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2018 年度 実績報告書

発酵代謝を加速する電極触媒細菌のハイブリッド呼吸の分子機構解明と制御

研究課題

研究課題/領域番号 17H04969
研究機関国立研究開発法人物質・材料研究機構

研究代表者

岡本 章玄  国立研究開発法人物質・材料研究機構, 国際ナノアーキテクトニクス研究拠点, 独立研究者 (70710325)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2021-03-31
キーワード細胞外電子移動 / プロトン移動 / 外膜シトクロム / フラビン / 鉄還元細菌
研究実績の概要

近年の遺伝子工学技術の発達に伴い、細菌の代謝を用いた数々の有用なバイオ合成プロセスが開発されているが、その反応速度を向上させる方法論は限られてい る。申請者らは細胞外の電極と電子のやり取りをして呼吸を行う「発電細菌」において発電時に発酵反応が進行していること、ならびにこの「発酵的呼吸」が駆 動される際の律速過程が、細菌/電極界面で電子移動と共役するプロトン移動であることを見出した。本研究では、プロトン移動を加速することで大腸菌と言った 物質生産のモデル細菌おいて代謝速度を電気化学的に加速させることを目指す。
本年度は、モデル発電細菌Shewanella oneidensis MR-1を用いてフラビン等の小分子群がプロトン移動速度を加速させる機構を検証した。これまでの検討からフラビンと類似した構造を有し、外膜シトクロムに非共有結合性の反応中心として働く、小分子複数を用いて電気化学解析を行うと、酸化還元電位との直接の相関は見られなかったが、イソアロキサジン環のN5原子の求核性と良い相関を示した。このことは、N5にプロトンが付加することが重要な速度因子であることを示している。実際に、重水を電流生成中に添加すると、小分子を置換すると有意に異なる同位体測度論効果が観測された。これらの結果は、N5へのプロトン付加が細胞外電子移動の律速過程になっていることを示している。この成果は、N5の求核性を制御することで細菌の代謝反応速度を増加させることが可能であることを示しており、本研究の目的において重要な成果であると言える。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

本年度は、フラビンなどの小分子においてN5の求核性を制御することで細菌の代謝反応速度を増加させることが可能であることを明らかにした。この知見は同様に外膜シトクロムを持つ遺伝子変異大腸菌においても適用できると考えられ、電気化学的に大腸菌の有用物質生産を加速することが出来ると期待できる。

今後の研究の推進方策

計画通り来年度からは、細胞外電子移動のモデル細菌であるShewanella oneidensis MR-1から得られたプロトン移動を加速させるための知見を大腸菌へと適用するための検討を始める。遺伝子変異を行った大腸菌をすでに獲得しており、培養にも成功しており、電気化学や分光系へと展開できる。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 9件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 7件、 招待講演 5件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Isolation and Characterization of Human Gut Bacteria Capable of Extracellular Electron Transport by Electrochemical Techniques2019

    • 著者名/発表者名
      Naradasu Divya、Miran Waheed、Sakamoto Mitsuo、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 9 ページ: 3267

    • DOI

      10.3389/fmicb.2018.03267

    • 国際共著
  • [雑誌論文] Tracking Electron Uptake from a Cathode into Shewanella Cells: Implications for Energy Acquisition from Solid-Substrate Electron Donors2018

    • 著者名/発表者名
      Rowe Annette R.、Rajeev Pournami、Jain Abhiney、Pirbadian Sahand、Okamoto Akihiro、Gralnick Jeffrey A.、El-Naggar Mohamed Y.、Nealson Kenneth H.
    • 雑誌名

      mBio

      巻: 9 ページ: e02203-17-1~19

    • DOI

      10.1128/mBio.02203-17

    • 国際共著
  • [雑誌論文] Energy Acquisition via Electron Uptake by the Sulfate-Reducing Bacterium Desulfovibrio ferrophilus IS52018

    • 著者名/発表者名
      岡本章玄、Deng Xiao
    • 雑誌名

      Journal of Japanese Society for Extremophiles

      巻: 16 ページ: 66-74

    • 国際共著
  • [雑誌論文] Multi-heme cytochromes provide a pathway for survival in energy-limited environments2018

    • 著者名/発表者名
      Deng Xiao、Dohmae Naoshi、Nealson Kenneth H.、Hashimoto Kazuhito、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 4 ページ: eaao5682-1~8

    • DOI

      10.1126/sciadv.aao5682

    • 国際共著
  • [雑誌論文] Electrochemical Detection of Deuterium Kinetic Isotope Effect on Extracellular Electron Transport in <em>Shewanella oneidensis</em> MR-12018

    • 著者名/発表者名
      Tokunou Yoshihide、Hashimoto Kazuhito、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Journal of Visualized Experiments

      巻: 134 ページ: e57584-1~9

    • DOI

      10.3791/57584

  • [雑誌論文] 微生物燃料電池によるエネルギーと物質生産の同時実現へ向けて2018

    • 著者名/発表者名
      岡本 章玄
    • 雑誌名

      月刊バイオインダストリー

      巻: 35 ページ: 75から83

  • [雑誌論文] Self-standing Electrochemical Set-up to Enrich Anode-respiring Bacteria On-site2018

    • 著者名/発表者名
      Okamoto Akihiro、Rowe Annette、Deng Xiao、Nealson Kenneth H.
    • 雑誌名

