| 研究課題/領域番号 |
17H04334
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| 研究機関 | 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター(東京都健康長寿医療センター研究所) |
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研究代表者 |
高山 賢一 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター(東京都健康長寿医療センター研究所), 東京都健康長寿医療センター研究所, 研究員 (50508075)
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| 研究分担者 |
藤村 哲也 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (50376448)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | アンドロゲン / RNA-seq / 前立腺癌 |
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| 研究実績の概要 |
本研究の目的を達成するため前立腺癌サンプルを使用しRNA-seq解析を施行した。前立腺癌サンプルは手術で摘出した前立腺よりLaser capture microdisectionにより癌組織を切り抜いたもの、および良性組織を使用した。また治療抵抗性のCRPCサンプルを患者からの針生検や死後に解剖により摘出するなどして腫瘍組織を入手した。これらの組織よりRNAを抽出してRNA integrityを計測し基準を満たすサンプルについてRNA-seq解析を施行した。得られたリードからゲノムへのマッピングを行い、Refseqに合致するエクソン領域についてシークエンスタグの集積を解析した。統計手法としてFisher exact test、Mann Whitney U-testを施行した。また遺伝子あたりの発現量はfragments per kilobase of exon per million reads mapped (RPKM)を計算することで定量化した。以上の解析よりCRPC特異的に上昇する遺伝子群およびLong non-coding RNAならびに蛋白コード遺伝子群を抽出した。またアンドロゲン応答遺伝子についてはCRPCで特異的に上昇するというより癌組織で既に上昇している傾向を見出した。CRPCではアンドロゲン除去療法の影響から発現が低下するものが多かった。しかしながら上昇するアンドロゲン応答遺伝子もありこれらはCRPCでのAR転写プログラムにより誘導される応答遺伝子と考えられた。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
共同研究者の異動などがあり計画を繰り越して初年度の計画を終了した。時間はかかったものの当初の予定通り腫瘍組織を用いたRNA-seq解析を施行できたため順調に進展したと考えられた。
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| 今後の研究の推進方策 |
2018年度の計画では得られた遺伝子群について機能解析を行う。遺伝子群の機能はPathwayやGo-term解析により網羅的にCRPCに至るシグナル、細胞内の活性化されるpathwayを同定する。またLong non-coding RNAについてCRPCにおける役割を考察する。
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