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2017 年度 実績報告書

統合的多階層アプローチによるシアノバクテリア生物時計システムの新展開

研究課題

研究課題/領域番号 17H06165
研究機関分子科学研究所

研究代表者

秋山 修志  分子科学研究所, 協奏分子システム研究センター, 教授 (50391842)

研究分担者 近藤 孝男  名古屋大学, 理学研究科, 名誉教授 (10124223)
上久保 裕生  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (20311128)
古池 美彦  分子科学研究所, 協奏分子システム研究センター, 助教 (70757400)
研究期間 (年度) 2017-05-31 – 2022-03-31
キーワード概日時計 / 生物時計 / 温度補償性 / 24時間周期 / リズム / 周波数特性 / 分子進化
研究実績の概要

KaiCを中核とした概日時計システムの詳細を明らかにするため、生物発光リズムを指標とした部位特異的KaiC変異体のスクリーニングを実施した。加えて、KaiCのATPase活性を指標にスクリーニングするためのin vitro実験系を整備し、同系を用いたスクリーニングを通じて多数の変異体を取得した。
各種構造解析においても良好な成果が得られた。Kaiタンパク質群の結晶化条件を複数の晶系で見出すことに成功し、かつ各々について位相決定を完了させることができた。求められる空間分解能がほぼ達成されており、構造と各種変異体の情報を相補的に絡めつつ、24時間周期と温度補償制御を両立させるメカニズムを読み解きつつある。なかでも、複合体の機能をアロステリック転移させる仕組みに一定の目処がついたことは大変意義深い。その他、電子顕微鏡を用いた単粒子解析、ダイナミクス計測、概日時計システムの解析に特化したμ流路型自動サンプリングシステムの開発を開始した。
各種蛍光プローブを導入したKaiCを用いて、KaiCの状態(位相)と複合体形成の因果関係を詳細に調べた。その結果、KaiCのATPase活性がKaiBとの相互作用において極めて重要な役割を果たすことが見出され、その安定した遅さをマルチスケールに伝播させる仕組みを解明するに至った。
進化系統樹をもとに十数種類の祖先型シアノバクテリアをリストアップし、それらのKaiCホモログを調製して固有振動数を評価した。概日周期を中央値とした分布の存在が示唆され、それらと進化系統樹の対応関係を調べることの科学的意義や研究計画の妥当性を確認することができた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

Kaiタンパク質群の変異体ライブラリ構築と結晶構造解析の成功は大きな研究成果である。これらを車の両輪として、24時間周期と温度補償制御を両立させるメカニズムを読み解くための活動を飛躍的に加速させることができる。KaiCとKaiBの相互作用に関する研究成果はそれ自体が意義深いだけでなく、μ流路型自動サンプリングシステムを用いた次の研究展開が見込まれる。単粒子解析やダイナミクス計測についても予備実験の結果は良好であり、概日時計システムの研究に特化した技術開発を行うことで、着実に成果を出すことができると考える。KaiCホモログの研究については、現時点での限られたサンプル数にも関わらず予想を上回る発見があり、今後サンプル数を増やすことによる発展が十分に見込まれる。

今後の研究の推進方策

本課題の中核をなす研究項目については、3年を目処に研究成果が論文発表できるように必要となる実験を加速させる。変異体ライブラリ構築については、その内容をより充実させるべく秋山グループと近藤グループで協力して研究を進める。各種構造解析については秋山グループを中心に更なる高分解能化を推し進めつつ、得られた構造モデルをベースとした理論化学計算の準備に着手する。KaiCに内在する2種類のATPase活性の関係性については近藤グループが中心となって生化学的研究を実施する。KaiCとKaiBの相互作用については、上久保グループを中心にμ流路型自動サンプリングシステムを用いた実験に取り組む。KaiCホモログの研究についてはサンプル数を増やすと同時に今まで以上に力を注ぐ。

  • 研究成果

    (49件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (40件) (うち国際学会 7件、 招待講演 17件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Statistical description of the denatured structure of a single protein, staphylococcal nuclease, by FRET analysis2018