      Journal of Visualized Experiments

      巻: 137 ページ: e57632-1~7

    • DOI

      10.3791/57632

    • 国際共著
  • [雑誌論文] Interkingdom microbial consortia mechanisms to guide biotechnological applications2018

    • 著者名/発表者名
      Zhang Shu、Merino Nancy、Okamoto Akihiro、Gedalanga Phillip
    • 雑誌名

      Microbial Biotechnology

      巻: 11 ページ: 833~847

    • DOI

      10.1111/1751-7915.13300

    • 国際共著
  • [雑誌論文] Electrode Potential Dependency of Single-Cell Activity Identifies the Energetics of Slow Microbial Electron Uptake Process2018

    • 著者名/発表者名
      Deng Xiao、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 9 ページ: 27441-27448

    • DOI

      10.3389/fmicb.2018.02744

    • 国際共著
  • [雑誌論文] Biosynthesized Iron Sulfide Nanocluster Enhanced Anodic Current Generation by Sulfate Reducing Bacteria in Microbial Fuel Cells2018

    • 著者名/発表者名
      Murugan Muralidharan、Miran Waheed、Masuda Takuya、Lee Dae S.、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      ChemElectroChem

      巻: 5 ページ: 4015~4020

    • DOI

      10.1002/celc.201801086

    • 国際共著
  • [雑誌論文] Whole-cell circular dichroism difference spectroscopy reveals an in vivo-specific deca-heme conformation in bacterial surface cytochromes2018

    • 著者名/発表者名
      Tokunou Yoshihide、Chinotaikul Punthira、Hattori Shingo、Clarke Thomas A.、Shi Liang、Hashimoto Kazuhito、Ishii Kazuyuki、Okamoto Akihiro
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 54 ページ: 13933~13936

    • DOI

      10.1039/c8cc06309e

    • 国際共著
  • [学会発表] Potential Mechanism of Subsurface Life Fuelled by Extracellular Electron Uptake2019

    • 著者名/発表者名
      岡本 章玄  Deng Xiao
    • 学会等名
      Australian Microbial Ecology Conference AusME
    • 国際学会
  • [学会発表] Perspective for fundamentals and applications in Microbially-induced Corrosion2018

    • 著者名/発表者名
      岡本 章玄
    • 学会等名
      Biocorrosion any progress in reality? A Conceptual Workshop
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Extracellular electron transport(EET) Recovers Fermentation suppressed by Highly Reductive Potential in Streptococcus mutans2018

    • 著者名/発表者名
      岡本 章玄   ナラダス ディビア
    • 学会等名
      32nd ANNUAL MEETING of JAPANESE SOCIETY for MICROBIAL ECOLOGY & 10th ASIAN SYMPOSIUM on MICROBIAL ECOLOGY(ASME)
    • 国際学会
  • [学会発表] Analysis on the single-cell metabolic pathway of dual isotope labeled bacteria with nanoscale secondary ion mass spectrometry2018

    • 著者名/発表者名
      岡本 章玄 齋藤 淳貴
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第 32 回沖縄大会
  • [学会発表] Long-range electron transfer in the conductive duel species aggregates of sulphate reducing bacteria and iron reducing bacteria2018

    • 著者名/発表者名
      岡本 章玄 ムルガン ムラリダハラン
    • 学会等名
      10th Asian Symposium on Microbial Ecology
  • [学会発表] Membrane Cytochromes Enable Energy Acquisition in Energy-limited Environments2018

    • 著者名/発表者名
      岡本章玄  鄧 驍
    • 学会等名
      2018 JSME annual meeting & 10th ASME
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Synergetic extracellular electron transfer from dual species in anaerobic conductive sediment2018

    • 著者名/発表者名
      岡本 章玄
    • 学会等名
      Synergetic extracellular electron transfer from dual species in anaerobic conductive sediment
    • 国際学会
  • [学会発表] Simultaneous analysis of single-cell metabolic pathways and bacterial activity with nanoscale secondary ion mass spectrometry (NanoSIMS)2018

    • 著者名/発表者名
      岡本 章玄 齋藤 淳貴
    • 学会等名
      17th International Symposium on Microbial Ecology
    • 国際学会
  • [学会発表] 微生物鉄腐食研究が与える異分野融合のチャンス2018

    • 著者名/発表者名
      岡本 章玄
    • 学会等名
      日本生物工学会2018年度大会
    • 招待講演
  • [学会発表] Proton-Coupled Extracellular Electron Transport via Microbial Outer Membrane Flavocytochromes2018

    • 著者名/発表者名
      岡本 章玄
    • 学会等名
      2018 MRS Fall Meeging & Exhibit
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Low pH induced Extracellular Electron Transfer by an oral pathogen2018

    • 著者名/発表者名
      岡本 章玄   ナラダス ディビア
    • 学会等名
      Interdisciplinary Science & Technology for Safety and Quality of Life 9th Annual ISAJ Symposium
  • [学会発表] 微生物鉄腐食研究が進める異分野融合の近況2018

    • 著者名/発表者名
      岡本 章玄
    • 学会等名
      微生物腐食分科会
    • 招待講演
  • [備考] SAMURAI NIMS Resarchers Directory Service

    • URL

      https://samurai.nims.go.jp/profiles/okamoto_akihiro?locale=ja

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公開日: 2019-12-27  

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