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本研究は、光化学系II(PSII)の水分解反応の詳細な機構を解明することを目的として、主に①水分解反応の各中間体の構造をレーザー照射とX線自由電子レーザーを組み合わせたポンプープローブ法で解析し、得られた構造をもとに理論解析を行い、反応に伴う各中間体の構造変化から基質水分子の特定、産物である酸素分子の生成部位、プロトンの排出チャンネル等の特定；②PSIIの各サブユニットやアミノ酸の変異体を作成し、その構造・機能解析を行い、各構成サブユニットの機能、及び水分解の産物であるプロトンの排出チャンネルに関わるアミノ酸の機能解明、を中心に研究を進める予定であった。採択されてから上記の研究を進めるための準備に着手し、好熱性シアノバクテリアThermosynechococcus vulcanus細胞の大量培養、PSII二量体の大量精製、良質なの結晶の作成、理論計算用コンピューターの整備等を行った。しかし、その後研究代表者が代表として申請していた新学術領域研究（研究領域提案型）「光合成分子機構の学理解明と時空間制御による革新的光ー物質変換系の創製」が採択され、これを実施するため、本基盤研究(S)は廃止となった。このため、本基盤研究の実質的な実施期間は約1ヶ月であった。
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