    • 著者名/発表者名
      M. Yamaguchi, E. Ohta, T.Muto, T. Watanabe, T. Hohsaka, Y. Yamazaki, H. Kamikubo
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 10 ページ: 145-152

    • DOI

      10.1007/s12551-017-0334-y

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cyanobacterial circadian clock system: how and why can it be so slow and stable?2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S, Mukaiyama A, Abe J, Furuike Y
    • 雑誌名

      Biological Clocks: with reference to suprachiasmatic nucleus

      巻: - ページ: 73-77

  • [雑誌論文] Aggregation Control by Multi-stimuli-Responsive Poly (N-vinylamide) Derivatives in Aqueous System2017

    • 著者名/発表者名
      R. Kawatani, Y. Nishiyama, H. Kamikubo, K. Kakiuchi, H. Ajiro
    • 雑誌名

      Nanoscale Research Letters

      巻: 12(461) ページ: -

    • DOI

      10.1186/s11671-017-2221-7

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Heat-induced native dimerization prevents amyloid formation by variable domain from immunoglobulin light-chain REI2017

    • 著者名/発表者名
      M. Nawata, H. Tsutsumi, Y Kobayashi, S. Unzai, S. Mine, T. Nakamura, K. Uegaki, H. Kamikubo, M. Kataoka, D. Hamada
    • 雑誌名

      The FEBS Journal

      巻: 284 ページ: 3114-3127

    • DOI

      10.1111/febs.14181

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Neutron crystallography of photoactive yellow protain reveals unusual protonation state of Arg52 in the crystal2017

    • 著者名/発表者名
      K. Yonezawa, N. Shimizu, K. Kurihara, Y. Yamazaki, H. Kamikubo, M. Kataoka
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 ページ: 9361

    • DOI

      10.1038/s41598-017-09718-9

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Solution scattering approaches to dynamical ordering in biomolecular systems2017

    • 著者名/発表者名
      P.Bernado, N. Shimizu, G. Zaccai, H. Kamikubo
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta-General Subjects

      巻: 1862 ページ: 253-274

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2017.10.015

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Structural Exploring Multi-component Equilibrium in Biological Systems by using Continuous Titration SAXS2018

    • 著者名/発表者名
      Hironari Kamikubo
    • 学会等名
      The6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 国際学会
  • [学会発表] Multiple phosphorylation and structural alteration of shootin12018

    • 著者名/発表者名
      Shoki Nakata, Kentarou Baba, Yugo Hayashi, Yoichi Yamazaki, Naoyuki Inagaki, Hironari Kamikubo
    • 学会等名
      The6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 国際学会
  • [学会発表] Structure and interaction analysis of the complex molecular systems (GGA/Arf/MPR/Ub) involved in Clathrin-coated vesicles2018

    • 著者名/発表者名
      Endo Natsumi, Yugo Hayashi, Miho Shinohara, Keito Yoshida, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo
    • 学会等名
      The6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 国際学会
  • [学会発表] 地球の自転周期がエンコードされたタンパク質、KaiC2018

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      講演会(京都大学物質-細胞統合システム拠点)
    • 招待講演
  • [学会発表] 時計タンパク質KaiCの機能発現に関わる動的構造変化の解析2018

    • 著者名/発表者名
      向山 厚、古池 美彦、山下 栄樹、近藤 孝男、秋山 修志
    • 学会等名
      平成29年度日本生物物理学会中部支部 講演会
  • [学会発表] Identification of Clock Protein KaiC Mutants Losing Temperature Compensation Ability2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiko Furuike, Atsushi Mukaiyama, Eiki Yamashita, Takao Kondo, and Shuji Akiyama
    • 学会等名
      平成29年度日本生物物理学会中部支部 講演会
  • [学会発表] Optimizing expression and purification of His-tagged KaiC proteins for an effective in vitro screening of circadian clock mutants in cyanobacteria2018

