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2019 年度 実績報告書

光化学系II酸素発生中心における水分解反応の全反応経路解明

研究課題

研究課題/領域番号 17H04866
研究機関筑波大学

研究代表者

庄司 光男  筑波大学, 計算科学研究センター, 助教 (00593550)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
キーワードMnクラスター / QM/MM / 自由エネルギー / 反応機構 / 反応経路 / コンフォメーション / O-O結合形成 / 水分解反応
研究実績の概要

光合成は太陽光エネルギーを化学エネルギーに変換し、生命の主要なエネルギー源を作り出している。光合成の明反応では光化学系II(PSII)が水分解反応を行なっているが、未だ反応機構の詳細は不明である。本研究では、特に重要な、酸素分子形成過程(O-O結合形成と酸素分子放出過程)について、量子古典混合計算(QM/MM)により分子構造と電子状態レベルでの解明に取り組んだ。
O-O結合形成はラジカルカップリング(RC)機構と酸塩基(AB)機構の2つが主に提唱されてきた。両機構の大きな違いは酸化数とプロトン化状態にある。理論計算からはRC経路が反応障壁的に有利である.RCは P.E.Siegbahnが提唱してきたが、我々は、精密な電子状態解析を行った所、RC経路であっても、非ラジカルで進行することを見出した。我々のCBS機構では、高原子荷Mn(Mn1(V))を利用し、Ca原子がLewis酸として働き、酸素結合生成前の状態を安定化することで、不安定なラジカル状態を生成せずに反応が進行することを理論的に示した。
酸素分子放出過程では、O2分子がMnクラスターから乖離すると同時にCa原子に配位した水分子(W3)がO5原子近傍に協奏的に挿入されることで、低い反応障壁で酸素分子放出とMnクラスターの再構築(O5酸素の形成)がなされることをQM/MM計算から実証した。
2018年、J.Kernらは時分割結晶構造解析から、全ての安定中間体の構造を解明した。その結果、S3状態以降で、W3近傍に水分子が出現することを見出し、W3が基質水分子の候補であると結論した。これは我々の理論計算結果と良く一致する結果である。
PSIIにおける水分解反応は多段階の反応過程であり、詳細を特定することは容易ではないが、理論計算による反応機構の解明が進んだことで、光合成水分解反応の核心に迫る反応機構を解明した。

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (14件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 5件、 招待講演 5件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] University of Strasbourg(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      University of Strasbourg
  • [雑誌論文] Reaction Mechanism of N-Cyclopropylglycine Oxidation by Monomeric Sarcosine Oxidase2020

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji, Yukihiro Abe, Mauro Boero, Yasuteru Shigeta, Yoshiaki Nishiya
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1039/D0CP01679A

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Elucidation of the entire Kok cycle for photosynthetic water oxidation by the large-scale quantum mechanics/molecular mechanics calculations: Comparison with the experimental results by the recent serial femtosecond crystallography2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Jian-Ren Shen, Michihiro Suga, Fusamichi Akita, Koichi Miyagawa, Yasuteru Shigeta, Kizashi Yamaguchi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 730 ページ: 416-425

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.cplett.2019.06.026

    • 査読あり
  • [学会発表] 光合成水分解反応の反応機構についての理論的探求2019

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      ミニシンポジウム 『生命科学と物質科学の融合による新規エネルギー・物質変換技術の創造をめざして』
    • 招待講演
  • [学会発表] Water-Splitting Reactions in the Oxygen-Evolving Complex of Photosystem II Revealed by QM/MM calculations2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji
    • 学会等名
      ICOPP2019
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Spin States and O-O bond formation mechanisms in the Oxygen-Evolving Complex of Photosystem II2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji
    • 学会等名
      AWEST2019
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 光化学系II酸素発生中心における水分解反応機構についての理論解析2019

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      第46回生体分子科学討論会
  • [学会発表] Catalytic Reaction Mechanisms Found by using the GLAS Algorithm2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji,
    • 学会等名
      ICPAC 2019
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 光合成酸素発生機構の分子メカニズム2019

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      筑波大プレ戦略研究会「生命から学ぶ」プログラム
  • [学会発表] Reaction mechanism of water splitting in photosystem II revealed by QM/MM calculations2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji
    • 学会等名
      11th symposium on Discovery, Fusion, Creation of New Knowledge by Multidisciplinary Computational Sciences, CCS International Symposium 2019
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Elucidation of the Entire Kok Cycle of the Photosynthetic Water Oxidation Using QM/MM Calculations2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji
    • 学会等名
      3rd International Solar Fuels Conference (ISF-3) and International Conference on Artificial Photosynthesis-2019 (ICARP2019)
    • 国際学会
  • [図書] フリーソフトで始める分子モデリング2020

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 総ページ数
      70
    • 出版者
      Amazon Kindle direct publishing (電子書籍)
    • ISBN
      ASIN: B087Q6PCDB
  • [図書] Gaussian16で始める量子化学超入門2019

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 総ページ数
      70
    • 出版者
      Amazon Kindle direct publishing (電子書籍)
    • ISBN
      ASIN: B0824KP51T, 2019/11/29
  • [備考] 生命物理研究グループホームページ

    • URL

      https://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/index.html

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公開日: 2021-01-27  

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