUを除き3つの方法の間で差はみられなかった。しかし、それ以下のマイナー種では、3つの手法の間で差が認められた。溶解バッファー法では、マイナー種のOTU数が他の2方法に比べて有意に少なくなった。一方で、リン酸バッファー法では総OTU数が市販キットよりも有意に多かった。これらの結果は、溶解バッファー法でDNA抽出に使う土壌サンプル量を3倍に増やしたことにより、多くの菌種をよりも裏的に補足できた可能性を示している。
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