    • 著者名/発表者名
      Dongyan Ouyang, Atsushi Mukaiyama, Yoshihiko Furuike and Shuji Akiyama
    • 学会等名
      平成29年度日本生物物理学会中部支部 講演会
  • [学会発表] Slow and Temperature-compensated ATP Hydrolysis Reaction Catalyzedby Circadian Clock Protein KaiC2018

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S
    • 学会等名
      The 3rd Solar Fuel Material Workshop
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Identification of Clock Protein KaiC Mutants Losing Temperature Compensation Ability2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiko Furuike, Atsushi Mukaiyama, Eiki Yamashita, Takao Kondo, Shuji Akiyama
    • 学会等名
      第二回名古屋リズム研究会
  • [学会発表] Optimizing expression and purification of His-tagged KaiC proteins for an effective in vitro screening of circadian clock mutants in cyanobacteria2018

    • 著者名/発表者名
      Dongyan Ouyang, Atsushi Mukaiyama, Yoshihiko Furuike and Shuji Akiyama
    • 学会等名
      第二回名古屋リズム研究会
  • [学会発表] 光による蛋白質分子複合系の自由エネルギーランドスケープの変調2018

    • 著者名/発表者名
      上久保 裕生
    • 学会等名
      日本化学会 第98回春季年会
  • [学会発表] Multi-component equilibrium in biological systems explored by using continuous titration SAXS2017

    • 著者名/発表者名
      Hironari Kamikubo
    • 学会等名
      Frontier Bioorganization Forum 2017 Dynamical ordering and integrated functions of biomolecular systems
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] シアノバクテリアの時計タンパク質KaiCの分子内フィードバックとドメイン間カップリングによるリズム発振機構2017

    • 著者名/発表者名
      三輪久美子、近藤 孝男
    • 学会等名
      第81回日本生化学会中部支部例会・シンポジウム
  • [学会発表] 機能を生み出す単位生体分子集団(機能モジュール)の動的秩序の探査2017

    • 著者名/発表者名
      上久保 裕生
    • 学会等名
      平成29年度新学術領域研究「動的秩序と機能」全体班会議
  • [学会発表] 藍藻生物時計システムにおける概日周期の根源と貫階層性2017

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      第69回日本細胞生物学会大会
    • 招待講演
  • [学会発表] 複数の蛋白質複合体を含む多成分系平衡状態の構造解析 Structure-based analysis on the equilibrium state of a multi-component system2017

    • 著者名/発表者名
      上久保 裕生、山崎 洋一
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] Photoproducts of PYP Phytochrome Related (Ppr) protein accumulated under various illumination conditions2017

    • 著者名/発表者名
      Jia-Siang Sum、山崎 洋一、林 有吾、上久保 裕生
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] The frontier in cyanobacterial circadian clock system2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S
    • 学会等名
      OIIB Summer School 2017
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural Exploring Multi-component Equilibrium in Biological Systems2017

    • 著者名/発表者名
      Hironari Kamikubo
    • 学会等名
      The 24th Congress & General Assembly of the International Union of Crystallography
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生命の時間2017

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      第4回 大型実験施設とスーパーコンピュータとの連携利用シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Design of circadian clock of cyanobacteria by dual ATPases in KaiC2017

    • 著者名/発表者名
      Takao Kondo
    • 学会等名
      The 55th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 招待講演
  • [学会発表] Lessons from Cyanobacterial Circadian Clock System2017

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] Biochemical characterization of KaiC ATPases from cyanobcateria living in various habitants2017

    • 著者名/発表者名
      向山 厚、古池 美彦、秋山 修志
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Identification of Clock Protein KaiC Mutants Losing Temperature Compensation Ability2017

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiko Furuike, Atsushi Mukaiyama, Eiki Yamashita, Takao Kondo, and Shuji Akiyama
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Rc-PYPの光依存的複合体種の形成機構 Light dependent multiple complex formation of Rc-PYP2017

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Yamazaki, Yohei Shibata, Yugo Hayashi, Nathumi Endo, Kentaro Ishii, Susumu Uchiyama, Takayuki Uchihashi, Hironari Kamikubo
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] クモ糸タンパク質ナノファイバーの自己集合 Self-assembly of nanofibers from spider silk fibroin2017

    • 著者名/発表者名
      Yugo Hayashi, Tomoaki Murakami, Mai Arakawa, Keito Yoshida, Yoichi Yamazaki, Takehiro K. Sato, Hironari Kamikubo
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Structure elements are closely related to intramolecular residue-residue contacts2017

    • 著者名/発表者名
      Yasumichi Takase, Yugo Hayashi, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Influence of the PYP domain on Photoreaction of the phytochrome domain in Ppr2017

    • 著者名/発表者名
      Jia Siang Sum, Yoichi Yamazaki, Yugo Hayashi, Hironari Kamikubo
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Shootin1の複数のリン酸化体とその構造 Multiple phosphorylated species of shootin1 and their solution structure2017

    • 著者名/発表者名
      Shoki Nakata, Kentarou Baba, Yugo Hayashi, Yoichi Yamazaki, Naoyuki Inagaki, Hironari Kamikubo
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] 複数混合溶液中に存在する生体高分子の構造・相互作用評価2017

    • 著者名/発表者名
      上久保 裕生
    • 学会等名
      分子・物質合成プラットフォーム、大学連携研究設備ネットワーク主催 「ソフトでウェットな素材のやさしい観察」
    • 招待講演
  • [学会発表] 連続滴定溶液散乱測定による蛋白質分子複合系の多成分平衡状態の解析2017

    • 著者名/発表者名
      上久保 裕生
    • 学会等名
      第40回溶液化学シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Frequency Characteristics and Temperature Compensation in the Cyanobacterial Circadian Clock2017

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      第24回日本時間生物学会学術大会
    • 招待講演
  • [学会発表] シアノバクテリアの時計タンパク質KaiCのドメイン間カップリングによるリズム発振機構2017

    • 著者名/発表者名
      伊藤 久美子、近藤 孝男
    • 学会等名
      第24回日本時間生物学会学術大会
  • [学会発表] リン酸化および脱リン酸化した時計タンパク質KaiCの結晶構造解析2017

    • 著者名/発表者名
      古池 美彦、向山 厚、山下 栄樹、近藤 孝男、秋山 修志
    • 学会等名
      平成29年度日本結晶学会年会
  • [学会発表] リン酸化および脱リン酸化した時計タンパク質KaiCの結晶構造解析2017

    • 著者名/発表者名
      古池 美彦、向山 厚、山下 栄樹、近藤 孝男、秋山 修志
    • 学会等名
      生理研研究会「クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の高分解能単粒子構造解析」
  • [学会発表] 混合溶液中の蛋白質分子複合系の構造・相互作用評価~デバイス開発とその応用~2017

    • 著者名/発表者名
      上久保 裕生
    • 学会等名
      日本学術振興会 構造生物第169委員会 第54回研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命に宿る振り子時計2017

    • 著者名/発表者名
      近藤 孝男
    • 学会等名
      第26回国際土岐コンファレンス市民学術講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] Frequency characteristics as a basis for meta-tuning of the Cyanobacterial Circadian Clock2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • 招待講演
  • [学会発表] 連続滴定溶液散乱による多成分系解析の標準化2017

    • 著者名/発表者名
      上久保 裕生
    • 学会等名
      第4回タンパク質X線溶液散乱講習会
    • 招待講演
  • [学会発表] Cyanobacterial circadian clock system: How and why can it be so slow and stable?2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S
    • 学会等名
      Sokendai Asian Winter School
    • 招待講演
  • [備考] 秋山グループWEBページ

    • URL

      https://groups.ims.ac.jp/organization/akiyama_g/

  • [備考] 近藤グループWEBページ

    • URL

      http://clock.bio.nagoya-u.ac.jp/index.htm

  • [備考] 上久保グループWEBページ

    • URL

      http://mswebs.naist.jp/LABs/kamikubo/index.html

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公開日: 2018-12-17  

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